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- PDB-6lon: Crystal structure of HPSG -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lon
タイトルCrystal structure of HPSG
要素PFL2/glycerol dehydratase family glycyl radical enzyme
キーワードLYASE (リアーゼ) / Glycyl radical enzyme / DHPS / C-S lyase.
機能・相同性
機能・相同性情報


Formate C-acetyltransferase glycine radical, conserved site / Glycine radical domain signature. / Pyruvate formate lyase domain / Pyruvate formate lyase-like / Pyruvate formate-lyase domain profile. / Glycine radical / Glycine radical domain / Glycine radical domain profile. / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 ...Formate C-acetyltransferase glycine radical, conserved site / Glycine radical domain signature. / Pyruvate formate lyase domain / Pyruvate formate lyase-like / Pyruvate formate-lyase domain profile. / Glycine radical / Glycine radical domain / Glycine radical domain profile. / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2~{S})-2,3-bis(oxidanyl)propane-1-sulfonic acid / PFL2/glycerol dehydratase family glycyl radical enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Bilophila wadsworthia 3_1_6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Liu, J. / Zhang, Y. / Yuchi, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31870049 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Two radical-dependent mechanisms for anaerobic degradation of the globally abundant organosulfur compound dihydroxypropanesulfonate.
著者: Liu, J. / Wei, Y. / Lin, L. / Teng, L. / Yin, J. / Lu, Q. / Chen, J. / Zheng, Y. / Li, Y. / Xu, R. / Zhai, W. / Liu, Y. / Liu, Y. / Cao, P. / Ang, E.L. / Zhao, H. / Yuchi, Z. / Zhang, Y.
履歴
登録2020年1月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年7月22日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: PFL2/glycerol dehydratase family glycyl radical enzyme
A: PFL2/glycerol dehydratase family glycyl radical enzyme
C: PFL2/glycerol dehydratase family glycyl radical enzyme
D: PFL2/glycerol dehydratase family glycyl radical enzyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)382,08966
ポリマ－376,4004
非ポリマー5,69062
水37,0572057
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23450 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area93460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.917, 219.401, 213.141
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.040, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1420-

HOH

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要素

#1: タンパク質
PFL2/glycerol dehydratase family glycyl radical enzyme


分子量: 94099.875 Da / 分子数: 4 / 変異: T129A/D130A/M131A/Q132A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bilophila wadsworthia 3_1_6 (バクテリア)
遺伝子: HMPREF0179_02149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E5Y7I4
#2: 化合物
ChemComp-LLQ / (2~{S})-2,3-bis(oxidanyl)propane-1-sulfonic acid


分子量: 156.158 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2057 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.9 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M sodium acetate, 0.1M Bis-Tris propane, pH 6.5, 16% (w/v) PEG 3350, 500mM DHPS

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データ収集

回折平均測定温度: 193.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.198→50 Å / Num. obs: 213322 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 25.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 0.405 / Net I/σ(I): 3.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.243.40.442106330.7940.2810.5250.42799.9
2.24-2.283.30.373106700.8360.2430.4460.424100
2.28-2.323.20.34106440.8490.2250.4090.435100
2.32-2.373.30.309106350.8820.20.3690.431100
2.37-2.423.60.287106360.9060.1770.3380.43100
2.42-2.483.60.26106730.9190.160.3060.43100
2.48-2.543.50.232106680.9320.1440.2740.441100
2.54-2.613.50.201105950.9470.1260.2380.429100
2.61-2.693.40.179106830.9560.1130.2130.428100
2.69-2.773.30.157106870.9620.1020.1880.43899.9
2.77-2.873.20.138106060.970.0910.1660.442100
2.87-2.993.50.119106860.980.0740.140.425100
2.99-3.123.60.1106630.9860.0610.1170.419100
3.12-3.293.50.083106670.990.0520.0980.407100
3.29-3.493.50.066106610.9930.0410.0780.38899.8
3.49-3.763.30.053106520.9950.0350.0630.37699.9
3.76-4.143.60.046106680.9960.0280.0540.368100
4.14-4.743.60.039107070.9970.0240.0460.34199.9
4.74-5.973.30.039107290.9970.0250.0470.31999.8
5.97-503.40.033107590.9980.0210.0390.31299.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YMR

5ymr


解像度: 2.2→36.248 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 17.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.179 1999 10 %
Rwork0.1426 --
obs0.143 213128 99.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 111.83 Å2 / Biso mean: 33.4472 Å2 / Biso min: 11.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→36.248 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数25365 0 780 2057 28202
Biso mean--42.79 34.23 -
残基数----3214
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01126360
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08735715
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0553853
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0074641
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.55815762
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.2530.25731350.18551479598
2.253-2.31390.25711580.174315094100
2.3139-2.38190.20111340.170415099100
2.3819-2.45880.21771440.160715049100
2.4588-2.54670.21411500.155615050100
2.5467-2.64860.19441290.148815199100
2.6486-2.76910.21981550.147415038100
2.7691-2.9150.19751370.142515118100
2.915-3.09760.16551460.134615082100
3.0976-3.33660.18831340.137115108100
3.3366-3.67210.1541450.128815093100
3.6721-4.20270.14271460.119115138100
4.2027-5.29240.1361440.12115129100
5.2924-100.18191420.16741513799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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