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- PDB-6ln4: Estrogen-related receptor beta(ERR2) in complex with PGC1a-2a -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ln4
タイトルEstrogen-related receptor beta(ERR2) in complex with PGC1a-2a
要素
  • 10-mer from Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
  • Steroid hormone receptor ERR2
キーワードTRANSCRIPTION / ERR2 / Transcription factor / BPA
機能・相同性
機能・相同性情報


cell dedifferentiation / Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / regulation of stem cell division / positive regulation of fatty acid oxidation / stem cell division / negative regulation of stem cell differentiation / photoreceptor cell maintenance / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / response to muscle activity / cellular respiration ...cell dedifferentiation / Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / regulation of stem cell division / positive regulation of fatty acid oxidation / stem cell division / negative regulation of stem cell differentiation / photoreceptor cell maintenance / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / response to muscle activity / cellular respiration / lncRNA binding / nuclear steroid receptor activity / temperature homeostasis / stem cell population maintenance / positive regulation of stem cell population maintenance / response to starvation / intracellular glucose homeostasis / RNA polymerase II complex binding / fatty acid oxidation / response to dietary excess / inner ear development / estrogen response element binding / adipose tissue development / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / brown fat cell differentiation / nuclear receptor-mediated steroid hormone signaling pathway / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / condensed chromosome / energy homeostasis / positive regulation of gluconeogenesis / digestion / steroid binding / RNA splicing / respiratory electron transport chain / SUMOylation of transcription cofactors / nuclear receptor coactivator activity / gluconeogenesis / mitochondrion organization / nuclear receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / transcription coregulator activity / circadian regulation of gene expression / Heme signaling / regulation of circadian rhythm / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / PML body / chromatin DNA binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / mRNA processing / nuclear receptor activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / positive regulation of cold-induced thermogenesis / cellular response to oxidative stress / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / neuron apoptotic process / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of neuron apoptotic process / sequence-specific DNA binding / cell population proliferation / transcription coactivator activity / protein stabilization / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / ubiquitin protein ligase binding / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Oestrogen-related receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily ...PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Oestrogen-related receptor / Estrogen receptor/oestrogen-related receptor / : / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Steroid hormone receptor ERR2 / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Yao, B.Q. / Li, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770814 中国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural Insights into the Specificity of Ligand Binding and Coactivator Assembly by Estrogen-Related Receptor beta.
著者: Yao, B. / Zhang, S. / Wei, Y. / Tian, S. / Lu, Z. / Jin, L. / He, Y. / Xie, W. / Li, Y.
履歴
登録2019年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Steroid hormone receptor ERR2
B: 10-mer from Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3382
ポリマ－27,3382
非ポリマー00
水97354
1
A: Steroid hormone receptor ERR2
B: 10-mer from Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha

A: Steroid hormone receptor ERR2
B: 10-mer from Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6764
ポリマ－54,6764
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area4360 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area20070 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area890 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.472, 108.472, 106.902
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-541-

HOH

21A-544-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Steroid hormone receptor ERR2 / ERR beta-2 / Estrogen receptor-like 2 / Estrogen-related receptor beta / ERR-beta / Nuclear ...ERR beta-2 / Estrogen receptor-like 2 / Estrogen-related receptor beta / ERR-beta / Nuclear receptor subfamily 3 group B member 2


分子量: 26198.752 Da / 分子数: 1 / 変異: Y215H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ESRRB, ERRB2, ESRL2, NR3B2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95718
#2: タンパク質・ペプチド 10-mer from Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha / PPARGC-1-alpha / Ligand effect modulator 6


分子量: 1139.319 Da / 分子数: 1 / 変異: C207A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARGC1A, LEM6, PGC1, PGC1A, PPARGC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UBK2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.63 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM Kcl, 20% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→50 Å / Num. obs: 12633 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 24.5 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.144 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 309875
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.57-2.61110.6575920.9110.1820.6850.9397.4
2.61-2.6614.50.8246140.9360.2090.8520.86999.7
2.66-2.7118.10.7726090.9790.1810.7940.872100
2.71-2.7720.90.8566110.9680.1880.8770.841100
2.77-2.8324.20.7836210.9820.160.80.828100
2.83-2.8927.50.8616200.9760.1650.8770.83199.8
2.89-2.9727.90.7686180.9830.1470.7830.845100
2.97-3.0527.50.5836210.9940.1130.5940.883100
3.05-3.14260.4646200.9950.0930.4740.901100
3.14-3.2427.60.3776090.9950.0730.3840.895100
3.24-3.3529.30.326330.9970.060.3260.935100
3.35-3.4928.90.2426310.9980.0460.2460.998100
3.49-3.6527.70.2476340.9970.0480.2511.201100
3.65-3.8425.40.2156230.9930.0440.221.637100
3.84-4.0825.80.1546290.9970.0310.1571.208100
4.08-4.3926.90.1196480.9980.0240.1221.044100
4.39-4.84280.1026370.9990.020.1040.931100
4.84-5.53270.0956540.9980.0190.0970.845100
5.53-6.97250.096700.9980.0180.0920.771100
6.97-5020.50.0787390.9990.0180.080.82799.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1精密化
HKL-3000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2E2R

2e2r


解像度: 2.61→48.37 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.57 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2448 538 4.92 %
Rwork0.1983 10399 -
obs0.2005 10937 92.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 132.01 Å2 / Biso mean: 55.4122 Å2 / Biso min: 7.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.61→48.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1841 0 0 54 1895
Biso mean---47.92 -
残基数----228
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.61-2.870.3023890.22711959204871
2.87-3.290.25541430.224727402883100
3.29-4.140.23481620.19292742290499
4.14-48.370.23611440.184329583102100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.6327-0.41340.17135.10581.00995.83840.04690.27190.2563-0.67840.0155-0.0104-1.09010.5382-0.08790.5583-0.1431-0.01450.08880.03750.171-51.785610.7756-7.9736
24.22383.920.85632.0121.56594.252-0.13140.06141.1384-0.30910.0984-0.4308-0.75140.30860.07451.3996-1.0327-0.0074-0.5093-0.51140.6298-45.703927.2321.4035
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resseq 211:432)A211 - 432
2X-RAY DIFFRACTION2(chain B and resseq 207:216)B207 - 216

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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