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万見
- PDB-6llq: Solution NMR structure of de novo Rossmann2x2 fold with most of t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6llq
タイトルSolution NMR structure of de novo Rossmann2x2 fold with most of the core mutated to valine, R2x2_VAL88
要素VAL88
キーワードDE NOVO PROTEIN / De Novo design
生物種unidentified (未定義)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Kobayashi, N. / Sugiki, T. / Fujiwara, T. / Koga, R. / Yamamoto, M. / Kosugi, T. / Koga, N.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)15H05592 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H05420 日本
Japan Science and TechnologyJPMJPR13AD 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP19am0101072 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18K06152 日本
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Robust folding of a de novo designed ideal protein even with most of the core mutated to valine.
著者: Koga, R. / Yamamoto, M. / Kosugi, T. / Kobayashi, N. / Sugiki, T. / Fujiwara, T. / Koga, N.
履歴
登録2019年12月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VAL88


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,1061
ポリマ－11,1061
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7700 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1target function

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要素

#1: タンパク質 VAL88


分子量: 11105.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) unidentified (未定義) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic22D 1H-13C HSQC aliphatic
131isotropic22D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic23D CBCA(CO)NH
151isotropic23D HN(CA)CB
161isotropic23D H(CCO)NH
171isotropic23D C(CO)NH
181isotropic23D 1H-15N NOESY
191isotropic23D 1H-13C NOESY aliphatic
1101isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic
1131isotropic23D (H)CCH-TOCSY aliphatic
1112isotropic32D 1H-15N IPAP HSQC
1122anisotropic32D 1H-15N IPAP HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
solution1500 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] VAL88, 7.4 mM potassium phosphate, 1.2 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 95 % H2O, 5 % [U-99% 2H] D2O, 95% H2O/5% D2OVAL8895% H2O/5% D2O
solution2100 uM [U-99% 13C; U-99% 15N] VAL88, 7.4 mM potassium phosphate, 1.2 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 10 mg/mL Pf1 phage, 95 % H2O, 5 % [U-99% 2H] D2O, 95% H2O/5% D2OVAL88-RDC95% H2O/5% D2OWeakly aligned
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
500 uMVAL88[U-99% 13C; U-99% 15N]1
7.4 mMpotassium phosphatenatural abundance1
1.2 mMsodium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
95 %H2Onatural abundance1
5 %D2O[U-99% 2H]1
100 uMVAL88[U-99% 13C; U-99% 15N]2
7.4 mMpotassium phosphatenatural abundance2
1.2 mMsodium phosphatenatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
10 mg/mLPf1 phagenatural abundance2
95 %H2Onatural abundance2
5 %D2O[U-99% 2H]2
試料状態イオン強度: 108.6 mM / Label: VAL88 / pH: 6 / 圧: 1.0 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8002
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9503

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRView9Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
MAGRO2.0.24Kobayashi, N.データ解析
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrichchemical shift assignment
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
TALOSTALOS+Yang, S. and Bax, Ad.データ解析
CYANA3.98Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
MAGRO2.01.12Kobayashi, N. upgraded version of Kujira (Kobayshi, N. et al., 2007)データ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 8 / 詳細: refinment with RDC values as constrain
代表構造選択基準: target function
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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