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- PDB-6lky: Crystal structure of isocitrate dehydrogenase from Methylococcus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lky
タイトルCrystal structure of isocitrate dehydrogenase from Methylococcus capsulatus
要素Putative isocitrate dehydrogenase, NAD-dependent
キーワードCARBOHYDRATE / isocitrate dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


isocitrate dehydrogenase (NAD+) activity / isocitrate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / NAD binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETYL GROUP / ACETATE ION / CITRIC ACID / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Putative isocitrate dehydrogenase, NAD-dependent
類似検索 - 構成要素
生物種Methylococcus capsulatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Huang, S. / Wang, P. / Zhu, G.P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of isocitrate dehydrogenase from Methylococcus capsulatus
著者: Zhu, G.P.
履歴
登録2019年12月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月9日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative isocitrate dehydrogenase, NAD-dependent
B: Putative isocitrate dehydrogenase, NAD-dependent
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,24313
ポリマ－73,1942
非ポリマー2,04911
水6,702372
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9700 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area24730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)169.168, 69.794, 71.084
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISGLYGLY(chain 'A' and (resid 2 through 14 or resid 16...AA2 - 132 - 13
12ILEILEGLYGLY(chain 'A' and (resid 2 through 14 or resid 16...AA16 - 6716 - 67
13THRTHRGLYGLY(chain 'A' and (resid 2 through 14 or resid 16...AA70 - 7670 - 76
14SERSERILEILE(chain 'A' and (resid 2 through 14 or resid 16...AA79 - 13079 - 130
15ASPASPALAALA(chain 'A' and (resid 2 through 14 or resid 16...AA133 - 208133 - 208
16METMETGLNGLN(chain 'A' and (resid 2 through 14 or resid 16...AA211 - 212211 - 212
17METMETILEILE(chain 'A' and (resid 2 through 14 or resid 16...AA215 - 252215 - 252
18ASPASPILEILE(chain 'A' and (resid 2 through 14 or resid 16...AA255 - 300255 - 300
19ALAALAARGARG(chain 'A' and (resid 2 through 14 or resid 16...AA303 - 338303 - 338
110NADNADNADNAD(chain 'A' and (resid 2 through 14 or resid 16...AC501
211HISHISGLYGLY(chain 'B' and (resid 2 through 14 or resid 16...BB2 - 132 - 13
212ILEILEGLYGLY(chain 'B' and (resid 2 through 14 or resid 16...BB16 - 6716 - 67
213THRTHRGLYGLY(chain 'B' and (resid 2 through 14 or resid 16...BB70 - 7670 - 76
214SERSERILEILE(chain 'B' and (resid 2 through 14 or resid 16...BB79 - 13079 - 130
215ASPASPALAALA(chain 'B' and (resid 2 through 14 or resid 16...BB133 - 208133 - 208
216METMETGLNGLN(chain 'B' and (resid 2 through 14 or resid 16...BB211 - 212211 - 212
217METMETILEILE(chain 'B' and (resid 2 through 14 or resid 16...BB215 - 252215 - 252
218ASPASPILEILE(chain 'B' and (resid 2 through 14 or resid 16...BB255 - 300255 - 300
219ALAALAARGARG(chain 'B' and (resid 2 through 14 or resid 16...BB303 - 338303 - 338
220NADNADNADNAD(chain 'B' and (resid 2 through 14 or resid 16...BH401

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative isocitrate dehydrogenase, NAD-dependent


分子量: 36596.852 Da / 分子数: 2 / 変異: F88L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methylococcus capsulatus (strain ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath) (バクテリア)
株: ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath / 遺伝子: MCA3071 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q602J2

-
非ポリマー , 5種, 383分子

#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-ACE / ACETYL GROUP / アセトアルデヒド


分子量: 44.053 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.09 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 290 mM Calcium acetate monohydrate, 100 mM HEPES (pH 7.0), 10.8% (w/v) PEG 4000, 8% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.988 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.988 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 43531 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.9 % / Biso Wilson estimate: 29.26 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rpim(I) all: 0.026 / Rsym value: 0.053 / Net I/σ(I): 30
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Rmerge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 9 / Num. unique obs: 4267 / CC1/2: 0.978 / Rpim(I) all: 0.11 / Rsym value: 0.281

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GRE

5gre


解像度: 2.2→35.54 Å / SU ML: 0.2094 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 19.7668
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2039 2057 4.89 %
Rwork0.1636 --
obs0.1655 42062 96.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 32.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→35.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5114 0 137 372 5623
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00855425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35047368
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0943870
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075956
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.75154494
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.250.21161040.18652279X-RAY DIFFRACTION83.41
2.25-2.310.25511540.19482334X-RAY DIFFRACTION87.33
2.31-2.370.26351430.19372437X-RAY DIFFRACTION89.99
2.37-2.440.22141230.18442561X-RAY DIFFRACTION94.24
2.44-2.520.24361530.18312613X-RAY DIFFRACTION97.12
2.52-2.610.22481650.17662687X-RAY DIFFRACTION99.2
2.61-2.710.24891330.17242719X-RAY DIFFRACTION100
2.71-2.840.25371410.16972753X-RAY DIFFRACTION100
2.84-2.990.20081250.16412752X-RAY DIFFRACTION100
2.99-3.170.20921470.17042744X-RAY DIFFRACTION100
3.17-3.420.20731290.16432757X-RAY DIFFRACTION100
3.42-3.760.18671360.15022785X-RAY DIFFRACTION100
3.76-4.310.18321250.14372800X-RAY DIFFRACTION100
4.31-5.420.15631570.14212822X-RAY DIFFRACTION100
5.42-100.1971220.17412962X-RAY DIFFRACTION99.16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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