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- PDB-6lkx: The structure of PRRSV helicase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lkx
タイトルThe structure of PRRSV helicase
要素RNA-dependent RNA polymerase
キーワードVIRUS / PRRSV / Helicase / Nsp10
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / RNA nuclease activity / endonuclease activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / RNA binding ...host cell membrane / RNA nuclease activity / endonuclease activity / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Nonstructural protein 10, 1B domain, arterivirus / Nonstructural protein 10, zinc-binding domain, arterivirus / NSP11, NendoU domain, arterivirus / NSP11, N-terminal, arterivirus / PRRSV nonstructural protein 11 N-terminal domain / Arteriviridae zinc-binding (AV ZBD) domain profile. / Viral superfamily 1 RNA helicase core domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. ...Nonstructural protein 10, 1B domain, arterivirus / Nonstructural protein 10, zinc-binding domain, arterivirus / NSP11, NendoU domain, arterivirus / NSP11, N-terminal, arterivirus / PRRSV nonstructural protein 11 N-terminal domain / Arteriviridae zinc-binding (AV ZBD) domain profile. / Viral superfamily 1 RNA helicase core domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/Coronavirus NSP15 middle domain / Arterivirus Nsp11 N-terminal/coronavirus NSP15 middle (AV-Nsp11N/CoV-Nsp15M) domain profile. / Nidoviral uridylate-specific endoribonuclease (NendoU) domain profile. / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain / Nidovirus RdRp-associated nucleotidyl transferase (NiRAN) domain profile. / Endoribonuclease EndoU-like / NendoU domain, nidovirus / Coronavirus replicase NSP15, uridylate-specific endoribonuclease / (+) RNA virus helicase core domain / (+)RNA virus helicase core domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Replicase polyprotein 1ab
類似検索 - 構成要素
生物種Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (ブタ繁殖・呼吸障害症候群ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.998 Å
データ登録者Shi, Y.J. / Tong, X.H. / Peng, G.Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31722056 and 31702249 中国
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2020
タイトル: Structural Characterization of the Helicase nsp10 Encoded by Porcine Reproductive and Respiratory Syndrome Virus.
著者: Shi, Y. / Tong, X. / Ye, G. / Xiu, R. / Li, L. / Sun, L. / Shi, J. / Li, M. / Song, Y. / Fan, C. / Shi, K. / Fu, Z.F. / Xiao, S. / Peng, G.
履歴
登録2019年12月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22025年4月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-dependent RNA polymerase
B: RNA-dependent RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,48216
ポリマ－111,0522
非ポリマー1,42914
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: assay for oligomerization
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4030 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area41940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.623, 93.623, 357.408
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 RNA-dependent RNA polymerase


分子量: 55526.125 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porcine reproductive and respiratory syndrome virus (ブタ繁殖・呼吸障害症候群ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D2CSC7
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H8O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.2 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES pH7.5; 2.0 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.998→48.571 Å / Num. obs: 32988 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 23.7 % / CC1/2: 0.975 / Net I/σ(I): 51.29
反射 シェル解像度: 2.9985→3.1056 Å / Num. unique obs: 31009 / CC1/2: 0.975

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.998→46.812 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2807 1998 -
Rwork0.2252 --
obs-32988 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 213.25 Å2 / Biso mean: 56.96 Å2 / Biso min: 1.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.998→46.812 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6877 0 75 109 7061
Biso mean--45.24 16.24 -
残基数----882
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.9985-3.07350.3631380.2863214599
3.0735-3.15650.33961410.27682178100
3.1565-3.24940.31221390.26662155100
3.2494-3.35430.31051390.27322167100
3.3543-3.47410.30731420.25992188100
3.4741-3.61320.35761410.24132188100
3.6132-3.77750.31231400.24442177100
3.7775-3.97660.27151410.2282185100
3.9766-4.22560.30871420.21112205100
4.2256-4.55160.2451440.19612221100
4.5516-5.00920.25981430.18732217100
5.0092-5.73290.23961460.20292257100
5.7329-7.21860.2271480.20562300100
7.2186-46.81720.20071540.1778240798

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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