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- PDB-6lkq: The Structural Basis for Inhibition of Ribosomal Translocation by... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lkq
タイトルThe Structural Basis for Inhibition of Ribosomal Translocation by Viomycin
要素
  • (30S ribosomal protein ...) x 20
  • (50S ribosomal protein ...) x 30
  • 16S ribosomal RNA
  • 23S ribosomal RNA
  • 5S ribosomal RNA
  • Peptide chain release factor 3
  • Viomycin
  • messenger RNA
キーワードTRANSLATION / 70S ribosome viomycin translocation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of translational termination / translation release factor activity, codon specific / guanosine tetraphosphate binding / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit ...regulation of translational termination / translation release factor activity, codon specific / guanosine tetraphosphate binding / large ribosomal subunit / transferase activity / ribosomal small subunit biogenesis / small ribosomal subunit / 5S rRNA binding / ribosomal large subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / rRNA binding / structural constituent of ribosome / ribosome / translation / ribonucleoprotein complex / mRNA binding / GTPase activity / GTP binding / RNA binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Peptide chain release factor 3, C-terminal / Peptide chain release factor 3, domain III superfamily / Peptide chain release factor 3, GTP-binding domain / Class II release factor RF3, C-terminal domain / Peptide chain release factor 3 / : / Elongation factor G domain 2 / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain ...Peptide chain release factor 3, C-terminal / Peptide chain release factor 3, domain III superfamily / Peptide chain release factor 3, GTP-binding domain / Class II release factor RF3, C-terminal domain / Peptide chain release factor 3 / : / Elongation factor G domain 2 / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation / Ribosomal protein L7/L12, oligomerisation domain superfamily / Ribosomal protein L7/L12 dimerisation domain / Ribosomal protein L7/L12 / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal / Ribosomal protein L7/L12 C-terminal domain / Ribosomal protein L7/L12, C-terminal/adaptor protein ClpS-like / Ribosomal protein L10, eubacterial, conserved site / Ribosomal protein L10 signature. / Ribosomal protein L10 / EF-G domain III/V-like / Tr-type G domain, conserved site / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Elongation factor Tu domain 2 / Ribosomal protein L11, bacterial-type / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein L25, short-form / Ribosomal protein S14, bacterial/plastid / Ribosomal protein S21 superfamily / Translational (tr)-type GTP-binding domain / Elongation factor Tu GTP binding domain / Translational (tr)-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S16, conserved site / Ribosomal protein S16 signature. / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L11, conserved site / Ribosomal protein L11 signature. / Ribosomal protein L10-like domain superfamily / Ribosomal protein L10P / Ribosomal protein L10 / Ribosomal protein L16 signature 1. / Ribosomal protein L21, conserved site / Ribosomal protein L21 signature. / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / : / Ribosomal protein L11, N-terminal / Ribosomal protein L11, N-terminal domain / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, C-terminal / Ribosomal protein L11, C-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12, N-terminal domain superfamily / Ribosomal protein L11/L12 / Ribosomal protein L11, RNA binding domain / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L33
類似検索 - ドメイン・相同性
Viomycin / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 30S ribosomal protein S15 / 30S ribosomal protein S16 ...Viomycin / : / : / : / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / RNA (> 1000) / 30S ribosomal protein S15 / 30S ribosomal protein S16 / Large ribosomal subunit protein uL15 / 30S ribosomal protein S13 / 50S ribosomal protein L30 / Small ribosomal subunit protein uS14 / : / 50S ribosomal protein L34 / 50S ribosomal protein L10 / Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL2 / 30S ribosomal protein S3 / 30S ribosomal protein S6 / Large ribosomal subunit protein bL12 / 30S ribosomal protein S11 / Small ribosomal subunit protein uS4 / 50S ribosomal protein L28 / Small ribosomal subunit protein uS10 / 30S ribosomal protein S21 / : / 30S ribosomal protein S6 / Peptide chain release factor 3 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 30S ribosomal protein S7 / Large ribosomal subunit protein bL32 / 50S ribosomal protein L25 / 30S ribosomal protein S20 / Small ribosomal subunit protein uS9 / 30S ribosomal protein S18 / 30S ribosomal protein S5 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL36 / 50S ribosomal protein L5 / 50S ribosomal protein L11 / 50S ribosomal protein L18 / 50S ribosomal protein L16 / 50S ribosomal protein L29 / 50S ribosomal protein L3 / 50S ribosomal protein L4 / 30S ribosomal protein S12 / 50S ribosomal protein L33 / 50S ribosomal protein L35 / 50S ribosomal protein L21 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL13 / 30S ribosomal protein S17 / 30S ribosomal protein S8 / 50S ribosomal protein L6 / Large ribosomal subunit protein uL14 / 50S ribosomal protein L20
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Zhang, L. / Wang, Y.H. / Lancaster, L. / Zhou, J. / Noller, H.F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31971226 中国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: The structural basis for inhibition of ribosomal translocation by viomycin.
著者: Ling Zhang / Ying-Hui Wang / Xing Zhang / Laura Lancaster / Jie Zhou / Harry F Noller /
要旨: Viomycin, an antibiotic that has been used to fight tuberculosis infections, is believed to block the translocation step of protein synthesis by inhibiting ribosomal subunit dissociation and trapping ...Viomycin, an antibiotic that has been used to fight tuberculosis infections, is believed to block the translocation step of protein synthesis by inhibiting ribosomal subunit dissociation and trapping the ribosome in an intermediate state of intersubunit rotation. The mechanism by which viomycin stabilizes this state remains unexplained. To address this, we have determined cryo-EM and X-ray crystal structures of 70S ribosome complexes trapped in a rotated state by viomycin. The 3.8-Å resolution cryo-EM structure reveals a ribosome trapped in the hybrid state with 8.6° intersubunit rotation and 5.3° rotation of the 30S subunit head domain, bearing a single P/E state transfer RNA (tRNA). We identify five different binding sites for viomycin, four of which have not been previously described. To resolve the details of their binding interactions, we solved the 3.1-Å crystal structure of a viomycin-bound ribosome complex, revealing that all five viomycins bind to ribosomal RNA. One of these (Vio1) corresponds to the single viomycin that was previously identified in a complex with a nonrotated classical-state ribosome. Three of the newly observed binding sites (Vio3, Vio4, and Vio5) are clustered at intersubunit bridges, consistent with the ability of viomycin to inhibit subunit dissociation. We propose that one or more of these same three viomycins induce intersubunit rotation by selectively binding the rotated state of the ribosome at dynamic elements of 16S and 23S rRNA, thus, blocking conformational changes associated with molecular movements that are required for translocation.
履歴
登録2019年12月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Source and taxonomy / Structure summary / カテゴリ: entity / entity_src_gen / entity_src_nat / Item: _entity.src_method
改定 1.22020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 30S ribosomal protein S2
B: 30S ribosomal protein S3
C: 30S ribosomal protein S4
D: 30S ribosomal protein S5
E: 30S ribosomal protein S6
F: 30S ribosomal protein S7
G: 30S ribosomal protein S8
H: 30S ribosomal protein S9
I: 30S ribosomal protein S10
J: 30S ribosomal protein S11
K: 30S ribosomal protein S12
L: 30S ribosomal protein S13
M: 30S ribosomal protein S14
N: 30S ribosomal protein S15
O: 30S ribosomal protein S16
P: 30S ribosomal protein S17
Q: 30S ribosomal protein S18
R: 30S ribosomal protein S19
S: 30S ribosomal protein S20
T: 30S ribosomal protein S21
U: 50S ribosomal protein L2
V: 50S ribosomal protein L3
W: 50S ribosomal protein L4
X: 50S ribosomal protein L5
Y: 50S ribosomal protein L6
Z: 50S ribosomal protein L11
0: 50S ribosomal protein L13
1: 50S ribosomal protein L14
2: 50S ribosomal protein L15
3: 50S ribosomal protein L16
4: 50S ribosomal protein L17
5: 50S ribosomal protein L18
6: 50S ribosomal protein L19
8: 50S ribosomal protein L20
9: 50S ribosomal protein L21
a: 50S ribosomal protein L22
b: 50S ribosomal protein L23
c: 50S ribosomal protein L24
d: 50S ribosomal protein L25
e: 50S ribosomal protein L27
f: 50S ribosomal protein L28
g: 50S ribosomal protein L29
h: 50S ribosomal protein L30
i: 50S ribosomal protein L32
j: 50S ribosomal protein L33
k: 50S ribosomal protein L34
l: 50S ribosomal protein L35
m: 50S ribosomal protein L36
n: 50S ribosomal protein L10
o: 50S ribosomal protein L7/L12
p: 50S ribosomal protein L7/L12
q: 50S ribosomal protein L7/L12
r: 50S ribosomal protein L7/L12
s: 16S ribosomal RNA
t: 23S ribosomal RNA
u: 5S ribosomal RNA
v: Peptide chain release factor 3
w: messenger RNA
y: Viomycin
z: Viomycin
7: Viomycin
AA: Viomycin
BA: Viomycin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,192,81063
ポリマ－2,192,81063
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)257.600, 312.900, 328.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
30S ribosomal protein ... , 20種, 20分子 ABCDEFGHIJKLMNOPQRST

#1: タンパク質 30S ribosomal protein S2


分子量: 24253.943 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: C3TPN2
#2: タンパク質 30S ribosomal protein S3


分子量: 23078.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A376HTV6
#3: タンパク質 30S ribosomal protein S4


分子量: 23383.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A4P8BV83
#4: タンパク質 30S ribosomal protein S5


分子量: 15804.282 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: F4SQ30
#5: タンパク質 30S ribosomal protein S6


分子量: 11669.371 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A3L2GT12, UniProt: A0A7J9U446*PLUS
#6: タンパク質 30S ribosomal protein S7


分子量: 16861.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D6I218
#7: タンパク質 30S ribosomal protein S8


分子量: 14015.361 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: U9ZUM7
#8: タンパク質 30S ribosomal protein S9


分子量: 14554.882 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D8A919
#9: タンパク質 30S ribosomal protein S10


分子量: 11196.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A5B9AU26
#10: タンパク質 30S ribosomal protein S11


分子量: 12487.200 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A4P8B3R1
#11: タンパク質 30S ribosomal protein S12


分子量: 13636.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: L3C3P4
#12: タンパク質 30S ribosomal protein S13


分子量: 12625.753 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A069XLE9
#13: タンパク質 30S ribosomal protein S14


分子量: 11489.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A090BZT4
#14: タンパク質 30S ribosomal protein S15


分子量: 10159.621 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A029IK47
#15: タンパク質 30S ribosomal protein S16


分子量: 9207.572 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A029IMB2
#16: タンパク質 30S ribosomal protein S17


分子量: 9263.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: T6LV72
#17: タンパク質 30S ribosomal protein S18


分子量: 6466.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: E9TDX6
#18: タンパク質 30S ribosomal protein S19


分子量: 9057.626 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: S1EA57
#19: タンパク質 30S ribosomal protein S20


分子量: 9506.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7ZAS2
#20: タンパク質 30S ribosomal protein S21


分子量: 6067.081 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A5C9AJ78

+
50S ribosomal protein ... , 30種, 33分子 UVWXYZ012345689abcdefghijklmno...

#21: タンパク質 50S ribosomal protein L2


分子量: 29663.244 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A1X3LPI5
#22: タンパク質 50S ribosomal protein L3


分子量: 22277.535 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: I2X6U5
#23: タンパク質 50S ribosomal protein L4


分子量: 22121.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: L3C159
#24: タンパク質 50S ribosomal protein L5


分子量: 20073.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: H4IXW7
#25: タンパク質 50S ribosomal protein L6


分子量: 18801.598 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: V0AIU3
#26: タンパク質 50S ribosomal protein L11


分子量: 14763.165 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: H4J053
#27: タンパク質 50S ribosomal protein L13


分子量: 16050.606 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: S1EW51
#28: タンパク質 50S ribosomal protein L14


分子量: 13451.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: V0YSM1
#29: タンパク質 50S ribosomal protein L15


分子量: 14877.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A037Y8L6
#30: タンパク質 50S ribosomal protein L16


分子量: 15312.269 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: H4LI23
#31: タンパク質 50S ribosomal protein L17


分子量: 13721.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A1X3LC97
#32: タンパク質 50S ribosomal protein L18


分子量: 12663.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: H4JDL8
#33: タンパク質 50S ribosomal protein L19


分子量: 13028.082 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A0F6C7T5
#34: タンパク質 50S ribosomal protein L20


分子量: 13396.828 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: V6FS92
#35: タンパク質 50S ribosomal protein L21


分子量: 11586.374 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: L4V445
#36: タンパク質 50S ribosomal protein L22


分子量: 12253.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: F4TL38
#37: タンパク質 50S ribosomal protein L23


分子量: 10546.472 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: S1EUY1
#38: タンパク質 50S ribosomal protein L24


分子量: 11078.874 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: F4TL32
#39: タンパク質 50S ribosomal protein L25


分子量: 10713.465 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7Y4U5
#40: タンパク質 50S ribosomal protein L27


分子量: 8476.680 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A5D8K7F9
#41: タンパク質 50S ribosomal protein L28


分子量: 8896.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A5B7P765
#42: タンパク質 50S ribosomal protein L29


分子量: 7286.464 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: I2X6R6
#43: タンパク質 50S ribosomal protein L30


分子量: 6423.625 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A073FR56
#44: タンパク質 50S ribosomal protein L32


分子量: 6332.249 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: D7XI28
#45: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L33


分子量: 5814.842 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: L3NSS9
#46: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L34


分子量: 5397.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A1X3IEM2
#47: タンパク質 50S ribosomal protein L35


分子量: 7181.835 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: L3P377
#48: タンパク質・ペプチド 50S ribosomal protein L36


分子量: 4377.390 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: F4V714
#49: タンパク質 50S ribosomal protein L10


分子量: 17634.543 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A1X3LA41
#50: タンパク質・ペプチド
50S ribosomal protein L7/L12


分子量: 3300.856 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: UniProt: A0A4C9D1M4

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RNA鎖 , 4種, 4分子 stuw

#51: RNA鎖 16S ribosomal RNA


分子量: 496563.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 1726022446
#52: RNA鎖 23S ribosomal RNA


分子量: 941306.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE 600 / 参照: GenBank: 1036415628
#53: RNA鎖 5S ribosomal RNA


分子量: 38177.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 株: MRE600 / 参照: GenBank: 1727529157
#55: RNA鎖 messenger RNA


分子量: 1900.198 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 6分子 vyz7AABA

#54: タンパク質 Peptide chain release factor 3 / RF-3


分子量: 59152.379 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C3SE77
#56: タンパク質・ペプチド
Viomycin


タイプ: Oligopeptide / クラス: 抗生剤 / 分子量: 703.707 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: Viomycin

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.59 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Tris Ac PH.7.0, 25-35 mM KCL, 6.1% PEG 20000, 1% glycerol, 50mM sucrose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.03318 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2011年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03318 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→100 Å / Num. obs: 433307 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.2 / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 1.7
反射 シェル解像度: 3.1→50 Å / Num. unique obs: 433307 / CC1/2: 0.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F1E. 3F1F

3f1e
PDB 未公開エントリ

3f1f
PDB 未公開エントリ


解像度: 3.1→100 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.24 23877 -
Rwork0.21 --
obs-433307 100 %
原子変位パラメータBiso max: 442.55 Å2 / Biso mean: 100.1107 Å2 / Biso min: 18.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→100 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数50112 96705 0 0 146817
LS精密化 シェル解像度: 3.1→50 Å / Rfactor Rfree: 0.21 / Rfactor Rwork: 0.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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