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- PDB-6lko: Turning an asparaginyl endopeptidase into a peptide ligase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lko
タイトルTurning an asparaginyl endopeptidase into a peptide ligase
要素Asparaginyl endopeptidase
キーワードHYDROLASE / AEP / Asparaginyl Endopeptidase / Peptide asparaginyl Ligase / PAL
機能・相同性
機能・相同性情報


legumain / vacuolar protein processing / proteolysis involved in protein catabolic process / cysteine-type endopeptidase activity
類似検索 - 分子機能
: / Legumain, prodomain / Legumain prodomain superfamily / Asparaginyl endopeptidase / Peptidase C13, legumain / Peptidase C13 family
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Asparaginyl endopeptidase
類似検索 - 構成要素
生物種Clitoria ternatea (チョウマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者El Sahili, A. / Lescar, J.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (MoE, Singapore)MOE2016-T3-1-003 シンガポール
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Turning an Asparaginyl Endopeptidase into a Peptide Ligase
著者: Hemu, X. / El Sahili, A. / Hu, S. / Zhang, X. / Serra, A. / Goh, B.C. / Darwis, D.A. / Chen, M.W. / Sze, S.K. / Liu, C.F. / Lescar, J. / Tam, J.P.
履歴
登録2019年12月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12023年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Asparaginyl endopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1173
ポリマ－55,7901
非ポリマー3272
水5,188288
1
A: Asparaginyl endopeptidase
ヘテロ分子

A: Asparaginyl endopeptidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)112,2346
ポリマ－111,5802
非ポリマー6554
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555x,-y,-z1
Buried area2720 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area31850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.550, 79.740, 135.020
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Space group name HallP22ab(z,x,y)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Asparaginyl endopeptidase


分子量: 55789.918 Da / 分子数: 1 / 変異: P183A, G252V / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Clitoria ternatea (チョウマメ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: A0A0P0QM28, legumain
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 288 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20% v/v PEG 500* MME, 10 % w/v PEG 20000, 0.1M Sodium formate, 0.1M Ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M Sodium oxamate, ...詳細: 20% v/v PEG 500* MME, 10 % w/v PEG 20000, 0.1M Sodium formate, 0.1M Ammonium acetate, 0.1M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 0.1M Sodium oxamate, 0.1M Sodium HEPES, MOPS (acid)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1.00003 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00003 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→42.31 Å / Num. obs: 60392 / % possible obs: 99.96 % / 冗長度: 13 % / Biso Wilson estimate: 32.12 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 22.66
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / Rmerge(I) obs: 1.076 / Num. unique obs: 3230 / CC1/2: 0.784

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6L4V

6l4v


解像度: 2→42.31 Å / SU ML: 0.2248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.32 / 位相誤差: 21.3534
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2052 3019 5 %
Rwork0.1932 57373 -
obs0.1938 60392 96.2 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 37.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→42.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3207 0 21 288 3516
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01293319
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34284486
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0951481
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0075584
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.85991211
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.030.30711400.26932683X-RAY DIFFRACTION97.65
2.03-2.060.27021400.25162687X-RAY DIFFRACTION100
2.06-2.10.23521430.24432699X-RAY DIFFRACTION100
2.1-2.140.27481440.22572728X-RAY DIFFRACTION100
2.14-2.180.29461430.24512698X-RAY DIFFRACTION100
2.18-2.220.44611160.40132240X-RAY DIFFRACTION88.24
2.23-2.270.651610.5991161X-RAY DIFFRACTION45.68
2.27-2.330.29841380.28252642X-RAY DIFFRACTION96.83
2.33-2.380.23491350.19732693X-RAY DIFFRACTION99.96
2.38-2.450.20681400.20082718X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.520.22211430.20342693X-RAY DIFFRACTION99.96
2.52-2.60.21361460.1892750X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.690.27521430.19312677X-RAY DIFFRACTION99.96
2.69-2.80.25821390.19742727X-RAY DIFFRACTION100
2.8-2.930.20751410.19942715X-RAY DIFFRACTION100
2.93-3.080.21041470.1932685X-RAY DIFFRACTION99.96
3.08-3.280.18951440.18352719X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.530.18221380.17362723X-RAY DIFFRACTION99.97
3.53-3.880.16231370.17692616X-RAY DIFFRACTION96.87
3.89-4.450.15821500.1412718X-RAY DIFFRACTION99.79
4.45-5.60.13261490.14632694X-RAY DIFFRACTION99.93
5.6-42.310.17291420.17592707X-RAY DIFFRACTION99.75

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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