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万見
- PDB-6lka: Crystal Structure of EV71-3C protease with a Novel Macrocyclic Co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lka
タイトルCrystal Structure of EV71-3C protease with a Novel Macrocyclic Compounds
要素3C proteinase
キーワードHYDROLASE / Enterovirus 71 / 3C Protease Inhibitor / HYDROLASE INHIBITOR / VIRUS
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of MDA-5 activity / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / RNA helicase activity / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) ...Picornavirus coat protein / Poliovirus 3A protein-like / Poliovirus 3A protein like / Picornavirus 2B protein / Poliovirus core protein 3a, soluble domain / Picornavirus 2B protein / Peptidase C3, picornavirus core protein 2A / Picornavirus core protein 2A / Picornavirus coat protein VP4 / Picornavirus coat protein (VP4) / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EGF / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.033 Å
データ登録者Li, P. / Wu, S.Q. / Xiao, T.Y.C. / Li, Y.L. / Su, Z.M. / Hao, F. / Hu, G.P. / Hu, J. / Lin, F.S. / Chen, X.S. ...Li, P. / Wu, S.Q. / Xiao, T.Y.C. / Li, Y.L. / Su, Z.M. / Hao, F. / Hu, G.P. / Hu, J. / Lin, F.S. / Chen, X.S. / Gu, Z.X. / He, H.Y. / Li, J. / Chen, S.H.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Design, synthesis, and evaluation of a novel macrocyclic anti-EV71 agent.
著者: Li, P. / Wu, S. / Xiao, T. / Li, Y. / Su, Z. / Wei, W. / Hao, F. / Hu, G. / Lin, F. / Chen, X. / Gu, Z. / Lin, T. / He, H. / Li, J. / Chen, S.
履歴
登録2019年12月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C proteinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6122
ポリマ－19,9761
非ポリマー6361
水2,126118
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)64.270, 64.641, 75.855
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 3C proteinase


分子量: 19976.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterovirus A71 (エンテロウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A9XG43, picornain 2A, nucleoside-triphosphate phosphatase, picornain 3C, RNA-directed RNA polymerase
#2: 化合物 ChemComp-EGF / ~{N}-[(2~{S})-1-[[(2~{S},3~{S},6~{S},7~{Z},12~{E})-4,9-bis(oxidanylidene)-6-[[(3~{S})-2-oxidanylidenepyrrolidin-3-yl]methyl]-2-phenyl-1,10-dioxa-5-azacyclopentadeca-7,12-dien-3-yl]amino]-3-methyl-1-oxidanylidene-butan-2-yl]-5-methyl-1,2-oxazole-3-carboxamide


分子量: 635.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H41N5O8
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 9989 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 3.96 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Net I/σ(I): 6.2
反射 シェル解像度: 2.03→2.11 Å / Rmerge(I) obs: 0.426 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 892

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
AUTOMARデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GHT

4ght


解像度: 2.033→32.321 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 30.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2589 989 9.92 %
Rwork0.1955 8979 -
obs0.2021 9968 95.13 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.21 Å2 / Biso mean: 40.215 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.033→32.321 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1401 0 46 118 1565
Biso mean--55.2 43.23 -
残基数----181
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081483
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0172007
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005259
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.731228
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.0333-2.14040.32971330.278119291
2.1404-2.27450.34891460.26921340100
2.2745-2.45010.33641480.251307100
2.4501-2.69650.37361440.2551134699
2.6965-3.08640.31371380.2289129297
3.0864-3.88750.24761450.1587127394
3.8875-32.3210.1681350.1492122986
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.9537 Å / Origin y: 16.0999 Å / Origin z: -9.3203 Å
111213212223313233
T0.2782 Å2-0.0284 Å20.0755 Å2-0.2062 Å2-0.0126 Å2--0.2113 Å2
L0.9225 °20.2172 °20.0146 °2-0.8758 °20.0659 °2--0.3778 °2
S0.1073 Å °-0.0181 Å °0.0644 Å °0.4192 Å °-0.1106 Å °0.1718 Å °0.0704 Å °0.0651 Å °0.0007 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA0 - 180
2X-RAY DIFFRACTION1allA201
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 122

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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