PDB-6lk7: crystal structure of Os1348 from Pseudomonas sp. Os17

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lk7

タイトル

crystal structure of Os1348 from Pseudomonas sp. Os17

要素

Nitrile hydratase, alpha chain

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / antibiotic-related protein

機能・相同性

: / Nitrile hydratase alpha /Thiocyanate hydrolase gamma superfamily / catalytic activity / transition metal ion binding / Nitrile hydratase, alpha chain

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas sp. Os17 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.903 Å

データ登録者

Takeuchi, K. / Tsuchiya, W. / Fujimoto, Z. / Yamada, K. / Someya, N. / Yamazaki, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2020
タイトル: Discovery of an Antibiotic-Related Small Protein of Biocontrol Strain Pseudomonas sp. Os17 by a Genome-Mining Strategy.
著者: Takeuchi, K. / Tsuchiya, W. / Fujimoto, Z. / Yamada, K. / Someya, N. / Yamazaki, T.

履歴

登録	2019年12月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年12月30日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lk7.cif.gz	70.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lk7.ent.gz	50.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lk7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/6lk7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/6lk7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2wnx-d 5eg9-1 5eg9-2 5zmq-3 5yod-1 1z6m-d 7doc-2 2ld5-d 6c2m-4 1paq-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nitrile hydratase, alpha chain

B: Nitrile hydratase, alpha chain

C: Nitrile hydratase, alpha chain

D: Nitrile hydratase, alpha chain

35.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Nitrile hydratase, alpha chain

B: Nitrile hydratase, alpha chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
17.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Nitrile hydratase, alpha chain

D: Nitrile hydratase, alpha chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
17.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.607, 33.610, 66.217
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.756, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Nitrile hydratase, alpha chain 分子量: 8931.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas sp. Os17 (バクテリア) 遺伝子: PMI18_04289, POS17_1348 / プラスミド: pET25-1348 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0D6BD52
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 217 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 32.54 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30% (w/v) polyethylene glycol monomethylester 2000, 0.2 M MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月18日
放射	モノクロメーター: Si(III) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→100 Å / Num. obs: 20568 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.172 / Net I/σ(I): 14.3
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.7 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 2065 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
AMPLE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: ideal helix

解像度: 1.903→44.961 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 3.559 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.15 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2243	993	4.836 %
R_work	0.1696	-	-
all	0.172	-	-
obs	-	20535	99.419 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.981 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.773 Å²	0 Å²	0.543 Å²
2-	-	-1.118 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.704 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.903→44.961 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2075	0	0	217	2292

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	2123
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2109
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.549	1.626	2862
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.475	1.594	4881
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.476	5	283
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.071	22.708	96
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.436	15	385
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.848	15	14
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	305
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	2379
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	395
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.23	0.2	489
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.166	0.2	1792
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.154	0.2	1044
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	990
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	199
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.113	0.2	13
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.138	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.193	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.204	2.688	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.198	2.686	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.293	4.01	1425
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.294	4.014	1426
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.738	3.069	978
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.737	3.073	979
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.338	4.446	1437
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.337	4.449	1438
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.168	33.919	2474
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.053	33.643	2404

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.903-1.952	0.312	59	0.222	1375	X-RAY DIFFRACTION	94.0328
1.952-2.006	0.256	60	0.213	1414	X-RAY DIFFRACTION	99.7294
2.006-2.064	0.23	62	0.183	1353	X-RAY DIFFRACTION	99.9294
2.064-2.127	0.207	78	0.17	1316	X-RAY DIFFRACTION	100
2.127-2.197	0.202	75	0.17	1257	X-RAY DIFFRACTION	99.925
2.197-2.274	0.255	68	0.166	1250	X-RAY DIFFRACTION	99.8485
2.274-2.36	0.235	63	0.164	1188	X-RAY DIFFRACTION	99.8404
2.36-2.456	0.228	80	0.161	1142	X-RAY DIFFRACTION	99.9182
2.456-2.565	0.227	56	0.164	1119	X-RAY DIFFRACTION	99.915
2.565-2.69	0.208	45	0.159	1059	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.835	0.215	48	0.171	1026	X-RAY DIFFRACTION	99.907
2.835-3.007	0.319	51	0.181	949	X-RAY DIFFRACTION	99.8004
3.007-3.214	0.282	45	0.192	903	X-RAY DIFFRACTION	99.6845
3.214-3.471	0.227	48	0.18	842	X-RAY DIFFRACTION	100
3.471-3.801	0.204	38	0.165	778	X-RAY DIFFRACTION	100
3.801-4.248	0.187	38	0.131	716	X-RAY DIFFRACTION	99.7355
4.248-4.902	0.172	30	0.139	631	X-RAY DIFFRACTION	99.3985
4.902-5.995	0.217	21	0.191	537	X-RAY DIFFRACTION	100
5.995-8.444	0.192	22	0.156	437	X-RAY DIFFRACTION	100
8.444-44.961	0.191	6	0.191	251	X-RAY DIFFRACTION	98.0916

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)