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- PDB-6lk2: Crystal structure of Providencia alcalifaciens 3-dehydroquinate s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lk2
タイトルCrystal structure of Providencia alcalifaciens 3-dehydroquinate synthase (DHQS) in complex with Mg2+, NAD and chlorogenic acid
要素3-dehydroquinate synthase
キーワードLYASE / Rossmann fold / Cytoplasm / Metal-binding / NAD-binding / chlorogenic acid
機能・相同性
機能・相同性情報


3-dehydroquinate synthase / 3-dehydroquinate synthase activity / chorismate biosynthetic process / aromatic amino acid family biosynthetic process / amino acid biosynthetic process / nucleotide binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3-dehydroquinate synthase family / 3-dehydroquinate synthase AroB / 3-dehydroquinate synthase domain / 3-dehydroquinate synthase N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7LH / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / 3-dehydroquinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Providencia alcalifaciens F90-2004 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.503 Å
データ登録者Neetu, N. / Katiki, M. / Kumar, P.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Science and Engineering Research Board (SERB) インド
引用
ジャーナル: J.Bacteriol. / 年: 2020
タイトル: Structural and Biochemical Analyses Reveal that Chlorogenic Acid Inhibits the Shikimate Pathway.
著者: Neetu, N. / Katiki, M. / Dev, A. / Gaur, S. / Tomar, S. / Kumar, P.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Providencia alcalifaciens 3-dehydroquinate synthase (DHQS) in complex with Mg2+ and NAD
著者: Neetu, N. / Katiki, M. / Kumar, P.
履歴
登録2019年12月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-dehydroquinate synthase
B: 3-dehydroquinate synthase
C: 3-dehydroquinate synthase
D: 3-dehydroquinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,00821
ポリマ－164,4774
非ポリマー4,53117
水6,630368
1
A: 3-dehydroquinate synthase
C: 3-dehydroquinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,51311
ポリマ－82,2392
非ポリマー2,2749
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area27300 Å2
手法PISA
2
B: 3-dehydroquinate synthase
D: 3-dehydroquinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,49510
ポリマ－82,2392
非ポリマー2,2568
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area27810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.639, 60.825, 143.069
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.750, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 233 or resid 239...
21(chain B and (resid 1 through 233 or resid 239...
31(chain C and (resid 1 through 233 or resid 239...
41(chain D and (resid 1 through 233 or resid 239 through 357))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETASPASP(chain A and (resid 1 through 233 or resid 239...AA1 - 23314 - 246
12GLYGLYTHRTHR(chain A and (resid 1 through 233 or resid 239...AA239 - 306252 - 319
13METMETMETMET(chain A and (resid 1 through 233 or resid 239...AA311324
21METMETASPASP(chain B and (resid 1 through 233 or resid 239...BB1 - 23314 - 246
22GLYGLYTHRTHR(chain B and (resid 1 through 233 or resid 239...BB239 - 306252 - 319
23METMETMETMET(chain B and (resid 1 through 233 or resid 239...BB311 - 320324 - 333
24HISHISILEILE(chain B and (resid 1 through 233 or resid 239...BB332 - 357345 - 370
31METMETASPASP(chain C and (resid 1 through 233 or resid 239...CC1 - 23314 - 246
32GLYGLYTHRTHR(chain C and (resid 1 through 233 or resid 239...CC239 - 306252 - 319
33METMETMETMET(chain C and (resid 1 through 233 or resid 239...CC311 - 320324 - 333
34HISHISILEILE(chain C and (resid 1 through 233 or resid 239...CC332 - 357345 - 370
41METMETASPASP(chain D and (resid 1 through 233 or resid 239 through 357))DD1 - 23314 - 246
42GLYGLYILEILE(chain D and (resid 1 through 233 or resid 239 through 357))DD239 - 357252 - 370

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
3-dehydroquinate synthase / DHQS


分子量: 41119.258 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Providencia alcalifaciens F90-2004 (バクテリア)
遺伝子: aroB, HMPREF1562_0140 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: X6Q997, 3-dehydroquinate synthase

-
非ポリマー , 6種, 385分子

#2: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-7LH / (1R,3R,4S,5R)-3-[3-[3,4-bis(oxidanyl)phenyl]propanoyloxy]-1,4,5-tris(oxidanyl)cyclohexane-1-carboxylic acid


分子量: 356.325 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20O9 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 368 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10 mM Bis Tris Propane (pH 7.0) buffer, 200 mM MgCl2 and 28% polyethylene glycol 4000
PH範囲: 6.5-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.9677 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9677 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→142.76 Å / Num. obs: 52941 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 13.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.5-2.594.61.1282133546600.6060.581.2761.289.9
9.69-485.20.02751129770.9990.0120.0345.998.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LLA

6lla


解像度: 2.503→47.588 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.31 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2547 2676 5.06 %RANDOM
Rwork0.2053 50214 --
obs0.2079 52890 98.66 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 172.24 Å2 / Biso mean: 69.6599 Å2 / Biso min: 25.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.503→47.588 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10666 0 303 368 11337
Biso mean--74.82 58.72 -
残基数----1397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00311172
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80515191
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0491787
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051905
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.536579
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A6189X-RAY DIFFRACTION15.26TORSIONAL
12B6189X-RAY DIFFRACTION15.26TORSIONAL
13C6189X-RAY DIFFRACTION15.26TORSIONAL
14D6189X-RAY DIFFRACTION15.26TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.503-2.54810.35191370.3054226185
2.5481-2.59720.35831390.2953247094
2.5972-2.65020.3471360.2817263198
2.6502-2.70780.29011340.25232627100
2.7078-2.77080.31671390.24432657100
2.7708-2.840.31881310.24492636100
2.84-2.91680.3161400.23832705100
2.9168-3.00260.32481320.24652659100
3.0026-3.09950.32431550.25162636100
3.0995-3.21030.27691320.23452698100
3.2103-3.33880.28071380.22132642100
3.3388-3.49070.29891330.21422690100
3.4907-3.67470.27621480.21092646100
3.6747-3.90480.26031540.19162690100
3.9048-4.20610.21051510.17272674100
4.2061-4.62910.20181500.17182688100
4.6291-5.29820.22621430.17982699100
5.2982-6.67220.26411280.21122738100
6.6722-47.5880.20311560.1796276799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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