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万見
- PDB-6ljq: human galectin-16 R55N -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ljq
タイトルhuman galectin-16 R55N
要素Galectin-16
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / human galectin-16 R55N
機能・相同性
機能・相同性情報


lactose binding / positive regulation of T cell apoptotic process / carbohydrate binding / apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Galectin-like / Galactoside-binding lectin / Galectin / Galectin, carbohydrate recognition domain / Galactoside-binding lectin / Galactoside-binding lectin (galectin) domain profile. / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-lactose / Galectin-16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.49 Å
データ登録者Su, J.
引用ジャーナル: Biochim Biophys Acta Gen Subj / 年: 2020
タイトル: Human galectin-16 has a pseudo ligand binding site and plays a role in regulating c-Rel-mediated lymphocyte activity.
著者: Si, Y. / Yao, Y. / Jaramillo Ayala, G. / Li, X. / Han, Q. / Zhang, W. / Xu, X. / Tai, G. / Mayo, K.H. / Zhou, Y. / Su, J.
履歴
登録2019年12月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.journal_volume / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Galectin-16
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1762
ポリマ－16,8331
非ポリマー3421
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area530 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area7450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.817, 34.333, 67.892
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.060, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Galectin-16


分子量: 16833.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LGALS16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8MUM7
#2: 多糖 beta-D-galactopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-lactose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-lactose
記述子タイププログラム
DGalpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5][a2112h-1b_1-5]/1-2/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Galp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.91 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.49→19.27 Å / Num. obs: 20576 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 8.4
反射 シェル解像度: 1.49→1.52 Å / Rmerge(I) obs: 0.461 / Num. unique obs: 978

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17_3644精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LJP

6ljp


解像度: 1.49→19.27 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 22.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2083 1991 9.68 %
Rwork0.1756 --
obs0.1787 20568 99.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 63.15 Å2 / Biso mean: 23.5566 Å2 / Biso min: 12.81 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.49→19.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1142 0 23 133 1298
Biso mean--31.56 32.94 -
残基数----140
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.49-1.530.32841340.31221276141099
1.53-1.570.34051330.27171326145998
1.57-1.610.27661480.23181325147399
1.61-1.670.27771410.21851307144899
1.67-1.730.24581310.19671340147199
1.73-1.80.23261540.192313071461100
1.8-1.880.22381420.18661315145799
1.88-1.980.21561410.180813211462100
1.98-2.10.23681480.16911324147299
2.1-2.260.19371400.16751345148599
2.26-2.490.25651470.17861322146999
2.49-2.850.20221410.18691349149099
2.85-3.580.18241410.16841335147698
3.58-19.270.16941500.14761385153599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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