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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ljo | ||||||
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タイトル | African swine fever virus dUTPase | ||||||
要素 | E165R | ||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / ASFV (アフリカ豚熱ウイルス) / dUTPase / aDUT | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / nucleotide metabolic process / virion component / host cell cytoplasm / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.28 Å | ||||||
データ登録者 | Liang, R. / Peng, G.Q. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020 タイトル: Structural comparisons of host and African swine fever virus dUTPases reveal new clues for inhibitor development. 著者: Liang, R. / Wang, G. / Zhang, D. / Ye, G. / Li, M. / Shi, Y. / Shi, J. / Chen, H. / Peng, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ljo.cif.gz | 42.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ljo.ent.gz | 28.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ljo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/6ljo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/6ljo | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18285.447 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) 遺伝子: E165R CDS, E165R, ASFV-Georgia_4-154, ASFV_Kyiv_2016_131_00207 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2X0SE53, UniProt: Q65199*PLUS |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.67 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 0.5M NaH2PO4/K2HPO4,PH 6.9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.28→50 Å / Num. obs: 7330 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.87 % / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.014 / Rrim(I) all: 0.087 / Χ2: 0.977 / Net I/av σ(I): 100.8 / Net I/σ(I): 1.74 |
反射 シェル | 解像度: 2.28→2.32 Å / 冗長度: 3.69 % / Rmerge(I) obs: 0.534 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Num. unique obs: 371 / CC1/2: 0.777 / CC star: 0.935 / Rpim(I) all: 0.682 / Rrim(I) all: 0.695 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.28→49.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.929 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / SU B: 9.525 / SU ML: 0.223 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.374 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.46 Å2 / Biso mean: 33.171 Å2 / Biso min: 11.4 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.28→49.06 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.28→2.338 Å / Rfactor Rfree error: 0
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