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- PDB-6liy: SeMet CRL Protein of Arabidopsis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6liy
タイトルSeMet CRL Protein of Arabidopsis
要素Chromophore lyase CRL, chloroplastic
キーワードLYASE / a homolog of cyanobacterial CpcT lyase / PLANT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


transport of virus in host, tissue to tissue / plastid fission / protein-phycocyanobilin linkage / chloroplast outer membrane / 付加脱離酵素（リアーゼ） / chloroplast fission / plastid / regulation of cell division / response to reactive oxygen species / cellular response to virus ...transport of virus in host, tissue to tissue / plastid fission / protein-phycocyanobilin linkage / chloroplast outer membrane / 付加脱離酵素（リアーゼ） / chloroplast fission / plastid / regulation of cell division / response to reactive oxygen species / cellular response to virus / defense response / lyase activity / cell cycle / cell division
類似検索 - 分子機能
Chromophore lyase CpcT/CpeT / Chromophore lyase CpcT/CpeT superfamily / CpeT/CpcT family (DUF1001)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chromophore lyase CRL, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.761 Å
データ登録者Wang, F.F. / Guan, K.L. / Sun, P.K. / Xing, W.M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC) 中国
引用ジャーナル: Plant J. / 年: 2020
タイトル: The Arabidopsis CRUMPLED LEAF protein, a homolog of the cyanobacterial bilin lyase, retains the bilin-binding pocket for a yet unknown function.
著者: Wang, F. / Fang, J. / Guan, K. / Luo, S. / Dogra, V. / Li, B. / Ma, D. / Zhao, X. / Lee, K.P. / Sun, P. / Xin, J. / Liu, T. / Xing, W. / Kim, C.
履歴
登録2019年12月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月2日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chromophore lyase CRL, chloroplastic
B: Chromophore lyase CRL, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5044
ポリマ－61,1132
非ポリマー3902
水5,116284
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3240 Å2
ΔGint13 kcal/mol
Surface area18680 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)38.289, 73.540, 67.147
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 97.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Chromophore lyase CRL, chloroplastic / Protein CONSTITUTIVE ACTIVATOR OF AAA-ATPase 33 / Protein CRUMPLED LEAF


分子量: 30556.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CRL, CAA33, At5g51020, K3K7.20 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12
参照: UniProt: Q9FI46, 付加脱離酵素（リアーゼ）
#2: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 12% PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→50 Å / Num. obs: 35639 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 3.159 / Net I/σ(I): 13.4 / Num. measured all: 267556
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.76-1.797.40.82517530.8450.3240.8881.25496
1.79-1.827.70.6917720.9030.2650.7391.31495.7
1.82-1.867.80.57217230.930.2190.6131.31796.4
1.86-1.97.80.48117770.9440.1840.5151.42596.7
1.9-1.947.80.36117500.9650.1390.3871.54496.5
1.94-1.987.80.28317670.9810.1090.3031.64196.3
1.98-2.037.70.24417990.980.0940.2621.71996.8
2.03-2.097.70.20517240.9840.0790.221.84897.1
2.09-2.157.70.17617880.990.0680.1891.99797.3
2.15-2.227.70.15417800.9910.0590.1652.15797.1
2.22-2.37.70.1417710.9920.0540.152.44897.5
2.3-2.397.70.12718000.9930.0490.1362.63597.5
2.39-2.57.60.11117680.9940.0430.1192.92697.6
2.5-2.637.60.118000.9950.0390.1073.36498
2.63-2.797.50.09718070.9940.0380.1044.07598
2.79-3.017.30.0818010.9960.0320.0864.65798.5
3.01-3.317.20.07118190.9960.0290.0765.6398.3
3.31-3.7970.06318110.9960.0260.0686.18998.2
3.79-4.786.80.05618210.9970.0230.0616.52398.1
4.78-506.80.06618080.9960.0270.07210.16295.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.761→32.193 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2439 1841 5.17 %
Rwork0.2069 33755 -
obs0.2088 35596 97.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 89.47 Å2 / Biso mean: 32.8181 Å2 / Biso min: 16.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.761→32.193 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3104 0 24 284 3412
Biso mean--36.02 37.2 -
残基数----391
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.761-1.80820.32941280.2681255896
1.8082-1.86140.35721400.2645255296
1.8614-1.92150.24351320.2426260196
1.9215-1.99010.26721430.2262253397
1.9901-2.06980.25911460.2328257997
2.0698-2.1640.24081380.2267259597
2.164-2.2780.29041450.2299258498
2.278-2.42070.27951450.2282260097
2.4207-2.60750.2781580.2319259698
2.6075-2.86980.27211360.227262698
2.8698-3.28470.23041500.2037261898
3.2847-4.1370.21811320.1823267898
4.137-32.1930.21231480.1803263597

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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