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万見
- PDB-6lh6: Crystal structure of a double headed Bowman-birk protease inhibit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lh6
タイトルCrystal structure of a double headed Bowman-birk protease inhibitor protein from chickpea.
要素Bowman-Birk type proteinase inhibitor-like
キーワードPROTEIN BINDING / Bowman-birk inhibitor / Chickpea / Trypsin / Protease inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


serine-type endopeptidase inhibitor activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H / Cysteine Protease (Bromelain) Inhibitor, subunit H / Bowman-Birk serine protease inhibitor family / Proteinase inhibitor I12, Bowman-Birk / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / Bowman-Birk type proteinase inhibitor / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bowman-Birk type proteinase inhibitor-like
類似検索 - 構成要素
生物種Cicer arietinum (マメ科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Sharma, U. / Suresh, C.G.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a double headed Bowman-birk protease inhibitor protein from chickpea.
著者: Sharma, U. / Suresh, C.G.
履歴
登録2019年12月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bowman-Birk type proteinase inhibitor-like
B: Bowman-Birk type proteinase inhibitor-like


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8082
ポリマ－15,8082
非ポリマー00
水2,090116
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2470 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.482, 40.429, 102.512
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

HOH

21A-149-

HOH

31A-157-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Bowman-Birk type proteinase inhibitor-like


分子量: 7904.114 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Cicer arietinum (マメ科) / 参照: UniProt: A0A1S2XQ25
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 0.1M citrate phosphate buffer pH 4.2, 40% ethanol, 5% PEG 1000

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→34.3 Å / Num. obs: 30643 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 2 % / Biso Wilson estimate: 10.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.013 / Rpim(I) all: 0.013 / Rrim(I) all: 0.019 / Net I/σ(I): 33.8
反射 シェル解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.066 / Mean I/σ(I) obs: 10.5 / Num. unique obs: 2986 / CC1/2: 0.987 / Rpim(I) all: 0.066 / Rrim(I) all: 0.093 / % possible all: 99.67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
Coot3.25モデル構築
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1PBI

1pbi


解像度: 1.4→29.722 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 15.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1941 1556 5.08 %
Rwork0.1765 29085 -
obs0.1773 30641 99.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 74.06 Å2 / Biso mean: 18.2372 Å2 / Biso min: 6.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→29.722 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1008 0 0 116 1124
Biso mean---24.95 -
残基数----137
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.4-1.44520.21041630.18052541
1.4452-1.49680.1831470.16742583
1.4968-1.55680.17571510.16432604
1.5568-1.62760.17591410.15192586
1.6276-1.71340.16351330.1522625
1.7134-1.82070.18571330.16482644
1.8207-1.96130.18121350.16282621
1.9613-2.15860.16571400.16192658
2.1586-2.47080.22591220.16652692
2.4708-3.11250.21411500.18562693
3.1125-29.7220.19971410.22838
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.0765 Å / Origin y: 22.4002 Å / Origin z: 10.9521 Å
111213212223313233
T0.0643 Å20.0072 Å20.0133 Å2-0.0962 Å2-0.0001 Å2--0.0744 Å2
L1.6424 °2-0.1 °2-0.5731 °2-0.8801 °20.2342 °2--1.7489 °2
S0.0395 Å °0.0496 Å °0.0691 Å °-0.0822 Å °-0.015 Å °-0.0179 Å °-0.0591 Å °0.0019 Å °-0.011 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 71
2X-RAY DIFFRACTION1allB1 - 66
3X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 116

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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