PDB-6lft: Poa1p S30A mutant in complex with ADP-ribose

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lft

タイトル

Poa1p S30A mutant in complex with ADP-ribose

要素

ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase

キーワード

HYDROLASE / deacetylase / macro domain

機能・相同性

機能・相同性情報

ADP-ribosyl-[dinitrogen reductase] hydrolase activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素 / phosphatase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.57 Å

データ登録者

Chiu, Y.C. / Hsu, C.H.

資金援助

台湾, 2件

引用

ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021
タイトル: Expanding the Substrate Specificity of Macro Domains toward 3''-Isomer of O-Acetyl-ADP-ribose
著者: Chiu, Y.C. / Tseng, M.C. / Hsu, C.H.

履歴

登録	2019年12月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年6月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lft.cif.gz	88.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lft.ent.gz	64.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lft.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lft_validation.pdf.gz	762.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lft_full_validation.pdf.gz	764 KB	表示
XML形式データ	6lft_validation.xml.gz	11.1 KB	表示
CIF形式データ	6lft_validation.cif.gz	15.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/6lft ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/6lft	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lfqSC 6lfrC 6lfsC 6lfuC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lfu-1 2wgr-d 4jjm-1 4in0-2 6lfr-d 4yup-d 5gzg-d 4ykb-5 5gze-d 6lfu-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#213 - 2017年9月サーチュイン (Sirtuins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase

ヘテロ分子

20.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomeric protein

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.218, 82.218, 52.416
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	172
Space group name H-M	P6₄

#1: タンパク質	ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase / [Protein ADP-ribosylglutamate] hydrolase 分子量: 20228.088 Da / 分子数: 1 / 変異: S30A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母) 株: S288c / 遺伝子: POA1, YBR022W, YBR0304 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P38218, ADP-ribose 1''-phosphate phosphatase, 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; N-グリコシル化合物加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-APR / ADENOSINE-5-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 559.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₅H₂₃N₅O₁₄P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 190 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.35 %
結晶化	温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: Ammonium acetate, Sodium citrate tribasic dihydrate, PEG 4000, Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.57→24.595 Å / Num. obs: 27730 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.2 % / CC_1/2: 0.964 / Net I/σ(I): 28.7
反射シェル	解像度: 1.57→1.62 Å / CC_1/2: 0.838

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6LFQ

6lfq

解像度: 1.57→24.595 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.48

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1662	1987	7.17 %
R_work	0.1514	-	-
obs	0.1525	27730	98.06 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 67.77 Å² / B_iso mean: 20.5567 Å² / B_iso min: 6.3 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.57→24.595 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1312	0	40	190	1542
B_iso mean	-	-	13.45	33.61	-
残基数	-	-	-	-	166

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.5702-1.6095	0.2021	121	0.1959	1546	84
1.6095-1.653	0.2197	135	0.1771	1744	93
1.653-1.7016	0.1865	135	0.1677	1785	97
1.7016-1.7565	0.1757	141	0.1609	1859	100
1.7565-1.8193	0.1775	146	0.1634	1876	100
1.8193-1.8921	0.1681	142	0.161	1864	100
1.8921-1.9782	0.1715	145	0.1454	1866	100
1.9782-2.0824	0.1448	147	0.1443	1883	100
2.0824-2.2128	0.1476	140	0.1472	1877	100
2.2128-2.3835	0.1748	151	0.1549	1861	100
2.3835-2.6232	0.1691	145	0.157	1882	100
2.6232-3.0022	0.1853	137	0.1606	1867	100
3.0022-3.7802	0.1657	153	0.1442	1907	100
3.7802-24.595	0.1437	149	0.1351	1926	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.138	0.1184	-0.5233	3.3673	-0.3712	2.1617	0.0805	-0.2791	0.1315	0.5878	-0.0343	-0.0955	-0.0244	0.1702	-0.0344	0.1358	-0.0283	-0.0583	0.1542	-0.0063	0.0772	-20.2001	24.0676	5.9471
2	2.0791	0.1336	0.2641	1.9878	-0.3166	1.0728	0.038	-0.0854	-0.0193	0.0051	0.0164	0.1064	-0.0093	-0.1116	-0.0444	0.0816	-0.0153	-0.0005	0.0684	-0.0032	0.0701	-30.4806	22.1128	-6.106
3	2.2047	0.8235	0.7626	2.5862	2.5383	3.448	-0.0463	0.2572	0.0019	-0.5816	0.0031	0.152	-0.0068	0.0829	-0.0144	0.1483	-0.0346	-0.0252	0.1162	-0.0053	0.0906	-29.917	18.7275	-17.4231
4	2.2847	2.247	-0.0619	6.2848	-0.4392	1.1644	0.0117	0.0411	-0.1407	-0.2014	0.017	-0.2445	0.024	0.132	-0.0396	0.0824	-0.0228	-0.0121	0.0778	-0.0137	0.0903	-23.0865	20.8307	-9.8672
5	4.388	-1.179	-1.2617	4.357	-1.7911	7.3372	0.1941	-0.2759	-0.4963	0.3004	0.1074	0.1318	0.3394	-0.5063	-0.1886	0.1516	-0.0959	-0.0476	0.104	0.0242	0.1844	-38.4825	8.089	-6.46
6	4.538	2.407	-2.2838	4.3577	-0.5678	4.596	0.1561	-0.3267	-0.6925	-0.1031	-0.0476	-0.5128	0.5007	0.5801	0.0695	0.1937	0.046	-0.0821	0.0827	-0.0027	0.2668	-20.2704	7.8904	-6.1901
7	3.3953	2.5653	1.8949	2.5743	0.8427	2.4239	-0.2405	0.8181	0.0151	-0.3027	0.3094	-0.1076	-0.384	0.5843	-0.1259	0.2474	-0.0826	0.0813	0.3437	-0.0706	0.1826	-14.9778	24.5105	-14.8587
8	2.4945	0.9565	-0.3408	2.429	-0.0624	1.9765	0.0848	-0.4389	-0.2237	0.1296	-0.0124	-0.1349	0.2003	0.1445	-0.0204	0.1134	-0.0166	-0.0359	0.085	0.0289	0.1008	-23.4922	16.7865	0.1025
9	2.3892	1.778	-2.3089	2.5952	-1.8509	4.6375	0.1247	-0.4719	-0.6309	0.4682	0.0547	-0.4908	0.5603	0.266	0.0808	0.318	0.0191	-0.1269	0.2036	0.0764	0.2608	-21.58	7.2053	4.9349
10	8.7394	-4.2752	-1.2841	6.6632	0.4807	3.8658	0.023	-0.3958	-0.3713	0.3202	0.082	-0.2798	0.302	0.4276	-0.0009	0.152	0.0033	-0.088	0.1655	0.0316	0.154	-18.2884	16.4094	4.5651

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 18 )	A	2 - 18
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 43 )	A	19 - 43
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 44 through 61 )	A	44 - 61
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 62 through 84 )	A	62 - 84
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 85 through 93 )	A	85 - 93
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 94 through 113 )	A	94 - 113
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 114 through 136 )	A	114 - 136
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 137 through 155 )	A	137 - 155
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 156 through 166 )	A	156 - 166
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 167 through 177 )	A	167 - 177

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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