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- PDB-6lfl: Crystal structure of a class A GPCR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lfl
タイトルCrystal structure of a class A GPCR
要素C-X-C chemokine receptor type 2,GlgA glycogen synthase,C-X-C chemokine receptor type 2
キーワードMEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / G protein-coupled receptor (Gタンパク質共役受容体)
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-8-mediated signaling pathway / metanephric tubule morphogenesis / negative regulation of neutrophil apoptotic process / interleukin-8 receptor activity / mast cell granule / interleukin-8 binding / C-X-C chemokine receptor activity / acute inflammatory response to antigenic stimulus / glycogen (starch) synthase activity / C-C chemokine receptor activity ...interleukin-8-mediated signaling pathway / metanephric tubule morphogenesis / negative regulation of neutrophil apoptotic process / interleukin-8 receptor activity / mast cell granule / interleukin-8 binding / C-X-C chemokine receptor activity / acute inflammatory response to antigenic stimulus / glycogen (starch) synthase activity / C-C chemokine receptor activity / C-C chemokine binding / 好中球 / positive regulation of vascular permeability / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / dendritic cell chemotaxis / midbrain development / positive regulation of cardiac muscle cell apoptotic process / cellular defense response / 好中球 / secretory granule membrane / G protein-coupled receptor activity / calcium-mediated signaling / receptor internalization / 紡錘体 / positive regulation of angiogenesis / 走化性 / microtubule cytoskeleton / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (i) signalling events / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / cell surface receptor signaling pathway / 炎症 / 免疫応答 / external side of plasma membrane / nucleotide binding / Neutrophil degranulation / positive regulation of cell population proliferation / 細胞膜 / シグナル伝達 / 核質 / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
CXC chemokine receptor 2 / CXC chemokine receptor 1/2 / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferases group 1 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM ...CXC chemokine receptor 2 / CXC chemokine receptor 1/2 / Glycosyl transferases group 1 / Bacterial/plant glycogen synthase / Starch synthase, catalytic domain / Starch synthase catalytic domain / Glycosyl transferases group 1 / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EBX / C-X-C chemokine receptor type 2 / Glycogen synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Pyrococcus abyssi (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Liu, Z.J. / Hua, T. / Liu, K.W. / Wu, L.J.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2020
タイトル: Structural basis of CXC chemokine receptor 2 activation and signalling.
著者: Kaiwen Liu / Lijie Wu / Shuguang Yuan / Meng Wu / Yueming Xu / Qianqian Sun / Shu Li / Suwen Zhao / Tian Hua / Zhi-Jie Liu /
要旨: Chemokines and their receptors mediate cell migration, which influences multiple fundamental biological processes and disease conditions such as inflammation and cancer. Although ample effort has ...Chemokines and their receptors mediate cell migration, which influences multiple fundamental biological processes and disease conditions such as inflammation and cancer. Although ample effort has been invested into the structural investigation of the chemokine receptors and receptor-chemokine recognition, less is known about endogenous chemokine-induced receptor activation and G-protein coupling. Here we present the cryo-electron microscopy structures of interleukin-8 (IL-8, also known as CXCL8)-activated human CXC chemokine receptor 2 (CXCR2) in complex with G protein, along with a crystal structure of CXCR2 bound to a designed allosteric antagonist. Our results reveal a unique shallow mode of binding between CXCL8 and CXCR2, and also show the interactions between CXCR2 and G protein. Further structural analysis of the inactive and active states of CXCR2 reveals a distinct activation process and the competitive small-molecule antagonism of chemokine receptors. In addition, our results provide insights into how a G-protein-coupled receptor is activated by an endogenous protein molecule, which will assist in the rational development of therapeutics that target the chemokine system for better pharmacological profiles.
履歴
登録2019年12月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-X-C chemokine receptor type 2,GlgA glycogen synthase,C-X-C chemokine receptor type 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,1212
ポリマ－56,6951
非ポリマー4261
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.300, 108.460, 82.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 91.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 C-X-C chemokine receptor type 2,GlgA glycogen synthase,C-X-C chemokine receptor type 2 / CXCR-2 / CDw128b / GRO/MGSA receptor / High affinity interleukin-8 receptor B / IL-8R B / IL-8 ...CXCR-2 / CDw128b / GRO/MGSA receptor / High affinity interleukin-8 receptor B / IL-8R B / IL-8 receptor type 2 / Glycogen synthase / CXCR-2 / CDw128b / GRO/MGSA receptor / High affinity interleukin-8 receptor B / IL-8R B / IL-8 receptor type 2


分子量: 56694.871 Da / 分子数: 1 / 変異: L135W, A249E, G303A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
遺伝子: CXCR2, IL8RB, PAB2292 / 株: GE5 / Orsay
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P25025, UniProt: Q9V2J8
#2: 化合物 ChemComp-EBX / 4-[[3,4-bis(oxidanylidene)-2-[[(1~{R})-1-(4-propan-2-ylfuran-2-yl)propyl]amino]cyclobuten-1-yl]amino]-~{N},~{N}-dimethyl-3-oxidanyl-pyridine-2-carboxamide


分子量: 426.466 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26N4O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100mM HEPES pH7.0, 32% PEG 400, 50-150 mM Sodium tartrate dibasic dihydrate salt

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→45.33 Å / Num. obs: 12047 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.78 % / Biso Wilson estimate: 110.76 Å2 / CC1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 10.06
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.2-3.397.0340.5991.413252189418840.5450.64499.5
3.39-3.637.9990.4482.3114767185518460.8560.47699.5
3.63-3.929.8570.3274.3916806170617050.9540.34399.9
3.92-4.2911.3610.2477.8817734156315610.9830.25799.9
4.29-4.812.3230.19212.6717548142514240.9870.19999.9
4.8-5.5413.1650.15415.5116549125712570.9950.159100
5.54-6.7914.0970.14817.1815281108410840.9930.153100
6.79-9.613.8410.09126.57113228188180.9980.094100
9.6-45.3314.2240.07835.4366574714680.9960.08199.4

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5LWE

5lwe


解像度: 3.2→45.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.926 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.449
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.264 616 5.11 %RANDOM
Rwork0.231 ---
obs0.233 12047 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 241.9 Å2 / Biso mean: 132.56 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5433 Å20 Å2-5.5759 Å2
2---15.8165 Å20 Å2
3---16.3598 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.52 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→45.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3706 0 31 0 3737
Biso mean--98.56 --
残基数----471
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1316SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes613HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3823HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion497SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4388SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3823HARMONIC20.008
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5173HARMONIC21
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.93
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion23.04
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.5 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2562 147 5.14 %
Rwork0.2123 2711 -
all0.2145 2858 -
obs--99.44 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 40.412 Å / Origin y: -19.015 Å / Origin z: 183.59 Å
111213212223313233
T-0.1988 Å20.0337 Å2-0.071 Å2-0.0881 Å20.0018 Å2---0.4302 Å2
L1.0383 °2-1.094 °2-1.2712 °2-2.1584 °21.5478 °2--0.9676 °2
S0.0765 Å °0.2724 Å °-0.0327 Å °-0.1226 Å °-0.1571 Å °-0.0138 Å °-0.3108 Å °-0.1083 Å °0.0807 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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