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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lfe | |||||||||
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タイトル | Rat-COMT, Nitecapone,SAM and Mg bond | |||||||||
要素 | Catechol O-methyltransferaseカテコール-O-メチルトランスフェラーゼ | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Enzyme S-adenosylmethionone catechol / catecholamine (カテコールアミン) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / positive regulation of homocysteine metabolic process / メチル化 / norepinephrine secretion / response to dopamine / 咀嚼 / catecholamine catabolic process / catechol-containing compound metabolic process / catechol O-methyltransferase activity ...Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / positive regulation of homocysteine metabolic process / メチル化 / norepinephrine secretion / response to dopamine / 咀嚼 / catecholamine catabolic process / catechol-containing compound metabolic process / catechol O-methyltransferase activity / renal sodium excretion / : / : / S-adenosylhomocysteine metabolic process / カテコール-O-メチルトランスフェラーゼ / 発生生物学 / renal filtration / renin secretion into blood stream / dopamine secretion / renal albumin absorption / negative regulation of dopamine metabolic process / response to salt / 馴化 / artery development / catecholamine metabolic process / S-adenosylmethionine metabolic process / short-term memory / cerebellar cortex morphogenesis / cellular response to phosphate starvation / dopamine catabolic process / norepinephrine metabolic process / glomerulus development / fear response / multicellular organismal reproductive process / synaptic transmission, dopaminergic / response to angiotensin / cellular response to cocaine / estrogen metabolic process / exploration behavior / response to food / cholesterol efflux / response to temperature stimulus / response to pain / response to corticosterone / dopamine metabolic process / glycogen metabolic process / prostaglandin metabolic process / startle response / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / : / behavioral fear response / multicellular organismal response to stress / response to amphetamine / : / 学習 / kidney development / response to cytokine / female pregnancy / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / visual learning / multicellular organism growth / response to organic cyclic compound / response to toxic substance / 記憶 / 認識 / 血圧 / response to wounding / response to estrogen / cell body / 遺伝子発現 / メチル化 / postsynapse / postsynaptic membrane / response to oxidative stress / vesicle / response to lipopolysaccharide / 樹状突起スパイン / learning or memory / response to hypoxia / response to xenobiotic stimulus / 神経繊維 / glutamatergic synapse / 樹状突起 / magnesium ion binding / 生体膜 / 細胞質基質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Takebe, K. / Iijima, H. / Suzuki, M. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Chem Pharm Bull (Tokyo) / 年: 2020 タイトル: Crystal Structure of Catechol O-Methyltransferase Complexed with Nitecapone. 著者: Iijima, H. / Takebe, K. / Suzuki, M. / Kobayashi, H. / Takamiya, T. / Saito, H. / Niwa, N. / Kuwada-Kusunose, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lfe.cif.gz | 116.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lfe.ent.gz | 85.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lfe.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/6lfe ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/6lfe | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1vidS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 24916.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Comt / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P22734, カテコール-O-メチルトランスフェラーゼ |
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-非ポリマー , 6種, 234分子
#2: 化合物 | ChemComp-SAM / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-EAO / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
#5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.67 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1M HEPES sodium pH 7.5 10%v/v 2-propanol 20%w/v polyethylene glycol 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→49.67 Å / Num. obs: 28732 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 13.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.63 Å / Num. unique obs: 1262 / CC1/2: 0.907 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1VID 解像度: 1.6→9.922 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.65 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 67.79 Å2 / Biso mean: 19.8929 Å2 / Biso min: 8.14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.6→9.922 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 20.8071 Å / Origin y: -4.4962 Å / Origin z: -9.1019 Å
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精密化 TLSグループ |
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