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- PDB-6lfe: Rat-COMT, Nitecapone,SAM and Mg bond -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lfe
タイトルRat-COMT, Nitecapone,SAM and Mg bond
要素Catechol O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Enzyme S-adenosylmethionone catechol / catecholamine
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of homocysteine metabolic process / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / S-adenosylhomocysteine metabolic process ...positive regulation of homocysteine metabolic process / Enzymatic degradation of dopamine by COMT / Enzymatic degradation of Dopamine by monoamine oxidase / Methylation / norepinephrine secretion / response to dopamine / mastication / catecholamine catabolic process / catechol O-methyltransferase activity / S-adenosylhomocysteine metabolic process / catechol O-methyltransferase / developmental process / renal sodium excretion / renal filtration / S-adenosylmethionine metabolic process / renin secretion into blood stream / dopamine secretion / catecholamine metabolic process / renal albumin absorption / artery development / habituation / cerebellar cortex morphogenesis / dopamine catabolic process / glomerulus development / response to salt / norepinephrine metabolic process / short-term memory / fear response / response to angiotensin / synaptic transmission, dopaminergic / cellular response to phosphate starvation / cellular response to cocaine / estrogen metabolic process / cholesterol efflux / exploration behavior / response to food / prostaglandin metabolic process / response to corticosterone / negative regulation of dopamine metabolic process / response to pain / response to temperature stimulus / glycogen metabolic process / response to stress / startle response / dopamine metabolic process / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / behavioral fear response / multicellular organismal response to stress / : / response to cytokine / response to amphetamine / female pregnancy / learning / kidney development / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / visual learning / regulation of blood pressure / memory / multicellular organism growth / response to toxic substance / response to wounding / response to estrogen / cognition / cell body / methylation / response to lipopolysaccharide / vesicle / gene expression / dendritic spine / response to oxidative stress / postsynaptic membrane / learning or memory / response to hypoxia / postsynapse / response to xenobiotic stimulus / axon / dendrite / glutamatergic synapse / magnesium ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Catechol O-methyltransferase, eukaryotic / Class I-like SAM-dependent O-methyltransferase / O-methyltransferase / SAM-dependent O-methyltransferase class I-type profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-EAO / ISOPROPYL ALCOHOL / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / S-ADENOSYLMETHIONINE / Catechol O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Takebe, K. / Iijima, H. / Suzuki, M.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)JP15K08034 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP18am0101001 (0318) 日本
引用ジャーナル: Chem Pharm Bull (Tokyo) / 年: 2020
タイトル: Crystal Structure of Catechol O-Methyltransferase Complexed with Nitecapone.
著者: Iijima, H. / Takebe, K. / Suzuki, M. / Kobayashi, H. / Takamiya, T. / Saito, H. / Niwa, N. / Kuwada-Kusunose, T.
履歴
登録2019年12月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22022年3月9日Group: Derived calculations / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,9378
ポリマ－24,9171
非ポリマー1,0207
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint9 kcal/mol
Surface area9100 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)49.665, 53.298, 80.786
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Catechol O-methyltransferase


分子量: 24916.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Comt / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P22734, catechol O-methyltransferase

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非ポリマー , 6種, 234分子

#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N6O5S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EAO / 3-(3,4-dihydroxy-5-nitrobenzylidene)pentane-2,4-dione


分子量: 265.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H11NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 薬剤, 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.67 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M HEPES sodium pH 7.5 10%v/v 2-propanol 20%w/v polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→49.67 Å / Num. obs: 28732 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.031 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / Num. unique obs: 1262 / CC1/2: 0.907

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VID

1vid


解像度: 1.6→9.922 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.65 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1661 1431 5.02 %
Rwork0.1469 27087 -
obs0.1478 28518 98.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 67.79 Å2 / Biso mean: 19.8929 Å2 / Biso min: 8.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→9.922 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1673 0 69 230 1972
Biso mean--23.36 34.55 -
残基数----213
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.65690.22711400.18682506264693
1.6569-1.7230.2211360.16622649278598
1.723-1.80090.18881450.15626622807100
1.8009-1.89530.18061600.148927012861100
1.8953-2.01310.15911580.146326892847100
2.0131-2.1670.16461500.142227112861100
2.167-2.38230.18551320.14327362868100
2.3823-2.72080.17411190.146927712890100
2.7208-3.40480.15661800.151727432923100
3.4048-9.92190.14081110.138229193030100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 20.8071 Å / Origin y: -4.4962 Å / Origin z: -9.1019 Å
111213212223313233
T0.1073 Å20.0073 Å20.0071 Å2-0.0932 Å20.0066 Å2--0.1174 Å2
L0.9643 °2-0.1933 °20.1944 °2-0.3543 °2-0.1198 °2--0.8528 °2
S-0.0057 Å °0.0719 Å °0.1123 Å °0.0056 Å °-0.0418 Å °-0.0325 Å °-0.0106 Å °0.0009 Å °-0.096 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA3 - 215
2X-RAY DIFFRACTION1allB1
3X-RAY DIFFRACTION1allC1
4X-RAY DIFFRACTION1allD1
5X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 234
6X-RAY DIFFRACTION1allS238 - 244
7X-RAY DIFFRACTION1allS245 - 246
8X-RAY DIFFRACTION1allS247 - 249
9X-RAY DIFFRACTION1allS250 - 251
10X-RAY DIFFRACTION1allS252
11X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 3
12X-RAY DIFFRACTION1allF1
13X-RAY DIFFRACTION1allF3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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