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万見
- PDB-6lf9: Crystal structure of pSLA-1*1301 complex with dodecapeptide RVEDV... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lf9
タイトルCrystal structure of pSLA-1*1301 complex with dodecapeptide RVEDVTNTAEYW
要素
  • ARG-VAL-GLU-ASP-VAL-THR-ASN-THR-ALA-GLU-TYR-TRP
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / MHC class I structure / A single-amino acid mutation / Peptide motifs / Random peptide library
機能・相同性
機能・相同性情報


ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / MHC class I protein complex ...ER-Phagosome pathway / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / DAP12 signaling / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Neutrophil degranulation / antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / MHC class I protein complex / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / immune response / lysosomal membrane / extracellular region
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Wei, X.H. / Wang, S. / Zhang, N.Z. / Xia, C.
引用ジャーナル: Front Immunol / 年: 2022
タイトル: Peptidomes and Structures Illustrate How SLA-I Micropolymorphism Influences the Preference of Binding Peptide Length.
著者: Wei, X.H. / Wang, S. / Zhang, N.Z. / Xia, C.
履歴
登録2019年11月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年3月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: ARG-VAL-GLU-ASP-VAL-THR-ASN-THR-ALA-GLU-TYR-TRP
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: ARG-VAL-GLU-ASP-VAL-THR-ASN-THR-ALA-GLU-TYR-TRP
G: MHC class I antigen
H: Beta-2-microglobulin
I: ARG-VAL-GLU-ASP-VAL-THR-ASN-THR-ALA-GLU-TYR-TRP
J: MHC class I antigen
K: Beta-2-microglobulin
L: ARG-VAL-GLU-ASP-VAL-THR-ASN-THR-ALA-GLU-TYR-TRP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)176,48812
ポリマ－176,48812
非ポリマー00
水5,314295
1
D: MHC class I antigen
E: Beta-2-microglobulin
F: ARG-VAL-GLU-ASP-VAL-THR-ASN-THR-ALA-GLU-TYR-TRP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1223
ポリマ－44,1223
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4690 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area18970 Å2
手法PISA
2
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: ARG-VAL-GLU-ASP-VAL-THR-ASN-THR-ALA-GLU-TYR-TRP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1223
ポリマ－44,1223
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19020 Å2
手法PISA
3
G: MHC class I antigen
H: Beta-2-microglobulin
I: ARG-VAL-GLU-ASP-VAL-THR-ASN-THR-ALA-GLU-TYR-TRP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1223
ポリマ－44,1223
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4540 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19460 Å2
手法PISA
4
J: MHC class I antigen
K: Beta-2-microglobulin
L: ARG-VAL-GLU-ASP-VAL-THR-ASN-THR-ALA-GLU-TYR-TRP


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1223
ポリマ－44,1223
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area19260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.169, 44.240, 199.631
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
MHC class I antigen


分子量: 31305.666 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0F6N4T3
#2: タンパク質
Beta-2-microglobulin / Lactollin


分子量: 11332.788 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sus scrofa (ブタ) / 遺伝子: B2M / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07717
#3: タンパク質・ペプチド
ARG-VAL-GLU-ASP-VAL-THR-ASN-THR-ALA-GLU-TYR-TRP


分子量: 1483.558 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.35 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.2 M Ammonium fluoride, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年9月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.16→199.63 Å / Num. obs: 55584 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.176 / Rsym value: 0.176 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.16→2.28 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.426 / Num. unique obs: 43280 / Rsym value: 0.426 / % possible all: 97.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0218精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3qq3

3qq3


解像度: 2.5→199.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.895 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.86 / SU B: 0.003 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.355 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29127 2920 5 %RANDOM
Rwork0.25088 ---
obs0.25291 55584 99.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 35.458 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0.05 Å2
2--0.01 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→199.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12423 0 0 295 12718
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 217 -
Rwork0.261 4047 -
obs--99.51 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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