PDB-6lf7: Crystal structure of the complex of goat lactoperoxidase with hyp...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lf7

タイトル

Crystal structure of the complex of goat lactoperoxidase with hypothiocyanite and hydrogen peroxide at 1.79 A resolution.

要素

Lactoperoxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Peroxide family

機能・相同性

機能・相同性情報

thiocyanate catabolic process / thiocyanate peroxidase activity / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / peroxidase / lactoperoxidase activity / antifungal humoral response / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / antibacterial humoral response / basolateral plasma membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Capra hircus (ヤギ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.794 Å

データ登録者

Viswanathan, V. / Tyagi, T.K. / Singh, R.P. / Singh, A.K. / Singh, A. / Bhushan, A. / Sinha, M. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of the complex of goat lactoperoxidase with hypothiocyanite and hydrogen peroxide at 1.79 A resolution.
著者: Viswanathan, V. / Tyagi, T.K. / Singh, R.P. / Singh, A.K. / Singh, A. / Bhushan, A. / Sinha, M. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.

履歴

登録	2019年11月30日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2020年1月22日	ID: 4N7A
改定 1.0	2020年1月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary カテゴリ: atom_type / chem_comp ...atom_type / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lf7.cif.gz	155.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lf7.ent.gz	116.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lf7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/6lf7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/6lf7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4n7a PDB 未公開エントリS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	7dao-d 1cxp-3 5wv3-d 4ljj-d 6kmk-d 4ksz-d 3r5o-d 4msf-d 2r5l-d 3ogw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#17 - 2001年5月シクロオキシゲナーゼ (Cyclooxygenase) 類似性 (5) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lactoperoxidase

ヘテロ分子

71.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.881, 80.731, 75.139
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.530, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 4分子 A

#1: タンパク質

Lactoperoxidase

分子量: 67571.961 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然)

Capra hircus (ヤギ) / 参照: UniProt: A0A452E9Y6, peroxidase

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 9種, 523分子

#3: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: I / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-PEO / HYDROGEN PEROXIDE 分子量: 34.015 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物	ChemComp-OSM / 1-(OXIDOSULFANYL)METHANAMINE 分子量: 79.122 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₅NOS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物	ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン分子量: 58.082 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#11: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 488 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.37 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.13 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8 詳細: Sodium nitrate, PEG, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月21日 / 詳細: Mirror
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.79→27.214 Å / Num. obs: 56910 / % possible obs: 96.38 % / 冗長度: 8.3 % / CC_1/2: 0.94 / R_sym value: 0.099 / Net I/σ(I): 7.2
反射シェル	解像度: 1.79→1.84 Å / 冗長度: 4.6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 / Num. unique obs: 4329 / CC_1/2: 0.89 / % possible all: 84.83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4N7A

4n7a
PDB 未公開エントリ

解像度: 1.794→27.214 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.94 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.176 / ESU R Free: 0.174 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2966	2871	5.045 %
R_work	0.231	-	-
all	0.234	-	-
obs	-	56910	96.382 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.996 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.126 Å²	-0 Å²	-0.012 Å²
2-	-	0.273 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.131 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.794→27.214 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4757	0	175	488	5420

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	5105
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	4652
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.664	1.675	6905
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	3.05	1.601	10798
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.982	5	610
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.919	21.815	281
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.787	15	830
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.516	15	39
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	626
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	2.965	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	5659
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.025	0.02	1106
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.254	0.2	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.232	0.2	4814
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.166	0.2	2381
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	2169
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.226	0.2	396
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.043	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.143	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.199	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.298	0.2	62
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.189	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.898	3.613	2414
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.903	3.617	2397
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.464	5.421	3005
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.454	5.423	2997
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.808	3.859	2691
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.807	3.859	2692
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.345	5.718	3892
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.344	5.718	3893
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.209	42.874	6090
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.151	42.629	5989

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.794-1.84	0.389	167	0.311	3473	X-RAY DIFFRACTION	84.0841
1.84-1.891	0.39	208	0.354	3915	X-RAY DIFFRACTION	98.2134
1.891-1.945	0.641	186	0.642	3412	X-RAY DIFFRACTION	87.0765
1.945-2.005	0.411	216	0.305	3744	X-RAY DIFFRACTION	98.7777
2.005-2.071	0.291	189	0.245	3722	X-RAY DIFFRACTION	99.7195
2.071-2.144	0.304	162	0.236	3554	X-RAY DIFFRACTION	99.7316
2.144-2.224	0.316	177	0.304	3275	X-RAY DIFFRACTION	95.3591
2.224-2.315	0.473	166	0.432	3116	X-RAY DIFFRACTION	93.611
2.315-2.418	0.295	172	0.218	3174	X-RAY DIFFRACTION	99.8806
2.418-2.536	0.32	177	0.202	3016	X-RAY DIFFRACTION	99.7812
2.536-2.673	0.263	151	0.192	2884	X-RAY DIFFRACTION	99.7371
2.673-2.835	0.275	155	0.21	2736	X-RAY DIFFRACTION	99.7929
2.835-3.03	0.286	143	0.197	2580	X-RAY DIFFRACTION	99.8533
3.03-3.272	0.254	134	0.194	2375	X-RAY DIFFRACTION	99.6822
3.272-3.584	0.23	108	0.18	2225	X-RAY DIFFRACTION	99.15
3.584-4.006	0.231	98	0.164	1906	X-RAY DIFFRACTION	95.8393
4.006-4.623	0.191	100	0.148	1765	X-RAY DIFFRACTION	98.2096
4.623-5.657	0.248	73	0.16	1482	X-RAY DIFFRACTION	98.8557
5.657-7.976	0.25	64	0.178	1174	X-RAY DIFFRACTION	99.5177
7.976-27.21	0.308	25	0.197	511	X-RAY DIFFRACTION	75.493

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