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- PDB-6lew: RVD HA specifically contacts 5mC through van der Waals interactions -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lew
タイトルRVD HA specifically contacts 5mC through van der Waals interactions
要素
  • DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*(5CM)P*GP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')
  • TAL effector
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / methylation TAL effector complex / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性: / TAL effector repeat / TAL effector repeat / DNA / DNA (> 10) / Hax3
機能・相同性情報
生物種Xanthomonas campestris pv. armoraciae (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.48 Å
データ登録者Liu, L. / Yi, C.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China21825701 中国
National Natural Science Foundation of China91740112 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: RVD HA specifically contacts 5mC through van der Waals interactions
著者: Liu, L. / Yi, C.
履歴
登録2019年11月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TAL effector
I: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*(5CM)P*GP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*T)-3')
J: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')
B: TAL effector
C: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*(5CM)P*GP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,6136
ポリマ－124,6136
非ポリマー00
水2,018112
1
A: TAL effector
I: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*(5CM)P*GP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*T)-3')
J: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3063
ポリマ－62,3063
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6250 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area23550 Å2
手法PISA
2
B: TAL effector
C: DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*(5CM)P*GP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*T)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,3063
ポリマ－62,3063
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5980 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area22360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.786, 88.022, 89.349
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.770, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12I
22C
13J
23D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGLEULEUAA236 - 6887 - 459
21ARGARGSERSERBD236 - 6897 - 460
12DTDTDTDTIB-2 - 121 - 15
22DTDTDTDTCE-2 - 121 - 15
13DGDGDADAJC-13 - 22 - 17
23DGDGDADADF-13 - 22 - 17

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 TAL effector


分子量: 51876.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas campestris pv. armoraciae (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3ZD72*PLUS
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*(5CM)P*GP*CP*GP*TP*CP*TP*CP*T)-3')


分子量: 5110.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*GP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*CP*A)-3')


分子量: 5319.477 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.01 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 8-10% PEG3350 (w/v), 10% ethanol and 0.1M MES pH 6.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→86.4 Å / Num. obs: 39755 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.6 % / Rrim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 2.03
反射 シェル解像度: 2.48→4 Å / Num. unique obs: 39755 / Rrim(I) all: 0.096

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GJP

4gjp


解像度: 2.48→86.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 23.372 / SU ML: 0.251 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.602 / ESU R Free: 0.324
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2786 2095 5 %RANDOM
Rwork0.2306 ---
obs0.233 39755 91.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.44 Å2 / Biso mean: 40.382 Å2 / Biso min: 13.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.47 Å20 Å20.73 Å2
2---2.59 Å2-0 Å2
3---1.52 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.48→86.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6526 1327 0 112 7965
Biso mean---29.82 -
残基数----968
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0188083
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.027487
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6241.82511266
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.199317195
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3475882
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg42.24726.183241
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.385151081
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0341528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0810.21328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0218327
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021668
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A230170.13
12B230170.13
21I11930.12
22C11930.12
31J11950.11
32D11950.11
LS精密化 シェル解像度: 2.483→2.547 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.258 71 -
Rwork0.254 1558 -
all-1629 -
obs--48.63 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9349-0.1622-0.43090.8365-0.22891.37980.08370.17140.1315-0.13960.0373-0.1493-0.05460.1332-0.1210.1098-0.0082-0.02530.2015-0.02470.10112.158314.111440.561
22.99760.8571-2.08223.1314-0.52461.7070.26060.09720.1461-0.0288-0.0806-0.0681-0.25280.1037-0.180.0482-0.03350.02260.124-0.04120.08629.077116.919446.254
31.8915-0.0411-0.97822.0335-1.09857.20160.0630.19770.0809-0.0181-0.00450.09990.0169-0.1756-0.05850.0814-0.03160.00970.1415-0.02730.20988.0419.149747.9092
40.9356-0.0216-0.08021.39540.00721.2468-0.00870.1794-0.1966-0.10820.0247-0.10370.12780.1382-0.0160.06750.0055-0.04430.2532-0.05610.1096-23.93039.1615.3932
51.170.2239-1.06732.54330.0731.0196-0.10440.0016-0.0855-0.25930.0698-0.10290.09240.0550.03450.12590.0238-0.06650.2174-0.06710.0878-27.879112.69044.1563
66.5707-4.07152.07474.2889-0.74642.80750.02350.0481-0.09720.02520.0329-0.1048-0.01080.1369-0.05640.1537-0.0310.01360.20580.02530.1411-29.613212.69025.7509
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A234 - 726
2X-RAY DIFFRACTION2I-2 - 14
3X-RAY DIFFRACTION3J-13 - 2
4X-RAY DIFFRACTION4B234 - 689
5X-RAY DIFFRACTION5C-2 - 13
6X-RAY DIFFRACTION6D-13 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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