PDB-6leu: Quadruple mutant (N51I+C59R+S108N+I164L) plasmodium falciparum di...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6leu

タイトル

Quadruple mutant (N51I+C59R+S108N+I164L) plasmodium falciparum dihydrofolate reductase-thymidylate synthase (PfDHFR-TS) complexed with compound 42 and NADPH

要素

Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Inhinitor / antifolate / dyhydrofolate reductase / plasmodium falciparum / ANTIBIOTIC

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / methylation / nucleotide binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Vanichtanankul, J. / Vitsupakorn, D.

資金援助

タイ, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Flexible diaminodihydrotriazine inhibitors of Plasmodium falciparum dihydrofolate reductase: Binding strengths, modes of binding and their antimalarial activities.
著者: Kamchonwongpaisan, S. / Charoensetakul, N. / Srisuwannaket, C. / Taweechai, S. / Rattanajak, R. / Vanichtanankul, J. / Vitsupakorn, D. / Arwon, U. / Thongpanchang, C. / Tarnchompoo, B. / ...

履歴

登録	2019年11月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6leu.cif.gz	248.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6leu.ent.gz	190.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6leu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6leu_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6leu_full_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示
XML形式データ	6leu_validation.xml.gz	42.6 KB	表示
CIF形式データ	6leu_validation.cif.gz	57.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/6leu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/6leu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6levC 6lezC 6lh9C 6lhiC 6lhjC 4dp3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6kp7-d 6kot-d 6lev-d 6lhi-d 6lh9-d 4dp3-d 4dpd-d 3qgt-d 3qg2-d 3dga-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (7) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

147 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	56.308, 154.488, 163.939
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase 分子量: 71908.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: DHFR-TS, V1/S / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D9N170
#2: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#3: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-E9X / 1-[3-[(4-chlorophenyl)-(phenylmethyl)amino]propoxy]-6,6-dimethyl-1,3,5-triazine-2,4-diamine 分子量: 414.932 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇ClN₆O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.83 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1M sodium acetate, pH 4.6, 0.2M ammonium acetate, 25% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.59→10 Å / Num. obs: 40994 / % possible obs: 90.8 % / 冗長度: 3.99 % / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 14.5
反射シェル	解像度: 2.65→2.74 Å / R_merge(I) obs: 0.479 / Num. unique obs: 5900

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DENZO		データ削減
Coot		モデル構築
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DP3

4dp3

解像度: 2.59→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.941 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.882 / SU B: 11.962 / SU ML: 0.252 / 交差検証法: NONE / ESU R: 1.347 / ESU R Free: 0.352 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2609	2053	5.109 %
R_work	0.1889	-	-
all	0.193	-	-
obs	-	40185	88.369 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 39.937 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.514 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.818 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.304 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8875	0	194	123	9192

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	9291
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	8431
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.79	1.669	12575
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.259	1.599	19618
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.078	5	1057
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.278	23.686	510
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.19	15	1652
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.488	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.116	0.2	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.753	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	10105
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1987
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1873
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.189	0.2	8609
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	4327
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	4369
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	278
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.003	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.222	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.24	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.972	4.167	4252
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.965	4.166	4251
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.404	6.224	5301
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.404	6.225	5302
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.544	4.4	5039
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.544	4.401	5040
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.598	6.478	7274
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.598	6.479	7275
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.957	45.796	10301
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.958	45.805	10295

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.59-2.653	0.334	123	0.28	2366	0.283	3107	0.802	0.824	80.1094	0.256
2.653-2.72	0.327	148	0.245	2435	0.25	2983	0.828	0.855	86.5907	0.218
2.72-2.793	0.295	140	0.242	2423	0.245	2961	0.846	0.874	86.5586	0.209
2.793-2.872	0.278	125	0.231	2325	0.234	2853	0.877	0.878	85.8745	0.2
2.872-2.958	0.316	136	0.229	2295	0.234	2793	0.853	0.882	87.039	0.192
2.958-3.052	0.345	153	0.229	2254	0.236	2721	0.83	0.878	88.4601	0.193
3.052-3.156	0.256	132	0.209	2236	0.212	2634	0.908	0.91	89.9013	0.176
3.156-3.271	0.255	98	0.205	2218	0.207	2551	0.911	0.918	90.7879	0.177
3.271-3.4	0.246	107	0.187	2085	0.19	2421	0.925	0.935	90.5411	0.165
3.4-3.546	0.228	131	0.18	2073	0.183	2382	0.939	0.946	92.5273	0.164
3.546-3.712	0.23	102	0.18	1984	0.183	2256	0.927	0.945	92.4645	0.164
3.712-3.903	0.287	97	0.18	1903	0.185	2162	0.917	0.944	92.5069	0.164
3.903-4.128	0.245	99	0.172	1854	0.175	2067	0.927	0.948	94.4848	0.155
4.128-4.397	0.237	90	0.162	1762	0.165	1939	0.932	0.951	95.5132	0.152
4.397-4.726	0.221	101	0.149	1644	0.153	1835	0.951	0.961	95.0954	0.14
4.726-5.142	0.244	66	0.145	1575	0.149	1717	0.932	0.962	95.5737	0.136
5.142-5.692	0.224	68	0.167	1399	0.17	1545	0.95	0.956	94.9515	0.155
5.692-6.468	0.262	42	0.185	1283	0.187	1394	0.924	0.944	95.0502	0.174
6.468-7.68	0.281	51	0.184	1108	0.188	1224	0.9	0.938	94.6895	0.184
7.68-10	0.237	44	0.167	910	0.17	1021	0.941	0.964	93.4378	0.173

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