PDB-6lej: Structure of E. coli beta-glucuronidase complex with C6-propyl ur...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lej

タイトル

Structure of E. coli beta-glucuronidase complex with C6-propyl uronic isofagomine

要素

(Beta-D-glucuronidase) x 2

キーワード

HYDROLASE / inhibitor / glycosidase / isofagomine

機能・相同性

機能・相同性情報

glucuronoside catabolic process / beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / signaling receptor binding / protein-containing complex / extracellular space / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.617 Å

データ登録者

Lin, H.-Y. / Kuo, Y.-H. / Lin, C.-H.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Entropy-driven binding of gut bacterial beta-glucuronidase inhibitors ameliorates irinotecan-induced toxicity.
著者: Lin, H.Y. / Chen, C.Y. / Lin, T.C. / Yeh, L.F. / Hsieh, W.C. / Gao, S. / Burnouf, P.A. / Chen, B.M. / Hsieh, T.J. / Dashnyam, P. / Kuo, Y.H. / Tu, Z. / Roffler, S.R. / Lin, C.H.

履歴

登録	2019年11月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2 Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6lej.ent.gz	402.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6lej_validation.pdf.gz	1003.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lej_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
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CIF形式データ	6lej_validation.cif.gz	65.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/6lej ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/6lej	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ld0C 6ld6C 6ldbC 6ldcC 6lddC 6legC 6lelC 6lemC 3k46S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lpg-1 3lpf-1 6leg-d 5c71-d 6lel-1 4jhz-2 3k46-1 3k4d-1 3k4a-1 6lem-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (12) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Beta-D-glucuronidase

B: Beta-D-glucuronidase

ヘテロ分子

138 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Beta-D-glucuronidase

B: Beta-D-glucuronidase

ヘテロ分子

A: Beta-D-glucuronidase

B: Beta-D-glucuronidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
275 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	167.686, 76.551, 125.426
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 124.850, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 1 through 195 or resid 200 through 237 or resid 245 through 599))
2	1	(chain B and resid 1 through 599)

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	MET	MET	GLN	GLN	(chain A and (resid 1 through 195 or resid 200 through 237 or resid 245 through 599))	A	A	1 - 195	4 - 198
1	2	ALA	ALA	VAL	VAL	(chain A and (resid 1 through 195 or resid 200 through 237 or resid 245 through 599))	A	A	200 - 237	203 - 240
1	3	GLY	GLY	GLN	GLN	(chain A and (resid 1 through 195 or resid 200 through 237 or resid 245 through 599))	A	A	245 - 599	248 - 602
2	1	MET	MET	GLN	GLN	(chain B and resid 1 through 599)	B	B	1 - 599	1 - 599

#1: タンパク質	Beta-D-glucuronidase / Beta-glucuronidase / NLS-GFP-GUS 分子量: 68804.000 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: uidA, A9R57_02750, ACN68_26240, ACN81_11215, ACU57_22480, AM270_03870, AM464_25945, AUQ13_03930, BANRA_00079, BANRA_00563, BANRA_02251, BB545_08625, BET08_08370, BHS87_09195, BJJ90_13245, ...遺伝子: uidA, A9R57_02750, ACN68_26240, ACN81_11215, ACU57_22480, AM270_03870, AM464_25945, AUQ13_03930, BANRA_00079, BANRA_00563, BANRA_02251, BB545_08625, BET08_08370, BHS87_09195, BJJ90_13245, BK292_18725, BOH76_23450, BON63_17270, BON69_09035, BON71_25965, BUE81_02440, BvCms2454_03287, BvCmsHHP019_03955, BvCmsKKP061_00687, BvCmsKSP011_01150, BvCmsKSP024_03693, BvCmsKSP026_03508, BvCmsKSP045_00685, BvCmsKSP067_00118, BvCmsNSP047_02620, BvCmsSINP012_02859, BvCmsSIP019_00145, BVL39_19890, BW690_15740, BZL31_05290, C4J69_24575, C5N07_00485, C7235_11830, C9200_15785, C9E25_02740, C9Z12_02165, CA593_19915, CI694_12700, COD46_02605, CV83915_04776, D2185_18760, D3821_14300, D3Y67_19800, D9D20_10680, D9I11_03210, D9K48_06425, DBQ99_12860, DNQ41_12380, DXT69_06115, DXT71_07500, E2119_03270, E5P28_03750, E5S47_08220, EAI46_18055, EAI52_05705, EC3234A_33c01180, EC3426_02616, EEP23_13620, EL75_2040, EL79_2080, EL80_2107, ELT20_01525, EPS71_15340, ERS085365_00730, ERS085416_00883, ERS139211_01060, ERS150873_00637, EXX24_04480, EXX78_14190, EYD11_10940, EYY78_00120, FAX15_15905, FV293_04650, NCTC11181_05093, NCTC13462_05935, NCTC8500_02703, NCTC9045_02849, NCTC9062_00385, NCTC9706_03872, PU06_11555, RG28_14030, RK56_009440, SAMEA3472044_02684, SAMEA3472047_01270, SAMEA3472080_01417, SAMEA3484427_00776, SAMEA3484429_00887, SAMEA3752553_00640, SAMEA3752559_02259, SAMEA3753097_02320, SK85_01835, WR15_14365 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: W8SYR0, UniProt: P05804*PLUS, beta-glucuronidase
#2: タンパク質	Beta-D-glucuronidase / Beta-glucuronidase / NLS-GFP-GUS 分子量: 68521.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: uidA, A9R57_02750, ACN68_26240, ACN81_11215, ACU57_22480, AM270_03870, AM464_25945, AUQ13_03930, BANRA_00079, BANRA_00563, BANRA_02251, BB545_08625, BET08_08370, BHS87_09195, BJJ90_13245, ...遺伝子: uidA, A9R57_02750, ACN68_26240, ACN81_11215, ACU57_22480, AM270_03870, AM464_25945, AUQ13_03930, BANRA_00079, BANRA_00563, BANRA_02251, BB545_08625, BET08_08370, BHS87_09195, BJJ90_13245, BK292_18725, BOH76_23450, BON63_17270, BON69_09035, BON71_25965, BUE81_02440, BvCms2454_03287, BvCmsHHP019_03955, BvCmsKKP061_00687, BvCmsKSP011_01150, BvCmsKSP024_03693, BvCmsKSP026_03508, BvCmsKSP045_00685, BvCmsKSP067_00118, BvCmsNSP047_02620, BvCmsSINP012_02859, BvCmsSIP019_00145, BVL39_19890, BW690_15740, BZL31_05290, C4J69_24575, C5N07_00485, C7235_11830, C9200_15785, C9E25_02740, C9Z12_02165, CA593_19915, CI694_12700, COD46_02605, CV83915_04776, D2185_18760, D3821_14300, D3Y67_19800, D9D20_10680, D9I11_03210, D9K48_06425, DBQ99_12860, DNQ41_12380, DXT69_06115, DXT71_07500, E2119_03270, E5P28_03750, E5S47_08220, EAI46_18055, EAI52_05705, EC3234A_33c01180, EC3426_02616, EEP23_13620, EL75_2040, EL79_2080, EL80_2107, ELT20_01525, EPS71_15340, ERS085365_00730, ERS085416_00883, ERS139211_01060, ERS150873_00637, EXX24_04480, EXX78_14190, EYD11_10940, EYY78_00120, FAX15_15905, FV293_04650, NCTC11181_05093, NCTC13462_05935, NCTC8500_02703, NCTC9045_02849, NCTC9062_00385, NCTC9706_03872, PU06_11555, RG28_14030, RK56_009440, SAMEA3472044_02684, SAMEA3472047_01270, SAMEA3472080_01417, SAMEA3484427_00776, SAMEA3484429_00887, SAMEA3752553_00640, SAMEA3752559_02259, SAMEA3753097_02320, SK85_01835, WR15_14365 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: W8SYR0, UniProt: P05804*PLUS, beta-glucuronidase
#3: 化合物	ChemComp-CKX / (2~{S},3~{S},4~{R},5~{R})-4,5-bis(oxidanyl)-2-propyl-piperidine-3-carboxylic acid 分子量: 203.236 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₇NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.86 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5 and 21% PEG4K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: TPS 05A / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2017年10月24日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.26→30 Å / Num. obs: 61283 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.082 / R_pim(I) all: 0.04 / R_rim(I) all: 0.092 / Χ²: 0.897 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 325144

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.26-2.34	4.6	0.573	5546	0.838	0.284	0.642	0.724	89.1
2.34-2.43	5.2	0.514	6119	0.894	0.243	0.57	0.732	98
2.43-2.55	5.7	0.412	6153	0.936	0.188	0.453	0.751	100
2.55-2.68	5.8	0.322	6252	0.955	0.145	0.354	0.801	100
2.68-2.85	5.8	0.224	6241	0.976	0.102	0.246	0.858	99.9
2.85-3.07	5.8	0.159	6229	0.985	0.073	0.175	1.013	99.9
3.07-3.37	5.6	0.105	6269	0.99	0.049	0.116	1.142	99.7
3.37-3.86	5.2	0.068	6202	0.994	0.034	0.076	1.196	98.9
3.86-4.86	4.5	0.047	5997	0.995	0.026	0.054	1.03	95.4
4.86-30	4.7	0.036	6275	0.997	0.019	0.041	0.667	97.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
Blu-Ice		データ収集
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3k46

3k46

解像度: 2.617→29.748 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 32.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2797	1999	6.32 %
R_work	0.2367	-	-
obs	0.2394	31639	79.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 124.78 Å² / B_iso mean: 57.1598 Å² / B_iso min: 2.08 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.617→29.748 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9507	0	28	65	9600
B_iso mean	-	-	36.81	36.94	-
残基数	-	-	-	-	1187

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	9784
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.531	13306
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.085	1420
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	1731
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.373	5698

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	5261	X-RAY DIFFRACTION	13.68	TORSIONAL
1	2	B	5261	X-RAY DIFFRACTION	13.68	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.617-2.6821	0.4672	41	0.3392	594	23
2.6821-2.7546	0.3851	60	0.3368	902	34
2.7546-2.8356	0.3725	90	0.3244	1342	51
2.8356-2.927	0.3331	116	0.3234	1714	65
2.927-3.0316	0.3264	130	0.3212	1938	74
3.0316-3.1528	0.3774	148	0.3019	2176	82
3.1528-3.2961	0.3382	161	0.2801	2386	91
3.2961-3.4696	0.3434	176	0.2662	2605	99
3.4696-3.6867	0.2641	179	0.2468	2666	100
3.6867-3.9707	0.2789	176	0.2237	2620	100
3.9707-4.3692	0.248	179	0.2062	2644	100
4.3692-4.9988	0.2767	179	0.1988	2659	100
4.9988-6.2882	0.2433	180	0.2207	2661	100
6.2882-29.748	0.2131	184	0.1932	2733	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0806	0.2109	0.1891	0.5639	0.5095	0.4612	0.2116	0.853	-0.4739	-0.2293	-0.1605	-0.2649	0.2071	0.2689	-0.0577	0.6923	0.2423	0.0263	1.2042	-0.5151	0.9018	-7.8956	-47.4947	23.5919
2	0.4622	-0.0614	0.1811	0.6058	0.1861	0.1655	0.1346	0.8078	-0.1945	-0.4563	-0.095	-0.2827	0.0937	0.3296	-0.2159	0.4698	0.3309	0.1013	1.0173	-0.4625	0.6236	-4.7192	-39.6367	27.3529
3	0.8035	0.3265	-0.7202	1.6517	-0.6288	1.3358	0.0281	1.0828	0.1992	-0.612	0.0203	-0.326	-0.148	0.3827	-0.062	0.4387	-0.0224	0.2181	0.9781	0.1777	0.3689	-11.2415	-18.113	26.7772
4	0.511	0.0981	0.7264	1.4839	1.0945	2.05	0.2634	0.1313	-0.0843	0.1062	0.1546	-0.4409	0.3735	0.272	-0.3199	0.2268	0.0778	0.1181	0.5724	-0.1518	0.3968	-0.1027	-30.157	44.5807
5	0.1843	-0.2914	0.2024	0.8618	0.0816	1.2376	0.1553	-0.1558	0.4373	0.0485	-0.0792	-0.1679	-0.1849	0.4868	-0.0617	0.274	-0.0841	0.091	0.2205	-0.0066	0.3097	-10.7774	-20.3921	54.2584
6	1.6796	-0.179	0.5659	0.7548	0.1094	1.6343	0.0754	0.2088	0.2409	0.1135	0.0422	-0.2091	-0.227	0.0477	-0.0916	0.2042	0.0411	0.0927	0.1402	-0.0054	0.3097	-22.0596	-22.9855	47.192
7	0.56	-0.0703	-0.3734	0.1537	0.1078	0.276	0.212	0.8067	-0.0752	-0.5959	-0.0357	-0.1819	0.0125	0.0776	-0.0828	0.6144	0.1313	0.099	1.4776	-0.1975	0.3016	-30.1238	-29.9304	11.9781
8	0.2714	0.4417	-0.6338	1.0333	-0.2133	3.5191	0.1005	0.3424	-0.0253	-0.2547	-0.0623	-0.0437	-0.4154	0.3344	-0.0236	0.4524	0.1886	-0.0743	1.0531	-0.3205	0.3405	-40.9499	-32.8387	16.8576
9	0.0342	0.0869	-0.1409	0.8567	0.0642	0.6923	-0.0465	0.6177	-0.4774	-0.6487	0.0527	-0.0715	0.394	0.0817	-0.0301	0.7733	0.2105	-0.2089	1.0172	-0.9513	1.1313	-30.6902	-58.2839	14.9991
10	0.1116	-0.037	0.309	0.2736	0.0596	0.9749	0.1694	0.4813	-0.5806	-0.1977	0.1414	0.0577	0.2998	0.0007	0.3784	0.624	0.036	-0.3927	0.809	-0.649	1.0426	-53.2295	-52.2042	23.6581
11	0.4092	-0.1527	-0.093	0.0872	-0.1036	0.6308	0.1409	0.1727	-0.8499	0.1066	0.014	-0.0267	0.59	0.0185	0.017	0.4835	-0.0209	-0.2517	0.1668	-0.2738	0.9833	-42.8152	-54.3168	41.0323

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -2 through 45 )	A	-2 - 45
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 46 through 210 )	A	46 - 210
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 211 through 344 )	A	211 - 344
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 345 through 420 )	A	345 - 420
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 421 through 539 )	A	421 - 539
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 540 through 599 )	A	540 - 599
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 126 )	B	1 - 126
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 127 through 183 )	B	127 - 183
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 184 through 344 )	B	184 - 344
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 345 through 512 )	B	345 - 512
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 513 through 600 )	B	513 - 600

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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