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万見
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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6le0
タイトルA nonspecific heme-binding cyclase catalyzes [4 + 2] cycloaddition during neoabyssomicin biosynthesis
要素AbmU
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / cyclase
機能・相同性Allene oxide cyclase barrel-like domain / Allene oxide cyclase barrel like domain / antibiotic biosynthetic process / isomerase activity / AbmU
機能・相同性情報
生物種Streptomyces koyangensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.51 Å
データ登録者Ju, J.J.
引用ジャーナル: Acs Omega / 年: 2020
タイトル: Nonspecific Heme-Binding Cyclase, AbmU, Catalyzes [4 + 2] Cycloaddition during Neoabyssomicin Biosynthesis.
著者: Li, Q. / Ding, W. / Tu, J. / Chi, C. / Huang, H. / Ji, X. / Yao, Z. / Ma, M. / Ju, J.
履歴
登録2019年11月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年6月9日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _diffrn_source.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AbmU
B: AbmU
C: AbmU
D: AbmU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)95,5714
ポリマ－95,5714
非ポリマー00
水3,135174
1
A: AbmU
B: AbmU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7862
ポリマ－47,7862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area17040 Å2
手法PISA
2
C: AbmU
D: AbmU


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7862
ポリマ－47,7862
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4730 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area17520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.613, 65.349, 101.397
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.189, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 2 through 32 or resid 41 through 206))A4 - 31
121(chain 'A' and (resid 2 through 32 or resid 41 through 206))A41 - 102
131(chain 'A' and (resid 2 through 32 or resid 41 through 206))A105 - 147
141(chain 'A' and (resid 2 through 32 or resid 41 through 206))A149 - 205
251(chain 'B' and (resid 2 through 32 or resid 41 through 206))B4 - 31
261(chain 'B' and (resid 2 through 32 or resid 41 through 206))B41 - 102
271(chain 'B' and (resid 2 through 32 or resid 41 through 206))B105 - 147
281(chain 'B' and (resid 2 through 32 or resid 41 through 206))B149 - 205
391(chain 'C' and (resid 2 through 32 or resid 41 through 206))C4 - 31
3101(chain 'C' and (resid 2 through 32 or resid 41 through 206))C41 - 102
3111(chain 'C' and (resid 2 through 32 or resid 41 through 206))C105 - 147
3121(chain 'C' and (resid 2 through 32 or resid 41 through 206))C149 - 205
4131(chain 'D' and (resid 2 through 32 or resid 41 through 206))D4 - 31
4141(chain 'D' and (resid 2 through 32 or resid 41 through 206))D41 - 102
4151(chain 'D' and (resid 2 through 32 or resid 41 through 206))D105 - 147
4161(chain 'D' and (resid 2 through 32 or resid 41 through 206))D149 - 205

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要素

#1: タンパク質
AbmU


分子量: 23892.865 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces koyangensis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2P1BT29
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.15 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.1 M MES pH 6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97893 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97893 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.51→50 Å / Num. obs: 29528 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 41.68 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 13.9
反射 シェル解像度: 2.51→2.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.498 / Num. unique obs: 1020 / Rpim(I) all: 0.219

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.51→27.88 Å / SU ML: 0.331 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 26.6494
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2451 1457 4.94 %
Rwork0.1996 --
obs0.2019 29510 98.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 50.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.51→27.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6245 0 0 174 6419
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01016425
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25748769
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072933
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00961171
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.10863741
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.51-2.60.33411420.25572790X-RAY DIFFRACTION98.99
2.6-2.70.2881280.24582820X-RAY DIFFRACTION98.96
2.7-2.830.30421300.23992828X-RAY DIFFRACTION98.96
2.83-2.980.29291490.24442797X-RAY DIFFRACTION99.19
2.98-3.160.30361510.23852803X-RAY DIFFRACTION98.76
3.16-3.410.27871410.21822740X-RAY DIFFRACTION96.74
3.41-3.750.23721610.20362846X-RAY DIFFRACTION99.24
3.75-4.290.21521460.17632832X-RAY DIFFRACTION99.33
4.29-5.40.19571010.16242835X-RAY DIFFRACTION96.99
5.4-27.880.21812080.17752762X-RAY DIFFRACTION95.74

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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