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- PDB-6ldu: Crystal structure of CeCht1, a nematode I family chitinase from C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ldu
タイトルCrystal structure of CeCht1, a nematode I family chitinase from C. elegans
要素Probable endochitinase
キーワードHYDROLASE / Nematode chitinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Digestion of dietary carbohydrate / ATF6-mediated unfolded protein response / Neutrophil degranulation / response to fungus / chitinase activity / endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II ...Chitin-binding domain type 2 / Chitin binding domain / Chitin binding Peritrophin-A domain / Chitin-binding type-2 domain profile. / Chitin binding domain superfamily / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Probable endochitinase
類似検索 - 構成要素
生物種Caenorhabditis elegans (センチュウ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.701 Å
データ登録者Chen, Q. / Yang, Q. / Zhou, Y.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of CeCht1, a nematode I family chitinase from C. elegans
著者: Chen, Q. / Yang, Q. / Zhou, Y.
履歴
登録2019年11月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable endochitinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,7794
ポリマ－42,3731
非ポリマー4053
水8,881493
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area14750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.571, 66.935, 57.352
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 102.709, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Probable endochitinase


分子量: 42373.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ)
遺伝子: cht-1, C04F6.3 / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類) / 参照: UniProt: Q11174, chitinase
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3.350, Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 38049 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 12.8025320272 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 9.199
反射 シェル解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.401 / Num. unique obs: 3724

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W4R

3w4r


解像度: 1.701→42.927 Å / SU ML: 0.16279252798 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34013105416 / 位相誤差: 19.1992084172
Rfactor反射数%反射
Rfree0.208848124346 2000 5.25637993114 %
Rwork0.166080997391 --
obs0.168286066436 38049 98.5189404728 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 15.5496121088 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.701→42.927 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2994 0 26 493 3513
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.006794669913483113
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9062166661344240
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0586631307443435
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00620318966322546
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.32697039651081
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7011-1.74370.2263522605211380.1927401056562480X-RAY DIFFRACTION95.6172388605
1.7437-1.79080.258901044811430.1870119235812587X-RAY DIFFRACTION98.948894527
1.7908-1.84350.2266368386611430.1772925855472582X-RAY DIFFRACTION99.3800145879
1.8435-1.9030.2299216366381440.1734120089222590X-RAY DIFFRACTION99.671892089
1.903-1.9710.2232286064861430.1631446491862589X-RAY DIFFRACTION99.5989792198
1.971-2.04990.2403307961851440.1612455157582592X-RAY DIFFRACTION99.5271007639
2.0499-2.14320.1935503538411450.1571829079232600X-RAY DIFFRACTION99.4925697717
2.1432-2.25620.2160299121141430.1549442454982579X-RAY DIFFRACTION99.5975118917
2.2562-2.39760.2104426841191430.1648711070232594X-RAY DIFFRACTION99.4188158373
2.3976-2.58270.2136486932511450.1672851290782602X-RAY DIFFRACTION99.4209192906
2.5827-2.84250.2014930828451450.1647495791152599X-RAY DIFFRACTION99.2405063291
2.8425-3.25370.1856482068931420.1671415093252575X-RAY DIFFRACTION98.5849056604
3.2537-4.09880.1866991398431400.1552929423272535X-RAY DIFFRACTION95.8781362007
4.0988-42.92660.21286917011420.1731389700892545X-RAY DIFFRACTION95.0141442716

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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