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- PDB-6ldq: Sucrose-phosphate synthase (tll1590)_27_220_406_426_from Thermosy... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ldq
タイトルSucrose-phosphate synthase (tll1590)_27_220_406_426_from Thermosynechococcus elongatus (twinned)
要素Tll1590 protein
キーワードTRANSFERASE / Sucrose-phosphate synthase
機能・相同性Glycosyl transferase 4-like domain / : / Glycosyltransferase subfamily 4-like, N-terminal domain / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / glycosyltransferase activity / nucleotide binding / THIOCYANATE ION / Tll1590 protein
機能・相同性情報
生物種Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Su, J.
引用ジャーナル: Front Microbiol / 年: 2020
タイトル: Co-crystal Structure ofThermosynechococcus elongatusSucrose Phosphate Synthase With UDP and Sucrose-6-Phosphate Provides Insight Into Its Mechanism of Action Involving an Oxocarbenium ...タイトル: Co-crystal Structure ofThermosynechococcus elongatusSucrose Phosphate Synthase With UDP and Sucrose-6-Phosphate Provides Insight Into Its Mechanism of Action Involving an Oxocarbenium Ion and the Glycosidic Bond.
著者: Li, Y. / Yao, Y. / Yang, G. / Tang, J. / Ayala, G.J. / Li, X. / Zhang, W. / Han, Q. / Yang, T. / Wang, H. / Mayo, K.H. / Su, J.
履歴
登録2019年11月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月3日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22020年6月24日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Tll1590 protein
A: Tll1590 protein
B: Tll1590 protein
C: Tll1590 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,1388
ポリマ－99,9054
非ポリマー2324
水4,035224
1
D: Tll1590 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0342
ポリマ－24,9761
非ポリマー581
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area9550 Å2
手法PISA
2
A: Tll1590 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0342
ポリマ－24,9761
非ポリマー581
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9630 Å2
手法PISA
3
B: Tll1590 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0342
ポリマ－24,9761
非ポリマー581
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area9400 Å2
手法PISA
4
C: Tll1590 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0342
ポリマ－24,9761
非ポリマー581
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area9110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.022, 134.059, 60.794
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質
Tll1590 protein / Sucrose-phosphate synthase


分子量: 24976.361 Da / 分子数: 4 / 変異: 221-405 deletion / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: deletion of residues 221-405 in Q8DIJ5
由来: (組換発現) Thermosynechococcus elongatus (バクテリア)
遺伝子: tll1590 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8DIJ5
#2: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 224 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→19.4 Å / Num. obs: 60298 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.625 / Num. unique obs: 4059

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549 / 分類: 精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KIH

6kih


解像度: 1.92→19.398 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2908 2018 3.35 %
Rwork0.2405 58229 -
obs0.2422 60247 98.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 66.68 Å2 / Biso mean: 25.4208 Å2 / Biso min: 9.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.92→19.398 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6081 0 12 224 6317
Biso mean--22.11 28.99 -
残基数----739
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.92-1.9680.3351390.2762414499
1.968-2.02120.3461470.2704416299
2.0212-2.08060.3191410.2695411099
2.0806-2.14760.32911400.246409198
2.1476-2.22430.32321440.2484410698
2.2243-2.31320.33791480.246415599
2.3132-2.41830.30181450.2468414099
2.4183-2.54550.31731380.2418420299
2.5455-2.70460.31131420.23144140100
2.7046-2.91280.29531490.25234210100
2.9128-3.20480.32341410.2547416799
3.2048-3.66580.25371440.2248418699
3.6658-4.60830.26221480.2191420399
4.6083-19.3980.25541520.2385421399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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