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- PDB-6ld9: Crystal structure of cystathionine gamma synthase from Xanthomona... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ld9
タイトルCrystal structure of cystathionine gamma synthase from Xanthomonas oryzae pv. oryzae in complex with cystathionine
要素Cystathionine gamma-synthase
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / cysathionine gamma synthase / PLP dependent enzyme / methionine biosynthesis pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


transsulfuration / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能
O-succinylhomoserine (thiol)-lyase / Cys/Met metabolism enzymes pyridoxal-phosphate attachment site. / Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E9U / Cystathionine gamma-synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas oryzae pv. oryzae KACC 10331 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ngo, H.P.T. / Nguyen, T.D.Q. / Kang, L.W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of cystathionine gamma synthase from Xanthomonas oryzae pv. oryzae in complex with cystathionine
著者: Ngo, H.P.T. / Nguyen, T.D.Q. / Kang, L.W.
履歴
登録2019年11月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystathionine gamma-synthase
B: Cystathionine gamma-synthase
C: Cystathionine gamma-synthase
D: Cystathionine gamma-synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,4818
ポリマ－172,6754
非ポリマー1,8064
水8,053447
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20590 Å2
ΔGint-97 kcal/mol
Surface area45170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.146, 161.146, 245.259
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質
Cystathionine gamma-synthase


分子量: 43168.809 Da / 分子数: 4 / 変異: D5Y, H8D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas oryzae pv. oryzae KACC 10331 (バクテリア)
株: KACC10331 / 遺伝子: metB, XOO1818 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5H1U9
#2: 化合物
ChemComp-E9U / (2~{S})-4-[(2~{R})-2-azanyl-3-oxidanyl-3-oxidanylidene-propyl]sulfanyl-2-[(~{E})-[2-methyl-3-oxidanyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]methylideneamino]butanoic acid


分子量: 451.389 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H22N3O9PS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 447 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.74 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.12 M Ethylene Glycols Mix, 0.1 M Na HEPES/MOPS pH 7.5, 10%(w/v) PEG 4000, 20%(v/v) glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 106893 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 25.8
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Rmerge(I) obs: 0.52 / Num. unique obs: 10462

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データスケーリング
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LD7

6ld7


解像度: 2.5→47.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 11.36 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.185 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1861 5331 5 %RANDOM
Rwork0.1526 ---
obs0.1543 101562 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 112.7 Å2 / Biso mean: 30.917 Å2 / Biso min: 14.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.12 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.12 Å2-0 Å2
3----0.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→47.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11489 0 116 447 12052
Biso mean--32.59 33.1 -
残基数----1549
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.01311821
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711114
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2041.64316091
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.5421.57825597
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.34851545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.63721.489564
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.968151800
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8331584
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1110.21569
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213507
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022485
LS精密化 シェル解像度: 2.503→2.568 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.231 401 -
Rwork0.204 7298 -
all-7699 -
obs--97.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1927-0.0551-0.11180.01760.03050.1815-0.00850.009-0.02620.00420.00370.00410.02320.01480.00480.04220.0040.03560.0139-0.01330.050952.3247-26.28119.9036
20.21230.0346-0.14450.0117-0.01330.1689-0.0091-0.0095-0.0231-0.00320.0038-0.00280.0275-0.00990.00530.0437-0.00530.03410.01430.01390.052528.2439-26.320234.6572
30.1206-0.0618-0.04120.0652-0.01220.12520.05260.01660.0278-0.013-0.0027-0.0062-0.05370.0081-0.04990.06250.00590.05680.0073-0.00020.058348.608910.66337.0491
40.11640.0562-0.07120.0535-0.00730.13970.0514-0.01360.02720.0167-0.01060.0105-0.054-0.0111-0.04080.0616-0.00450.05530.0058-0.00150.055931.960210.654937.4646
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A9 - 801
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 801
3X-RAY DIFFRACTION3C9 - 801
4X-RAY DIFFRACTION4D9 - 801

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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