PDB-6lcu: structure of maltooligosyltrehalose synthase from Arthrobacter ramosus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lcu

タイトル

structure of maltooligosyltrehalose synthase from Arthrobacter ramosus

要素

MTSase

キーワード

ISOMERASE / maltooligosyltrehalose synthase trehalose

機能・相同性

機能・相同性情報

(1->4)-alpha-D-glucan 1-alpha-D-glucosylmutase / (1,4)-alpha-D-glucan 1-alpha-D-glucosylmutase activity / alpha-glucan catabolic process / trehalose biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter ramosus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.45 Å

データ登録者

Chen, C. / Su, L. / Wu, L. / Zhou, J. / Wu, J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: structure of maltooligosyltrehalose synthase from Arthrobacter ramosus
著者: Chen, C. / Wu, J.

履歴

登録	2019年11月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年11月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lcu.cif.gz	369.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lcu.ent.gz	267.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lcu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lcu_validation.pdf.gz	426.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lcu_full_validation.pdf.gz	431.7 KB	表示
XML形式データ	6lcu_validation.xml.gz	32.2 KB	表示
CIF形式データ	6lcu_validation.cif.gz	49.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/6lcu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/6lcu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5zcrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1sa5-d 4y0h-2 1d8e-d 1ohv-1 4zsy-1 1ohy-2 2wka-d 1d8d-d 1tn8-d 3e30-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3) #138 - 2011年6月グルカン分解酵素 (Glucansucrase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: MTSase

84.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	195.430, 195.430, 197.727
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22
Space group name Hall	P6₁2(x,y,z+5/12)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x-y,x,z+1/6 #3: y,-x+y,z+5/6 #4: -y,x-y,z+1/3 #5: -x+y,-x,z+2/3 #6: x-y,-y,-z #7: -x,-x+y,-z+2/3 #8: -x,-y,z+1/2 #9: y,x,-z+1/3 #10: -y,-x,-z+5/6 #11: -x+y,y,-z+1/2 #12: x,x-y,-z+1/6

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-821- HOH
2	1	A-934- HOH
3	1	A-1029- HOH
4	1	A-1181- HOH
5	1	A-1224- HOH
6	1	A-1361- HOH

#1: タンパク質	MTSase 分子量: 84905.188 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter ramosus (バクテリア) 遺伝子: treY 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q9AJN7, (1->4)-alpha-D-glucan 1-alpha-D-glucosylmutase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 575 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 80.84 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Succinic acid

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97919 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年8月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.45→50 Å / Num. obs: 81790 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21 % / B_iso Wilson estimate: 39.22 Å² / CC_1/2: 0.997 / Net I/σ(I): 1.85
反射シェル	解像度: 2.45→2.49 Å / Num. unique obs: 4011 / CC_1/2: 0.718

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5ZCR

5zcr

解像度: 2.45→50 Å / SU ML: 0.2378 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.5798

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1776	4112	5.06 %
R_work	0.1537	-	-
obs	0.1549	81790	100 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 44.98 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.45→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5880	0	0	575	6455

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0097	6013
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.039	8189
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1796	890
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0057	1098
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	35.0398	2204

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.45-2.48	0.3128	132	0.2695	2497	X-RAY DIFFRACTION	94.88
2.48-2.51	0.2611	115	0.2445	2585	X-RAY DIFFRACTION	97.12
2.51-2.54	0.2456	128	0.2434	2572	X-RAY DIFFRACTION	97.72
2.54-2.57	0.2914	149	0.2382	2590	X-RAY DIFFRACTION	97.86
2.57-2.61	0.284	133	0.2361	2600	X-RAY DIFFRACTION	98.91
2.61-2.65	0.2517	155	0.2311	2620	X-RAY DIFFRACTION	99.5
2.65-2.69	0.2526	142	0.2253	2619	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.69-2.73	0.2444	153	0.227	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.77	0.2923	146	0.2207	2639	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.77-2.82	0.2222	127	0.2061	2653	X-RAY DIFFRACTION	100
2.82-2.87	0.28	145	0.2107	2646	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.93	0.2391	145	0.2004	2649	X-RAY DIFFRACTION	100
2.93-2.99	0.2481	140	0.1961	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.05	0.257	146	0.188	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
3.05-3.12	0.2258	144	0.1831	2641	X-RAY DIFFRACTION	100
3.12-3.2	0.1999	139	0.1753	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2-3.29	0.1851	146	0.1608	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
3.29-3.38	0.1814	156	0.1468	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
3.38-3.49	0.1415	143	0.1254	2663	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.62	0.1239	127	0.1205	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
3.62-3.76	0.1175	138	0.1128	2685	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-3.93	0.1288	145	0.1071	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
3.93-4.14	0.1293	170	0.106	2661	X-RAY DIFFRACTION	100
4.14-4.4	0.1083	142	0.103	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4-4.74	0.1135	133	0.0992	2722	X-RAY DIFFRACTION	100
4.74-5.22	0.1351	126	0.1151	2749	X-RAY DIFFRACTION	100
5.22-5.97	0.1729	143	0.1406	2744	X-RAY DIFFRACTION	100
5.97-7.52	0.1763	160	0.1554	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
7.52-48.86	0.1643	144	0.1634	2914	X-RAY DIFFRACTION	98.61

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -93.2257933485 Å / Origin y: 32.5157817655 Å / Origin z: 10.2670959761 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.302045307619 Å²	-0.00136141889588 Å²	0.0133750513676 Å²	-	0.196707379456 Å²	0.00469199570333 Å²	-	-	0.276359245048 Å²
L	0.620860511143 °²	0.169960530802 °²	-0.0207659973287 °²	-	0.861861467092 °²	-0.0808937092648 °²	-	-	1.21686628188 °²
S	0.0210937695485 Å °	-0.108220079628 Å °	-0.0901752505097 Å °	0.110853137309 Å °	-0.0157280760311 Å °	-0.000729949263184 Å °	0.242726667491 Å °	0.0124670447098 Å °	-0.0120746510829 Å °

精密化 TLSグループ

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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