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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lcn | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Serine Acetyltransferase from Planctomyces limnophilus at 2.15A | |||||||||
要素 | Serine O-acetyltransferase | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / PSI-Biology / IFN / Structural Genomics | |||||||||
機能・相同性 | Serine acetyltransferase, N-terminal domain superfamily / serine O-acetyltransferase / serine O-acetyltransferase activity / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Serine O-acetyltransferase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Planctopirus limnophila DSM 3776 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Kumar, N. / Singh, R.P. / Singh, A.K. / Kumaran, S. | |||||||||
資金援助 | インド, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Understanding Mechanics of competitive-allostery Using Engineered Cysteine Synthase Assembly 著者: Kumar, N. / Singh, R.P. / Kumaran, S. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lcn.cif.gz | 384 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lcn.ent.gz | 300.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lcn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6lcn_validation.pdf.gz | 3.4 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6lcn_full_validation.pdf.gz | 3.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6lcn_validation.xml.gz | 69.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6lcn_validation.cif.gz | 98.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/6lcn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/6lcn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3f1xS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36859.645 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Planctopirus limnophila DSM 3776 (バクテリア) 株: DSM 3776 / 遺伝子: Plim_1307 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D5SUT9, serine O-acetyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PEG / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.56 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES pH=6.5, 12% w/v PEG 20,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5417 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年10月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5417 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→47.596 Å / Num. obs: 120745 / % possible obs: 99.64 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 32.4 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.09531 / Rpim(I) all: 0.04956 / Rrim(I) all: 0.1078 / Net I/σ(I): 14.44 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.227 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.742 / Num. unique obs: 11863 / CC1/2: 0.658 / Rpim(I) all: 0.3909 / Rrim(I) all: 0.8414 / % possible all: 99.23 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3F1X 解像度: 2.15→47.596 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 5.78 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.172 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 38.87 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→47.596 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20
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