PDB-6lcn: Crystal structure of Serine Acetyltransferase from Planctomyces l...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lcn

タイトル

Crystal structure of Serine Acetyltransferase from Planctomyces limnophilus at 2.15A

要素

Serine O-acetyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / PSI-Biology / IFN / Structural Genomics

機能・相同性

Serine acetyltransferase, N-terminal domain superfamily / Serine acetyltransferase, LbH domain / serine O-acetyltransferase / serine O-acetyltransferase activity / Trimeric LpxA-like superfamily / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Serine O-acetyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Planctopirus limnophila DSM 3776 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Kumar, N. / Singh, R.P. / Singh, A.K. / Kumaran, S.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Understanding Mechanics of competitive-allostery Using Engineered Cysteine Synthase Assembly
著者: Kumar, N. / Singh, R.P. / Kumaran, S.

履歴

登録	2019年11月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月23日	Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z
改定 1.3	2024年10月30日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lcn.cif.gz	384 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lcn.ent.gz	301 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lcn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lcn_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lcn_full_validation.pdf.gz	3.4 MB	表示
XML形式データ	6lcn_validation.xml.gz	69.7 KB	表示
CIF形式データ	6lcn_validation.cif.gz	98.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/6lcn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lc/6lcn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3f1xS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6bm0-d 5j7o-2 5j7u-2 5j7u-1 6z8i-d 6hin-d 3rqw-1 5gkd-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Serine O-acetyltransferase

B: Serine O-acetyltransferase

C: Serine O-acetyltransferase

D: Serine O-acetyltransferase

E: Serine O-acetyltransferase

F: Serine O-acetyltransferase

ヘテロ分子

222 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.719, 113.165, 230.133
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Serine O-acetyltransferase 分子量: 36859.645 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Planctopirus limnophila DSM 3776 (バクテリア) 株: DSM 3776 / 遺伝子: Plim_1307 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D5SUT9, serine O-acetyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 766 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.56 %
結晶化	温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES pH=6.5, 12% w/v PEG 20,000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5417 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年10月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→47.596 Å / Num. obs: 120745 / % possible obs: 99.64 % / 冗長度: 4.7 % / B_iso Wilson estimate: 32.4 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_merge(I) obs: 0.09531 / R_pim(I) all: 0.04956 / R_rim(I) all: 0.1078 / Net I/σ(I): 14.44
反射シェル	解像度: 2.15→2.227 Å / 冗長度: 4.5 % / R_merge(I) obs: 0.742 / Num. unique obs: 11863 / CC_1/2: 0.658 / R_pim(I) all: 0.3909 / R_rim(I) all: 0.8414 / % possible all: 99.23

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
PHENIX	1.17.1-366	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3F1X

3f1x

解像度: 2.15→47.596 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.939 / SU B: 5.78 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.172 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.223	1990	1.652 %
R_work	0.1866	-	-
all	0.187	-	-
obs	-	120491	99.694 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.87 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.514 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.095 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.609 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→47.596 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14076	0	67	766	14909

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.012	14539
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.475	1.635	19791
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.52	5	1794
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.367	20.844	794
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.521	15	2292
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.619	15	118
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.107	0.2	1939
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	11190
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	7155
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.309	0.2	9869
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.145	0.2	822
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.209	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.148	3.654	7191
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.636	5.447	8968
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.391	4.073	7348
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.248	5.929	10819
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.109	68.327	61064

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.15-2.206	0.301	143	0.282	8587	0.283	8805	0.791	0.8	99.1482	0.273
2.206-2.266	0.289	144	0.258	8478	0.258	8624	0.823	0.835	99.9768	0.244
2.266-2.332	0.266	138	0.247	8213	0.248	8355	0.851	0.853	99.9521	0.228
2.332-2.404	0.266	134	0.225	8012	0.226	8148	0.893	0.891	99.9755	0.204
2.404-2.482	0.237	131	0.213	7764	0.214	7895	0.915	0.905	100	0.188
2.482-2.569	0.227	127	0.219	7528	0.22	7658	0.908	0.899	99.9608	0.192
2.569-2.666	0.268	122	0.21	7233	0.211	7358	0.903	0.91	99.9592	0.181
2.666-2.774	0.254	118	0.204	6996	0.205	7116	0.908	0.919	99.9719	0.175
2.774-2.897	0.234	112	0.187	6698	0.188	6815	0.921	0.934	99.9266	0.158
2.897-3.038	0.214	108	0.176	6446	0.177	6562	0.946	0.949	99.8781	0.147
3.038-3.202	0.207	103	0.171	6098	0.171	6204	0.938	0.955	99.9516	0.147
3.202-3.395	0.209	98	0.173	5819	0.174	5925	0.945	0.953	99.865	0.153
3.395-3.628	0.217	92	0.168	5457	0.169	5557	0.946	0.96	99.856	0.153
3.628-3.917	0.218	84	0.172	5104	0.173	5208	0.948	0.959	99.616	0.158
3.917-4.288	0.178	79	0.149	4694	0.149	4799	0.962	0.97	99.4582	0.138
4.288-4.789	0.216	71	0.147	4243	0.149	4344	0.953	0.971	99.3094	0.142
4.789-5.52	0.181	64	0.164	3812	0.165	3893	0.962	0.963	99.5633	0.159
5.52-6.738	0.221	53	0.217	3271	0.217	3330	0.948	0.954	99.8198	0.2
6.738-9.435	0.204	43	0.161	2581	0.162	2638	0.966	0.972	99.4693	0.163
9.435-47.596	0.198	26	0.18	1457	0.181	1584	0.942	0.965	93.6237	0.205

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