+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lck | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | TtGalA, alpha-galactosidase from Thermus thermophilus in complex with p-nitrophenyl alpha-D-galactopyranoside (alpha-NPG) | |||||||||
![]() | Alpha-galactosidase | |||||||||
![]() | HYDROLASE / alpha-galactosidase / hexamer assembly / substrate specificity / thermostable / stachyose | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Chen, S.C. / Hsu, C.H. | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of alpha-Galactosidase fromThermus thermophilus: Insight into Hexamer Assembly and Substrate Specificity. 著者: Chen, S.C. / Wu, S.P. / Chang, Y.Y. / Hwang, T.S. / Lee, T.H. / Hsu, C.H. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 355.4 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 232.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 49.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 67.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 53986.309 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: TTHB115 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 糖 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.07 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 283 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M CAPSO pH 9.2, 0.2M Li2SO4, 10% PEG 3000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月14日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.85→30 Å / Num. obs: 46936 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 47.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 19.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.85→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.505 / Num. unique obs: 4617 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: apo structure 解像度: 2.85→28.06 Å / SU ML: 0.3067 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.4079
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.38 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.85→28.06 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|