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万見
- PDB-6lcf: Crystal Structure of beta-L-arabinobiose binding protein - native -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lcf
タイトルCrystal Structure of beta-L-arabinobiose binding protein - native
要素ABC transporter substrate binding component
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / substrate-binding protein of ABC transporter
機能・相同性: / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Carbohydrate ABC transporter substrate-binding protein, CUT1 family
機能・相同性情報
生物種Bifidobacterium longum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Miyake, M. / Arakawa, T. / Fushinobu, S.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of beta-L-arabinobiose-binding protein in the metabolic pathway of hydroxyproline-rich glycoproteins in Bifidobacterium longum.
著者: Miyake, M. / Terada, T. / Shimokawa, M. / Sugimoto, N. / Arakawa, T. / Shimizu, K. / Igarashi, K. / Fujita, K. / Fushinobu, S.
履歴
登録2019年11月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12020年12月23日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ABC transporter substrate binding component
B: ABC transporter substrate binding component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,5574
ポリマ－92,9922
非ポリマー5642
水3,819212
1
A: ABC transporter substrate binding component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7782
ポリマ－46,4961
非ポリマー2821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ABC transporter substrate binding component
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7782
ポリマ－46,4961
非ポリマー2821
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)69.353, 52.957, 102.766
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.700, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 ABC transporter substrate binding component / Bacterial extracellular solute-binding protein / Sugar ABC transporter substrate-binding protein / ...Bacterial extracellular solute-binding protein / Sugar ABC transporter substrate-binding protein / Sugars ABC transporter substrate-binding protein


分子量: 46496.141 Da / 分子数: 2 / 断片: ligand binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bifidobacterium longum (バクテリア)
遺伝子: APC1462_0182, APC1476_0195, APC1503_0213, APS65_00860, BBG7_0210, BL105A_0201, DPC6316_0214, DPC6317_0191, DW237_03380, DW792_04665, DWV59_05050, DWV93_04885, DWZ73_01175, EAI75_02995, HMPREF0177_01141
プラスミド: pET-16b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: A0A0A1GL90
#2: 多糖 beta-L-arabinofuranose-(1-2)-beta-L-arabinofuranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LArafb1-2LArafb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a211h-1b_1-4]/1-1/a2-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-L-Araf]{[(2+1)][b-L-Araf]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.5
詳細: 18% PEG 1000, 0.1M Na-citrate (pH 3.5), 0.6mM beta-L-arabinobiose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月23日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator with dual channel cut crystals (DCCM) in (+--+) geometry
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→46.97 Å / Num. obs: 56566 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.54 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 3817 / CC1/2: 0.789

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimlessデータスケーリング
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.92→46.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.922 / SU B: 4.057 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.166 / ESU R Free: 0.143
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2144 2712 4.8 %RANDOM
Rwork0.1819 ---
obs0.1834 53839 99.98 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 73.08 Å2 / Biso mean: 18.165 Å2 / Biso min: 8.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.92→46.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6046 0 38 212 6296
Biso mean--15.59 19.53 -
残基数----806
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0136206
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0175572
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6841.6448432
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4651.5913042
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8055804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.67426.429280
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.941151000
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.254158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2832
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.027054
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021130
LS精密化 シェル解像度: 1.92→1.97 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 194 -
Rwork0.242 3989 -
all-4183 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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