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- PDB-6lb3: Crystal structure of PA4674 in complex with its operator DNA (18b... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lb3
タイトルCrystal structure of PA4674 in complex with its operator DNA (18bp) from Pseudomonas aeruginosa
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*T)-3')
  • HTH cro/C1-type domain-containing protein
キーワードANTITOXIN/DNA / Toxin antitoxin system / transcription regulator / DNA binding protein / ANTITOXIN / ANTITOXIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Toxin-antitoxin system, antidote protein, HigA / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / HTH cro/C1-type domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.497 Å
データ登録者Liu, Y. / Zhang, H. / Gao, Z. / Dong, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)U1732113 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of PA4674 in complex with its operator DNA (18bp) from Pseudomonas aeruginosa
著者: Liu, Y. / Zhang, H. / Gao, Z. / Dong, Y.
履歴
登録2019年11月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH cro/C1-type domain-containing protein
B: HTH cro/C1-type domain-containing protein
C: HTH cro/C1-type domain-containing protein
D: HTH cro/C1-type domain-containing protein
E: HTH cro/C1-type domain-containing protein
F: HTH cro/C1-type domain-containing protein
G: HTH cro/C1-type domain-containing protein
H: HTH cro/C1-type domain-containing protein
I: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*T)-3')
J: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*GP*T)-3')
K: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*T)-3')
L: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*GP*T)-3')
M: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*T)-3')
N: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,14816
ポリマ－130,95614
非ポリマー1922
水1,09961
1
M: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*T)-3')
N: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,0312
ポリマ－11,0312
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: HTH cro/C1-type domain-containing protein
B: HTH cro/C1-type domain-containing protein
G: HTH cro/C1-type domain-containing protein
H: HTH cro/C1-type domain-containing protein
I: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*T)-3')
J: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,1548
ポリマ－59,9626
非ポリマー1922
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10790 Å2
ΔGint-102 kcal/mol
Surface area23240 Å2
手法PISA
3
C: HTH cro/C1-type domain-containing protein
D: HTH cro/C1-type domain-containing protein
E: HTH cro/C1-type domain-containing protein
F: HTH cro/C1-type domain-containing protein
K: DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*T)-3')
L: DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,9626
ポリマ－59,9626
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10830 Å2
ΔGint-103 kcal/mol
Surface area23180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.284, 95.570, 128.857
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.290, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
HTH cro/C1-type domain-containing protein


分子量: 12232.791 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
遺伝子: PA4674 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9HVC1
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*GP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*GP*GP*T)-3')


分子量: 5555.616 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*CP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*CP*GP*T)-3')


分子量: 5475.567 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 61 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M MES, 35% MPD, 0.2M lithium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.497→50 Å / Num. obs: 47794 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 52.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 20.1
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.931 / Mean I/σ(I) obs: 1.64 / Num. unique obs: 2352 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3TRB

3trb


解像度: 2.497→47.201 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 32.3 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2616 1995 4.22 %
Rwork0.2176 45326 -
obs0.2194 47321 98.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 191.02 Å2 / Biso mean: 65.2745 Å2 / Biso min: 37.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.497→47.201 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5812 1763 10 61 7646
Biso mean--68.58 55.62 -
残基数----821
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.017911
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.17911064
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061220
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071144
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.2594462
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4972-2.55970.36561280.3266293091
2.5597-2.62890.35811440.3052324998
2.6289-2.70620.36681420.3323399
2.7062-2.79350.37441410.2867319298
2.7935-2.89340.31151430.2696326399
2.8934-3.00920.28091430.2673324099
3.0092-3.14610.36181420.2608321599
3.1461-3.3120.30181420.2479323898
3.312-3.51940.26771410.2198321698
3.5194-3.7910.27381450.2243283100
3.791-4.17230.21991450.18743296100
4.1723-4.77560.22261460.17983327100
4.7756-6.01480.231440.20083276100
6.0148-47.2010.21561490.1815336899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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