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- PDB-6laz: the wildtype SAM-VI riboswitch bound to a N-mustard SAM analog M1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6laz
タイトルthe wildtype SAM-VI riboswitch bound to a N-mustard SAM analog M1
要素
  • RNA (55-MER)
  • U1 small nuclear ribonucleoprotein A
キーワードRNA / Riboswitch / SAM / SAM-VI
機能・相同性
機能・相同性情報


U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm ...U1 snRNP binding / U1 snRNP / U1 snRNA binding / U4/U6 x U5 tri-snRNP complex / mRNA Splicing - Major Pathway / spliceosomal complex / mRNA splicing, via spliceosome / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits ...U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 2 / U1 small nuclear ribonucleoprotein A, RNA recognition motif 1 / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E7X / RNA / RNA (> 10) / U1 small nuclear ribonucleoprotein A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Bifidobacterium angulatum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Ren, A. / Sun, A.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31870810, 91640104 and 31670826 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: SAM-VI riboswitch structure and signature for ligand discrimination.
著者: Sun, A. / Gasser, C. / Li, F. / Chen, H. / Mair, S. / Krasheninina, O. / Micura, R. / Ren, A.
履歴
登録2019年11月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (55-MER)
B: RNA (55-MER)
C: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
D: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
E: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,0308
ポリマ－68,1835
非ポリマー8473
水32418
1
A: RNA (55-MER)
E: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1294
ポリマ－28,6932
非ポリマー4362
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2770 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area13320 Å2
手法PISA
2
B: RNA (55-MER)
C: U1 small nuclear ribonucleoprotein A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1053
ポリマ－28,6932
非ポリマー4111
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2610 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area13420 Å2
手法PISA
3
D: U1 small nuclear ribonucleoprotein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7971
ポリマ－10,7971
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area5180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.390, 85.348, 93.165
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: RNA鎖 RNA (55-MER)


分子量: 17896.502 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Bifidobacterium angulatum (バクテリア)
#2: タンパク質 U1 small nuclear ribonucleoprotein A / U1A


分子量: 10796.682 Da / 分子数: 3 / Mutation: Y31H, Q36R, S46K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SNRPA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09012
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-E7X / (2~{S})-4-[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-(2-hydroxyethyl)amino]-2-azaniumyl-butanoate


分子量: 411.413 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H25N7O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.19 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M sodium acetate trihydrate pH 4.6, 10% w/v polyethylene glycol 4,000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1.102 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.102 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.76→42.67 Å / Num. obs: 20968 / % possible obs: 94.8 % / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 73.11 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.081 / Net I/σ(I): 15.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.76-2.96.90.7042118830510.8850.2850.7612.695.4
8.71-42.676.50.04646657220.9980.0190.0533.497.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
XDSデータ削減
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6LAS

6las


解像度: 2.76→42.67 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 26.38
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2234 984 4.7 %
Rwork0.188 --
obs0.1897 20945 94.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 167.21 Å2 / Biso mean: 79.1927 Å2 / Biso min: 42.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.76→42.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2173 2368 59 18 4618
Biso mean--85.2 64.85 -
残基数----381
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084922
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1817175
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062890
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006488
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7392702
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.76-2.90090.32831540.2819281195
2.9009-3.08260.34881370.2583298799
3.0826-3.32050.26411430.2197300099
3.3205-3.65450.25561010.2106258187
3.6545-4.18290.23331260.1846260291
4.1829-5.26850.19511560.1645302199
5.2685-42.670.18911670.1662295997

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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