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- PDB-6lad: Crystal structure of Amuc_1100 from Akkermansia muciniphila -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lad
タイトルCrystal structure of Amuc_1100 from Akkermansia muciniphila
要素Amuc_1100
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Akkermansia muciniphila / outer-membrane protein / Amuc_1100 / type II Secretion System / toll-like receptor 2
機能・相同性: / membrane / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Akkermansia muciniphila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wang, J. / Xiang, R. / Zhang, M. / Wang, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Other government 中国
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2020
タイトル: The variable oligomeric state of Amuc_1100 from Akkermansia muciniphila.
著者: Wang, J. / Xiang, R. / Wang, R. / Zhang, B. / Gong, W. / Zhang, J. / Zhang, M. / Wang, M.
履歴
登録2019年11月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月19日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年10月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32021年3月3日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.42024年3月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Amuc_1100
B: Amuc_1100
C: Amuc_1100
D: Amuc_1100
E: Amuc_1100
F: Amuc_1100


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,1166
ポリマ－194,1166
非ポリマー00
水2,972165
1
A: Amuc_1100


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3531
ポリマ－32,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Amuc_1100


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3531
ポリマ－32,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Amuc_1100


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3531
ポリマ－32,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Amuc_1100


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3531
ポリマ－32,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: Amuc_1100


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3531
ポリマ－32,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: Amuc_1100


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3531
ポリマ－32,3531
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
A: Amuc_1100
B: Amuc_1100
C: Amuc_1100


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0583
ポリマ－97,0583
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5730 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area27350 Å2
手法PISA
8
D: Amuc_1100
E: Amuc_1100
F: Amuc_1100


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,0583
ポリマ－97,0583
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area26300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.657, 123.560, 131.072
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 64 through 185 or resid 198 through 239 or resid 294 through 309))
21(chain B and (resid 64 through 185 or resid 198 through 239 or resid 294 through 309))
31(chain C and (resid 64 through 185 or resid 198 through 239 or resid 294 through 309))
41(chain D and (resid 64 through 185 or resid 198 through 239 or resid 294 through 309))
51(chain E and (resid 64 through 185 or resid 198 through 239 or resid 294 through 309))
61(chain F and (resid 64 through 185 or resid 198 through 239 or resid 294 through 309))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERPROPRO(chain A and (resid 64 through 185 or resid 198 through 239 or resid 294 through 309))AA64 - 18535 - 156
12ALAALAARGARG(chain A and (resid 64 through 185 or resid 198 through 239 or resid 294 through 309))AA198 - 239169 - 210
13GLNGLNPROPRO(chain A and (resid 64 through 185 or resid 198 through 239 or resid 294 through 309))AA294 - 309265 - 280
21SERSERPROPRO(chain B and (resid 64 through 185 or resid 198 through 239 or resid 294 through 309))BB64 - 18535 - 156
22ALAALAARGARG(chain B and (resid 64 through 185 or resid 198 through 239 or resid 294 through 309))BB198 - 239169 - 210
23GLNGLNPROPRO(chain B and (resid 64 through 185 or resid 198 through 239 or resid 294 through 309))BB294 - 309265 - 280
31SERSERPROPRO(chain C and (resid 64 through 185 or resid 198 through 239 or resid 294 through 309))CC64 - 18535 - 156
32ALAALAARGARG(chain C and (resid 64 through 185 or resid 198 through 239 or resid 294 through 309))CC198 - 239169 - 210
33GLNGLNPROPRO(chain C and (resid 64 through 185 or resid 198 through 239 or resid 294 through 309))CC294 - 309265 - 280
41SERSERPROPRO(chain D and (resid 64 through 185 or resid 198 through 239 or resid 294 through 309))DD64 - 18535 - 156
42ALAALAARGARG(chain D and (resid 64 through 185 or resid 198 through 239 or resid 294 through 309))DD198 - 239169 - 210
43GLNGLNPROPRO(chain D and (resid 64 through 185 or resid 198 through 239 or resid 294 through 309))DD294 - 309265 - 280
51SERSERPROPRO(chain E and (resid 64 through 185 or resid 198 through 239 or resid 294 through 309))EE64 - 18535 - 156
52ALAALAARGARG(chain E and (resid 64 through 185 or resid 198 through 239 or resid 294 through 309))EE198 - 239169 - 210
53GLNGLNPROPRO(chain E and (resid 64 through 185 or resid 198 through 239 or resid 294 through 309))EE294 - 309265 - 280
61SERSERPROPRO(chain F and (resid 64 through 185 or resid 198 through 239 or resid 294 through 309))FF64 - 18535 - 156
62ALAALAARGARG(chain F and (resid 64 through 185 or resid 198 through 239 or resid 294 through 309))FF198 - 239169 - 210
63GLNGLNPROPRO(chain F and (resid 64 through 185 or resid 198 through 239 or resid 294 through 309))FF294 - 309265 - 280

-
要素

#1: タンパク質
Amuc_1100


分子量: 32352.695 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Akkermansia muciniphila (strain ATCC BAA-835 / Muc) (バクテリア)
株: ATCC BAA-835 / Muc / 遺伝子: Amuc_1100 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B2UR41
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.45 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris-HCl, pH 8.0, 40% PEG 1000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 51987 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 0.901 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 523303
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.810.20.85651570.8620.2780.9010.88999.6
2.8-2.9110.20.53151940.9390.1730.560.88399.5
2.91-3.0410.10.38451480.9630.1260.4050.87899.4
3.04-3.29.90.24451070.9850.0810.2570.89597.9
3.2-3.49.90.14750890.9940.0490.1550.89597.2
3.4-3.6610.60.09751860.9970.0310.1020.999.3
3.66-4.0310.30.06852250.9980.0220.0720.89699.3
4.03-4.629.90.0552070.9990.0160.0520.87998.3
4.62-5.819.90.04152280.9990.0140.0430.92198
5.81-509.70.03254460.9990.0110.0340.97498.1

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→48.933 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 27.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 2813 5.42 %
Rwork0.213 49126 -
obs0.215 51939 98.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 130.04 Å2 / Biso mean: 62.2549 Å2 / Biso min: 24.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→48.933 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8897 0 0 165 9062
Biso mean---50.14 -
残基数----1133
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5241X-RAY DIFFRACTION7.742TORSIONAL
12B5241X-RAY DIFFRACTION7.742TORSIONAL
13C5241X-RAY DIFFRACTION7.742TORSIONAL
14D5241X-RAY DIFFRACTION7.742TORSIONAL
15E5241X-RAY DIFFRACTION7.742TORSIONAL
16F5241X-RAY DIFFRACTION7.742TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7004-2.7470.38721380.3345242699
2.747-2.79690.32791020.3037247199
2.7969-2.85070.28761390.2723245199
2.8507-2.90890.32491410.2718246199
2.9089-2.97220.29451340.2806246799
2.9722-3.04130.27861320.2832242299
3.0413-3.11730.34491400.2738240998
3.1173-3.20160.29641410.2677241598
3.2016-3.29580.27321210.2605237095
3.2958-3.40210.31051360.2513245599
3.4021-3.52370.27671540.2409244899
3.5237-3.66470.28091270.2312246199
3.6647-3.83150.27581610.2207245699
3.8315-4.03340.26091660.2158244099
4.0334-4.2860.23821560.196246999
4.286-4.61660.20011150.169246798
4.6166-5.08080.1791060.1588244096
5.0808-5.8150.21691560.18382520100
5.815-7.32230.22381830.1906250299
7.3223-48.930.20411650.1718257697

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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