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- PDB-6l9x: Xenons in frog EPDR1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l9x
タイトルXenons in frog EPDR1
要素Ependymin-related 1
キーワードUNKNOWN FUNCTION / EPDR1 / Xenon
機能・相同性Ependymin / Ependymin / Ependymins / cell-matrix adhesion / calcium ion binding / extracellular region / XENON / Mammalian ependymin-related protein 1
機能・相同性情報
生物種Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Park, S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (Korea)2019R1F1A1059170 韓国
引用ジャーナル: Crystals / 年: 2020
タイトル: De novo Phasing Xenons Observed in the Frog Ependymin-Related Protein
著者: Park, S.
履歴
登録2019年11月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年5月26日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ependymin-related 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3625
ポリマ－22,8371
非ポリマー5254
水00
1
A: Ependymin-related 1
ヘテロ分子

A: Ependymin-related 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,72410
ポリマ－45,6732
非ポリマー1,0508
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_775-y+2,-x+2,-z+1/61
Buried area5770 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.455, 61.455, 233.838
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-303-

XE

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要素

#1: タンパク質 Ependymin-related 1


分子量: 22836.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xenopus tropicalis (ネッタイツメガエル)
遺伝子: epdr1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: F6VRB7
#2: 化合物
ChemComp-XE / XENON / キセノン


分子量: 131.293 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Xe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PEG 8000, 0.2M calcium acetate, 0.1M sodium cacodylate pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 6390 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20 % / CC1/2: 0.976 / Rmerge(I) obs: 0.097 / Net I/σ(I): 71
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / Rmerge(I) obs: 0.582 / Num. unique obs: 2312 / CC1/2: 0.976

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.868 / SU B: 16.812 / SU ML: 0.325 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.454
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3076 295 4.6 %RANDOM
Rwork0.219 ---
obs0.2228 6093 99.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 185.66 Å2 / Biso mean: 63.6 Å2 / Biso min: 39.49 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.53 Å20.76 Å20 Å2
2--1.53 Å20 Å2
3----4.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1514 0 4 0 1518
Biso mean--131.49 --
残基数----185
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.021561
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021417
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.51.9522130
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.78733284
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.2265184
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.95524.34276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.49115255
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.278158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2227
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211749
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02357
LS精密化 シェル解像度: 2.903→2.978 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.342 18 -
Rwork0.271 426 -
all-444 -
obs--99.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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