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- PDB-6l9f: Crystal structure of TEAD4 in complex with a novel FAM181A peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l9f
タイトルCrystal structure of TEAD4 in complex with a novel FAM181A peptide
要素
  • Protein FAM181A
  • Transcriptional enhancer factor TEF-3
キーワードPROTEIN BINDING / Transcription factor / Suppressor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / trophectodermal cell fate commitment / hippo signaling / blastocyst formation / cell fate specification / positive regulation of stem cell population maintenance / cell fate commitment / embryo implantation / protein-DNA complex ...RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / trophectodermal cell fate commitment / hippo signaling / blastocyst formation / cell fate specification / positive regulation of stem cell population maintenance / cell fate commitment / embryo implantation / protein-DNA complex / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / in utero embryonic development / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
FAM181 / Transcriptional enhancer factor TEF-3 (TEAD4) / : / Omega loop, TEAD interating region 3 / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. ...FAM181 / Transcriptional enhancer factor TEF-3 (TEAD4) / : / Omega loop, TEAD interating region 3 / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : / YAP binding domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Transcriptional enhancer factor TEF-3 / Protein FAM181A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.555 Å
データ登録者Chen, M. / Zhou, Z.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of TEAD4 in complex with a novel FAM181A peptide
著者: Chen, M. / Zhou, Z.
履歴
登録2019年11月9日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Transcriptional enhancer factor TEF-3
C: Protein FAM181A
B: Transcriptional enhancer factor TEF-3
D: Protein FAM181A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4669
ポリマ－57,1714
非ポリマー2955
水2,720151
1
A: Transcriptional enhancer factor TEF-3
C: Protein FAM181A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7635
ポリマ－28,5862
非ポリマー1773
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area11280 Å2
手法PISA
2
B: Transcriptional enhancer factor TEF-3
D: Protein FAM181A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,7044
ポリマ－28,5862
非ポリマー1182
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area11360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.009, 110.009, 182.711
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-650-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Transcriptional enhancer factor TEF-3 / ETF-related factor 2 / ETFR-2 / TEA domain family member 4 / TEAD-4 / TEF-1-related factor 1 / TEF- ...ETF-related factor 2 / ETFR-2 / TEA domain family member 4 / TEAD-4 / TEF-1-related factor 1 / TEF-1-related factor FR-19 / RTEF-1


分子量: 26171.732 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tead4, Tcf13r1, Tef3, Tefr1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: Q62296
#2: タンパク質・ペプチド Protein FAM181A


分子量: 2413.796 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N9Y4
#3: 化合物
ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 151 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.3 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 2.5 M Ammonium nitrate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 1.00928 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00928 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. obs: 21907 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.185 / Rpim(I) all: 0.05 / Rrim(I) all: 0.191 / Χ2: 1.418 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 320535
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.55-2.59150.90110640.9070.2390.9331.02100
2.59-2.64150.85810680.9110.2280.8881.047100
2.64-2.6915.10.77610730.9240.2050.8041.046100
2.69-2.75150.65110690.9410.1730.6741.099100
2.75-2.81150.57110630.9470.1520.5911.10399.9
2.81-2.8715.10.47610710.9660.1260.4931.139100
2.87-2.9414.90.41110710.9730.1090.4251.187100
2.94-3.02150.35210780.9790.0930.3641.244100
3.02-3.11150.30710770.9820.0810.3181.273100
3.11-3.2114.90.25210800.9870.0670.2611.387100
3.21-3.3314.90.20311030.9910.0540.211.536100
3.33-3.4614.80.16910780.9940.0450.1751.615100
3.46-3.6214.80.15610790.9940.0420.1621.676100
3.62-3.8114.60.15111050.9930.0410.1561.954100
3.81-4.0514.50.13710920.9930.0370.1421.882100
4.05-4.3614.30.12611030.9950.0340.131.965100
4.36-4.814.10.11311190.9960.0310.1171.921100
4.8-5.49140.08911360.9970.0240.0921.6100
5.49-6.9213.80.08211450.9980.0220.0851.28799.6
6.92-50130.05212330.9990.0150.0541.40597.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3JUA

3jua


解像度: 2.555→46.094 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2528 1999 9.14 %
Rwork0.1901 19875 -
obs0.1959 21874 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 83.7 Å2 / Biso mean: 28.7292 Å2 / Biso min: 9.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.555→46.094 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3667 0 20 151 3838
Biso mean--25.52 31.84 -
残基数----451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073789
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.975122
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052550
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006649
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.312601
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.555-2.61850.32191390.22871388100
2.6185-2.68930.32391400.24071377100
2.6893-2.76840.31981390.24281391100
2.7684-2.85780.35721380.22871376100
2.8578-2.95990.31011420.22361405100
2.9599-3.07840.29141410.21471394100
3.0784-3.21840.25721390.20951395100
3.2184-3.38810.25461420.1921407100
3.3881-3.60030.26981410.17781407100
3.6003-3.87810.24891430.17741425100
3.8781-4.26810.22821440.16061426100
4.2681-4.88520.17011440.13631438100
4.8852-6.15250.23241490.17491481100
6.1525-46.0940.22361580.2121156599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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