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万見
- PDB-6l8v: membrane-bound Bax helix2-helix5 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l8v
タイトルmembrane-bound Bax helix2-helix5 domain
要素Apoptosis regulator BAX
キーワードAPOPTOSIS / Bax / membrane-bound / stability / core-domain / dimer
機能・相同性
機能・相同性情報


T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / BAX complex / protein insertion into mitochondrial membrane / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / positive regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / Activation, translocation and oligomerization of BAX ...T cell homeostatic proliferation / release of matrix enzymes from mitochondria / positive regulation of developmental pigmentation / BAX complex / protein insertion into mitochondrial membrane / B cell receptor apoptotic signaling pathway / positive regulation of reproductive process / positive regulation of motor neuron apoptotic process / regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / Activation, translocation and oligomerization of BAX / spermatid differentiation / Sertoli cell proliferation / NTRK3 as a dependence receptor / positive regulation of apoptotic DNA fragmentation / development of secondary sexual characteristics / positive regulation of B cell apoptotic process / positive regulation of mitochondrial membrane permeability involved in apoptotic process / B cell homeostatic proliferation / glycosphingolipid metabolic process / retinal cell programmed cell death / B cell negative selection / BAK complex / regulation of mitochondrial membrane permeability involved in programmed necrotic cell death / negative regulation of endoplasmic reticulum calcium ion concentration / apoptotic process involved in embryonic digit morphogenesis / mitochondrial permeability transition pore complex / Release of apoptotic factors from the mitochondria / mitochondrial fragmentation involved in apoptotic process / apoptotic process involved in blood vessel morphogenesis / post-embryonic camera-type eye morphogenesis / Transcriptional regulation by RUNX2 / apoptotic process involved in mammary gland involution / establishment or maintenance of transmembrane electrochemical gradient / positive regulation of apoptotic process involved in mammary gland involution / regulation of nitrogen utilization / B cell apoptotic process / endoplasmic reticulum calcium ion homeostasis / positive regulation of epithelial cell apoptotic process / fertilization / calcium ion transport into cytosol / mitochondrial fusion / epithelial cell apoptotic process / Bcl-2 family protein complex / myeloid cell homeostasis / motor neuron apoptotic process / execution phase of apoptosis / thymocyte apoptotic process / pore complex / hypothalamus development / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / odontogenesis of dentin-containing tooth / positive regulation of release of cytochrome c from mitochondria / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / germ cell development / apoptotic mitochondrial changes / BH3 domain binding / vagina development / negative regulation of mitochondrial membrane potential / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / B cell homeostasis / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / negative regulation of apoptotic signaling pathway / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to endoplasmic reticulum stress / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / blood vessel remodeling / cellular response to unfolded protein / Pyroptosis / ectopic germ cell programmed cell death / response to axon injury / negative regulation of fibroblast proliferation / negative regulation of protein binding / ovarian follicle development / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / extrinsic apoptotic signaling pathway / supramolecular fiber organization / response to salt stress / release of sequestered calcium ion into cytosol / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / Hsp70 protein binding / homeostasis of number of cells within a tissue / intrinsic apoptotic signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / release of cytochrome c from mitochondria / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / response to gamma radiation / regulation of mitochondrial membrane potential / apoptotic signaling pathway / kidney development / positive regulation of protein-containing complex assembly / cerebral cortex development / cellular response to virus / response to toxic substance / neuron migration / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / cellular response to UV / nuclear envelope / positive regulation of neuron apoptotic process / retina development in camera-type eye / channel activity / regulation of apoptotic process
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 ...Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Apoptosis regulator BAX
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者OuYang, B. / Lv, F.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, China)2017YFA0504804 中国
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2021
タイトル: An amphipathic Bax core dimer forms part of the apoptotic pore wall in the mitochondrial membrane.
著者: Lv, F. / Qi, F. / Zhang, Z. / Wen, M. / Kale, J. / Piai, A. / Du, L. / Wang, S. / Zhou, L. / Yang, Y. / Wu, B. / Liu, Z. / Del Rosario, J. / Pogmore, J. / Chou, J.J. / Andrews, D.W. / Lin, J. / OuYang, B.
履歴
登録2019年11月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月24日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / database_2
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Apoptosis regulator BAX
B: Apoptosis regulator BAX


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,9812
ポリマ－17,9812
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: cross-linking
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2840 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area12240 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Apoptosis regulator BAX / Bcl-2-like protein 4 / Bcl2-L-4


分子量: 8990.265 Da / 分子数: 2 / 変異: C62S, C126S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BAX, BCL2L4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07812

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D TROSY-HSQC
121isotropic1TROSY-HNCA
131isotropic1TROSY-HN(CO)CA
141isotropic1TROSY-HN(CA)CO
151isotropic1TROSY-HNCO
1151isotropic1TROSY-HN(CA)CB
161isotropic13D 15N NOE-TROSY-HSQC
172isotropic23D 15N NOE-TROSY-HSQC
182isotropic23D 13C NOE-HSQC
192isotropic22D 1H-13C HSQC
1103isotropic23D 15N NOE-TROSY-HSQC
1113isotropic22D TROSY-HSQC
1124isotropic23D 15N NOE-TROSY-HSQC
1134isotropic22D TROSY-HSQC
1145isotropic32D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系詳細
bicelle10.5 mM U-98% 15N;U-98% 13C;U-98% 2H human Bax core domain, 100 mM DMPC, 140 mM DHPC, 10 mM MES, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O15N_13C_2H_sample90% H2O/10% D2O
bicelle20.6 mM U-98% 15N;U-98% 13C Bax a_2_a_5, 100 mM [U-2H] DMPC, 160 mM [U-2H] DHPC, 10 mM MES, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O15N_13C_sample90% H2O/10% D2O
bicelle30.4 mM U-98% 15N;U-2H Bax a_2_a_5, 120 mM [U-2H] DMPC, 200 mM [U-2H] DHPC, 10 mM MES, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O15N_2H_sample90% H2O/10% D2O
bicelle60.4 mM U-98% 13C Bax a_2_a_5, 120 mM [U-2H] DMPC, 200 mM [U-2H] DHPC, 10 mM MES, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O13C_sample90% H2O/10% D2O
bicelle40.6 mM U-98% 15N;U-2H Bax a_2_a_5, 100 mM DMPC, 160 mM [U-2H] DHPC, 10 mM MES, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O15N_2H_sample90% H2O/10% D2OThe sample was prepared for lipid NOE.
bicelle50.4 mM U-98% 15N;U-15% 13C Bax a_2_a_5, 80 mM DMPC, 140 mM DHPC, 10 mM MES, 100 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O15N_15%_13C_sample90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMhuman Bax core domainU-98% 15N;U-98% 13C;U-98% 2H1
100 mMDMPCnatural abundance1
140 mMDHPCnatural abundance1
10 mMMESnatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
0.6 mMBax a_2_a_5U-98% 15N;U-98% 13C2
100 mMDMPC[U-2H]2
160 mMDHPC[U-2H]2
10 mMMESnatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
0.4 mMBax a_2_a_5U-98% 15N;U-2H3
120 mMDMPC[U-2H]3
200 mMDHPC[U-2H]3
10 mMMESnatural abundance3
100 mMsodium chloridenatural abundance3
0.4 mMBax a_2_a_5U-98% 13C6
120 mMDMPC[U-2H]6
200 mMDHPC[U-2H]6
10 mMMESnatural abundance6
100 mMsodium chloridenatural abundance6
0.6 mMBax a_2_a_5U-98% 15N;U-2H4
100 mMDMPCnatural abundance4
160 mMDHPC[U-2H]4
10 mMMESnatural abundance4
100 mMsodium chloridenatural abundance4
0.4 mMBax a_2_a_5U-98% 15N;U-15% 13C5
80 mMDMPCnatural abundance5
140 mMDHPCnatural abundance5
10 mMMESnatural abundance5
100 mMsodium chloridenatural abundance5
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: conditions_1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 305 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE9002
Agilent DD2AgilentDD28003

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
TopSpinBruker Biospincollection
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 7
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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