+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6l8f | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of heterotetrameric complex of YoeB-YefM toxin-antitoxin from Staphylococcus aureus. | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | TOXIN/ANTITOXIN / toxin-antitoxin / microbial RNase / YoeB / Staphylococcus aureus / TOXIN / TOXIN-ANTITOXIN complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() global gene silencing by mRNA cleavage / RNA catabolic process / endonuclease activity / negative regulation of DNA-templated transcription 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Yue, J. / Xue, L. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Distinct oligomeric structures of the YoeB-YefM complex provide insights into the conditional cooperativity of type II toxin-antitoxin system. 著者: Xue, L. / Yue, J. / Ke, J. / Khan, M.H. / Wen, W. / Sun, B. / Zhu, Z. / Niu, L. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 182.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 118.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 472.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 476 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 25.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10457.985 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: NCTC 8325 / 遺伝子: SAOUHSC_02691 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 10271.464 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: NCTC 8325 / PS 47 / 遺伝子: SAOUHSC_02692 / 発現宿主: ![]() ![]() #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.46 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.07 M Citric acid, 0.03 M BIS-TRIS propane, pH 3.4, 16% w/v Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月20日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→100 Å / Num. obs: 41475 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.5 % / Biso Wilson estimate: 40.13 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.174 / Rpim(I) all: 0.039 / Rrim(I) all: 0.179 / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.49 Å / Rmerge(I) obs: 1.439 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 4340 / CC1/2: 0.827 / Rpim(I) all: 0.341 / Rrim(I) all: 1.48 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2A6Q 解像度: 2.4→62.43 Å / SU ML: 0.2584 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.3146 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.31 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→62.43 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|