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- PDB-6l8e: Crystal structure of heterohexameric YoeB-YefM complex bound to 2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l8e
タイトルCrystal structure of heterohexameric YoeB-YefM complex bound to 26bp-DNA
要素
  • (DNA (26-mer)) x 2
  • YefM Antitoxin
  • YoeB toxin
キーワードANTITOXIN/TOXIN/DNA / toxin-antitoxin / microbial RNase / YoeB / Staphylococcus aureus / TOXIN / ANTITOXIN-TOXIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA catabolic process / endonuclease activity / sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / Toxin YoeB / YoeB-like toxin of bacterial type II toxin-antitoxin system / Type II toxin-antitoxin system, antitoxin Phd/YefM / Antitoxin Phd_YefM, type II toxin-antitoxin system / YefM-like superfamily / Toxin-antitoxin system, RelE/ParE toxin domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Antitoxin / Toxin YoeB
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Yue, J. / Xue, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)U1632124 to L.N. 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Distinct oligomeric structures of the YoeB-YefM complex provide insights into the conditional cooperativity of type II toxin-antitoxin system.
著者: Xue, L. / Yue, J. / Ke, J. / Khan, M.H. / Wen, W. / Sun, B. / Zhu, Z. / Niu, L.
履歴
登録2019年11月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22020年10月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YefM Antitoxin
B: YefM Antitoxin
C: YefM Antitoxin
D: YefM Antitoxin
E: YoeB toxin
F: YoeB toxin
G: DNA (26-mer)
H: DNA (26-mer)
I: YefM Antitoxin
J: YefM Antitoxin
K: YefM Antitoxin
L: YefM Antitoxin
M: YoeB toxin
N: YoeB toxin
O: DNA (26-mer)
P: DNA (26-mer)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,30916
ポリマ－149,30916
非ポリマー00
水5,675315
1
A: YefM Antitoxin
B: YefM Antitoxin
C: YefM Antitoxin
D: YefM Antitoxin
E: YoeB toxin
F: YoeB toxin
G: DNA (26-mer)
H: DNA (26-mer)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6558
ポリマ－74,6558
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20990 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area24760 Å2
手法PISA
2
I: YefM Antitoxin
J: YefM Antitoxin
K: YefM Antitoxin
L: YefM Antitoxin
M: YoeB toxin
N: YoeB toxin
O: DNA (26-mer)
P: DNA (26-mer)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6558
ポリマ－74,6558
非ポリマー00
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area21280 Å2
ΔGint-126 kcal/mol
Surface area25380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.352, 151.352, 183.778
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2

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要素

#1: タンパク質
YefM Antitoxin


分子量: 9442.584 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 遺伝子: SAOUHSC_02692 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2G285
#2: タンパク質
YoeB toxin


分子量: 10457.985 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus NCTC 8325 (黄色ブドウ球菌)
株: NCTC 8325 / 遺伝子: SAOUHSC_02691 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2G286
#3: DNA鎖 DNA (26-mer)


分子量: 8006.197 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: DNA鎖 DNA (26-mer)


分子量: 7962.205 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.99 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 10% w/v Polyethylene glycol 8000, 8% v/v Ethylene glycol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→92.48 Å / Num. obs: 89409 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 42.7 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 2.35→2.39 Å / Rmerge(I) obs: 1.07 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 4434 / CC1/2: 0.791 / Rpim(I) all: 0.403 / Rrim(I) all: 1.147

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX1.18.2_3874精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2A6Q

2a6q


解像度: 2.35→53.51 Å / SU ML: 0.2967 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 24.1748
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2225 4531 5.07 %
Rwork0.1971 84765 -
obs0.1985 89296 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 57.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→53.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7305 1855 0 315 9475
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00379476
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.658113162
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04241494
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00271369
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.55233732
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.35-2.370.3181310.282732X-RAY DIFFRACTION97.31
2.37-2.40.30481680.27052785X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.430.36331500.29032783X-RAY DIFFRACTION99.86
2.43-2.460.31241300.26732791X-RAY DIFFRACTION100
2.46-2.490.2741430.262800X-RAY DIFFRACTION100
2.49-2.530.31771280.25492831X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.560.25241520.25242809X-RAY DIFFRACTION100
2.56-2.60.32661620.25692769X-RAY DIFFRACTION100
2.6-2.640.28771240.25882834X-RAY DIFFRACTION99.86
2.64-2.690.34271390.26182793X-RAY DIFFRACTION99.97
2.69-2.730.3221540.24992787X-RAY DIFFRACTION99.9
2.73-2.780.27281470.24082795X-RAY DIFFRACTION100
2.78-2.840.23471670.22542811X-RAY DIFFRACTION99.97
2.84-2.890.23081660.22142773X-RAY DIFFRACTION99.97
2.89-2.960.2441650.22142797X-RAY DIFFRACTION100
2.96-3.020.27851420.2242828X-RAY DIFFRACTION99.87
3.02-3.10.25651540.23562818X-RAY DIFFRACTION100
3.1-3.180.26631580.22592797X-RAY DIFFRACTION99.93
3.18-3.280.22871610.22872810X-RAY DIFFRACTION100
3.28-3.380.2621270.21772836X-RAY DIFFRACTION99.97
3.38-3.50.23271650.20672820X-RAY DIFFRACTION99.9
3.5-3.640.21521470.19382829X-RAY DIFFRACTION100
3.64-3.810.22661530.18852846X-RAY DIFFRACTION99.73
3.81-4.010.22351560.19072831X-RAY DIFFRACTION99.7
4.01-4.260.20191450.17452854X-RAY DIFFRACTION99.8
4.26-4.590.18581420.1552872X-RAY DIFFRACTION99.7
4.59-5.050.16381540.14932875X-RAY DIFFRACTION99.7
5.05-5.780.19841530.1652885X-RAY DIFFRACTION99.77
5.78-7.280.20451750.19232915X-RAY DIFFRACTION99.74
7.28-100.15331730.15333059X-RAY DIFFRACTION98.93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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