PDB-6l8b: The ligand-free structure of human PPARgamma LBD

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6l8b

タイトル

The ligand-free structure of human PPARgamma LBD

要素

Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

キーワード

TRANSCRIPTION / Nuclear receptor Ligand binding domain TRANSCRIPTION Ligand-free

機能・相同性

機能・相同性情報

prostaglandin receptor activity / regulation of cholesterol transporter activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / arachidonic acid binding ...prostaglandin receptor activity / regulation of cholesterol transporter activity / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / arachidonic acid binding / positive regulation of low-density lipoprotein receptor activity / positive regulation of adiponectin secretion / lipoprotein transport / negative regulation of sequestering of triglyceride / DNA binding domain binding / macrophage derived foam cell differentiation / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / STAT family protein binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / response to lipid / negative regulation of SMAD protein signal transduction / LBD domain binding / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / negative regulation of cholesterol storage / E-box binding / alpha-actinin binding / lipid homeostasis / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / R-SMAD binding / monocyte differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / negative regulation of BMP signaling pathway / white fat cell differentiation / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of cholesterol efflux / retinoic acid receptor signaling pathway / positive regulation of fat cell differentiation / negative regulation of osteoblast differentiation / cell fate commitment / positive regulation of DNA binding / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / regulation of cellular response to insulin stimulus / cell maturation / negative regulation of signaling receptor activity / epithelial cell differentiation / positive regulation of adipose tissue development / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / negative regulation of angiogenesis / response to nutrient / negative regulation of miRNA transcription / negative regulation of MAP kinase activity / fatty acid metabolic process / Regulation of PTEN gene transcription / transcription coregulator binding / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / peptide binding / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SUMOylation of intracellular receptors / mRNA transcription by RNA polymerase II / placenta development / regulation of circadian rhythm / lipid metabolic process / PPARA activates gene expression / regulation of blood pressure / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to insulin stimulus / nuclear receptor activity / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / : / rhythmic process / glucose homeostasis / cellular response to hypoxia / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / cell differentiation / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / intracellular membrane-bounded organelle / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.102 Å

データ登録者

Jang, D.M. / Han, B.W.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: Cyclin-Dependent Kinase 5 Inhibitor Butyrolactone I Elicits a Partial Agonist Activity of Peroxisome Proliferator-Activated Receptor gamma.
著者: Ahn, S. / Jang, D.M. / Park, S.C. / An, S. / Shin, J. / Han, B.W. / Noh, M.

履歴

登録	2019年11月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年9月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6l8b.cif.gz	119.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6l8b.ent.gz	91.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6l8b.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6l8b_validation.pdf.gz	431.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6l8b_full_validation.pdf.gz	436.1 KB	表示
XML形式データ	6l8b_validation.xml.gz	20.5 KB	表示
CIF形式データ	6l8b_validation.cif.gz	29.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/6l8b ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/6l8b	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6l89C 3vsoS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3adx-2 3vso-2 3vjh-1 6e5a-1 2zvt-2 3noa-d 3vsp-2 3adv-2 6l89-1 6jey-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

64.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
64.6 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	93.150, 62.256, 119.504
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.508, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3 分子量: 32280.350 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 159 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.62 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.05 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 1.2 M Sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M HEPES pH 7.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 11C / 波長: 0.97941 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97941 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 38322 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 4.6 % / R_merge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 12.625
反射シェル	解像度: 2.1→2.14 Å / R_merge(I) obs: 0.583 / Num. unique obs: 1932

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VSO

3vso

解像度: 2.102→29.345 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.926 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.879 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.213 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2675	1769	4.97 %
R_work	0.2181	-	-
all	0.221	-	-
obs	-	35593	90.889 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.241 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.357 Å²	-0 Å²	-0.048 Å²
2-	-	0.133 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.427 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.102→29.345 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4208	0	0	159	4367

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	4307
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.034	0.017	4201
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.198	1.636	5808
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.221	1.576	9788
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.288	5	530
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.651	24.098	205
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.383	15	841
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.137	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	573
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4658
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	822
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.192	0.2	907
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.205	0.2	3386
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.15	0.2	2117
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.056	0.2	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.168	0.2	171
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.058	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.22	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.26	0.2	102
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.203	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.352	3.007	2105
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.352	3.006	2104
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.339	4.489	2625
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.338	4.49	2626
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.443	3.248	2202
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.443	3.249	2203
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.445	4.767	3178
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.444	4.768	3179
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.953	35.205	4823
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.945	35.214	4809

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.102-2.156	0.286	71	0.284	1597	X-RAY DIFFRACTION	57.1037
2.156-2.215	0.296	89	0.27	1972	X-RAY DIFFRACTION	73.8181
2.215-2.279	0.277	102	0.256	2145	X-RAY DIFFRACTION	83.4385
2.279-2.349	0.301	130	0.237	2275	X-RAY DIFFRACTION	90.5838
2.349-2.426	0.313	122	0.239	2231	X-RAY DIFFRACTION	92.13
2.426-2.511	0.284	130	0.224	2221	X-RAY DIFFRACTION	94.3419
2.511-2.605	0.272	131	0.223	2197	X-RAY DIFFRACTION	97.2431
2.605-2.711	0.297	95	0.234	2150	X-RAY DIFFRACTION	97.9921
2.711-2.832	0.274	102	0.226	2074	X-RAY DIFFRACTION	97.9298
2.832-2.969	0.269	100	0.231	2011	X-RAY DIFFRACTION	98.5068
2.969-3.129	0.292	94	0.226	1871	X-RAY DIFFRACTION	97.181
3.129-3.318	0.259	93	0.232	1743	X-RAY DIFFRACTION	96.4286
3.318-3.546	0.261	94	0.212	1683	X-RAY DIFFRACTION	99.1076
3.546-3.829	0.219	91	0.186	1571	X-RAY DIFFRACTION	99.4614
3.829-4.192	0.25	83	0.187	1448	X-RAY DIFFRACTION	98.0782
4.192-4.683	0.246	58	0.178	1310	X-RAY DIFFRACTION	96.6102
4.683-5.399	0.223	58	0.206	1136	X-RAY DIFFRACTION	96.837
5.399-6.593	0.299	61	0.223	993	X-RAY DIFFRACTION	99.6219
6.593-9.244	0.265	33	0.188	779	X-RAY DIFFRACTION	95.4172
9.244-29.345	0.276	32	0.236	417	X-RAY DIFFRACTION	91.2602

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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