PDB-6l8a: Tetrathionate hydrolase from Acidithiobacillus ferrooxidans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6l8a

タイトル

Tetrathionate hydrolase from Acidithiobacillus ferrooxidans

要素

Tetrathionate hydrolase

キーワード

HYDROLASE / Tetrathionate

機能・相同性

機能・相同性情報

Hydrolases; Acting on sulfur-sulfur bonds / hydrolase activity / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Acidithiobacillus ferrooxidans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.95004814203 Å

データ登録者

Tamada, T. / Hirano, Y.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Reaction mechanism of tetrathionate hydrolysis based on the crystal structure of tetrathionate hydrolase from Acidithiobacillus ferrooxidans.
著者: Kanao, T. / Hase, N. / Nakayama, H. / Yoshida, K. / Nishiura, K. / Kosaka, M. / Kamimura, K. / Hirano, Y. / Tamada, T.

履歴

登録	2019年11月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6l8a.cif.gz	642.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6l8a.ent.gz	423.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6l8a.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/6l8a ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l8/6l8a	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7cqyC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3ren-d 7cqy-1 5ns1-1 7cqy-3 5nrx-1 7cqy-2 4cpo-d 4bl0-d 5bz2-1 2wey-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Tetrathionate hydrolase

B: Tetrathionate hydrolase

C: Tetrathionate hydrolase

D: Tetrathionate hydrolase

E: Tetrathionate hydrolase

F: Tetrathionate hydrolase

ヘテロ分子

304 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tetrathionate hydrolase

C: Tetrathionate hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Tetrathionate hydrolase

D: Tetrathionate hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
102 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Tetrathionate hydrolase

F: Tetrathionate hydrolase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
101 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.026, 91.026, 231.845
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	145
Space group name H-M	P3₂
Space group name Hall	P3₂

#1: タンパク質	Tetrathionate hydrolase / TTH 分子量: 50047.230 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Acidithiobacillus ferrooxidans (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: B7J3C9, Hydrolases; Acting on sulfur-sulfur bonds
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 30 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-BAL / BETA-ALANINE タイプ: peptide-like / 分子量: 89.093 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₇NO₂
#4: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 697 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.42 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium chloride, glycine, PEG 1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.95→42.4 Å / Num. obs: 156219 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 25.7759592713 Å² / CC_1/2: 0.997 / R_rim(I) all: 0.109 / Net I/av σ(I): 10.3 / Net I/σ(I): 20.7
反射シェル	解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 15660 / CC_1/2: 0.875 / R_rim(I) all: 0.563 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.95004814203→42.3647721231 Å / SU ML: 0.227474103365 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96795806727 / 位相誤差: 23.0146924341
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.219118522569	8100	5.18801760083 %
R_work	0.176950396019	148029	-
obs	0.179181906088	156129	99.6947773727 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.7975605035 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.95004814203→42.3647721231 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	20427	0	178	697	21302

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0071796737717	21198
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.962719309959	29031
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0622183652078	3133
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00814930331317	3725
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.8766157246	11999

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.95004814203-1.9722	0.295310037161	268	0.231401199459	4967	X-RAY DIFFRACTION	99.9236495514
1.9722-1.9954	0.308025766702	272	0.230458112639	4910	X-RAY DIFFRACTION	99.9228692634
1.9954-2.0197	0.273916416928	330	0.218029601087	4914	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0197-2.0453	0.272445024213	234	0.210740005249	4936	X-RAY DIFFRACTION	99.8840803709
2.0453-2.0722	0.292099906906	248	0.213521588669	5028	X-RAY DIFFRACTION	99.8674995268
2.0722-2.1006	0.272785639777	256	0.210913511544	4886	X-RAY DIFFRACTION	99.8834498834
2.1006-2.1306	0.275220273712	230	0.210390364573	5072	X-RAY DIFFRACTION	99.8681484272
2.1306-2.1624	0.255876672723	256	0.199070338985	4901	X-RAY DIFFRACTION	99.9224956404
2.1624-2.1962	0.239552047609	310	0.191825930464	4864	X-RAY DIFFRACTION	99.8841698842
2.1962-2.2322	0.256440496789	260	0.190588801463	4997	X-RAY DIFFRACTION	99.8480531814
2.2322-2.2707	0.240093357326	296	0.186613992192	4923	X-RAY DIFFRACTION	99.8087588449
2.2707-2.312	0.248162464457	250	0.193063565783	4930	X-RAY DIFFRACTION	99.8843038951
2.312-2.3565	0.256335186117	230	0.193036435364	5020	X-RAY DIFFRACTION	99.8098859316
2.3565-2.4045	0.241915100088	277	0.194615261674	4931	X-RAY DIFFRACTION	99.8466257669
2.4045-2.4568	0.277001125854	258	0.194884897488	4972	X-RAY DIFFRACTION	99.9044890162
2.4568-2.514	0.266675031151	293	0.198742631883	4893	X-RAY DIFFRACTION	99.8075442648
2.514-2.5768	0.250618787688	268	0.193707715987	4933	X-RAY DIFFRACTION	99.7315436242
2.5768-2.6465	0.258148059631	271	0.200123175959	4945	X-RAY DIFFRACTION	99.7132479449
2.6465-2.7244	0.263098781804	234	0.200566814399	4938	X-RAY DIFFRACTION	99.7877677021
2.7244-2.8123	0.255143250055	233	0.200690381636	4997	X-RAY DIFFRACTION	99.7520503529
2.8123-2.9128	0.242926232822	317	0.200894479565	4912	X-RAY DIFFRACTION	99.6569468268
2.9128-3.0294	0.254475997129	264	0.197210003794	4919	X-RAY DIFFRACTION	99.4817658349
3.0294-3.1672	0.218779012911	247	0.193712851593	4948	X-RAY DIFFRACTION	99.4829567216
3.1672-3.3341	0.234761905406	242	0.186748892959	4934	X-RAY DIFFRACTION	99.3664810904
3.3341-3.5429	0.205502179204	292	0.165082257558	4860	X-RAY DIFFRACTION	99.0388312188
3.5429-3.8163	0.183031335969	344	0.150581465895	4876	X-RAY DIFFRACTION	99.1641337386
3.8163-4.2	0.165609101331	268	0.136787210826	4868	X-RAY DIFFRACTION	99.1697238849
4.2-4.807	0.161150987105	287	0.131476523751	4933	X-RAY DIFFRACTION	99.2584141472
4.807-6.0536	0.16807721639	286	0.145883494396	4929	X-RAY DIFFRACTION	99.6560290464
6.0536-10	0.183770677895	279	0.165725220265	4893	X-RAY DIFFRACTION	99.5572666025

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