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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4bl0 | ||||||
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Title | Crystal structure of yeast Bub3-Bub1 bound to phospho-Spc105 | ||||||
![]() |
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![]() | CELL CYCLE / BUBR1 / MAD3 / RAE1 / GLE2 / GLEBS / MAD1 / MAD2 / SPINDLE ASSEMBLY CHECKPOINT / KNL1 / CASC5 / SPC7 / BLINKIN / KINETOCHORE / MITOSIS / CELL DIVISION / ANEUPLOIDY | ||||||
Function / homology | ![]() inner kinetochore => GO:0000939 / kinetochore => GO:0000776 / bub1-bub3 complex / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / kinetochore => GO:0000776 / mitotic DNA integrity checkpoint signaling / mitotic checkpoint complex / centromere complex assembly / mitotic sister chromatid biorientation / sister chromatid biorientation ...inner kinetochore => GO:0000939 / kinetochore => GO:0000776 / bub1-bub3 complex / Inactivation of APC/C via direct inhibition of the APC/C complex / kinetochore => GO:0000776 / mitotic DNA integrity checkpoint signaling / mitotic checkpoint complex / centromere complex assembly / mitotic sister chromatid biorientation / sister chromatid biorientation / meiotic sister chromatid cohesion, centromeric / outer kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / spindle pole body / protein localization to kinetochore / positive regulation of protein autoubiquitination / mitotic spindle assembly checkpoint signaling / ubiquitin binding / macroautophagy / kinetochore / microtubule binding / nuclear membrane / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Primorac, I. / Weir, J.R. / Musacchio, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: Bub3 Reads Phosphorylated Melt Repeats to Promote Spindle Assembly Checkpoint Signaling Authors: Primorac, I. / Weir, J.R. / Chiroli, E. / Gross, F. / Hoffmann, I. / Van Gerwen, S. / Ciliberto, A. / Musacchio, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 319.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 271.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 470.2 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 32.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 46.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 213sS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 38483.492 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() #2: Protein | Mass: 8782.949 Da / Num. of mol.: 2 Fragment: EXTENDED BUB3-BINDING MOTIF (A.K.A GLEBS MOTIF), RESIDUES 289-359 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Production host: ![]() ![]() References: UniProt: P41695, non-specific serine/threonine protein kinase #3: Protein/peptide | Mass: 2349.556 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: MELT172, RESIDUES 165-183 / Source method: obtained synthetically / Details: PHOSPHOTHREONINE 172 / Source: (synth.) ![]() ![]() #4: Chemical | #5: Water | ChemComp-HOH / | Sequence details | PHOSPHORYL | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.66 % / Description: NONE |
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Crystal grow | pH: 7 Details: 0.2M K/ NA TARTRATE, 0.1M BIS TRIS PROPANE PH 7.5, 20% PEG 3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M / Detector: PIXEL / Date: Aug 15, 2012 / Details: DYNAMICALLY BENDABLE MIRROR |
Radiation | Monochromator: LN2 COOLED FIXED-EXIT SI(111) MONOCHROMATOR / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1.21 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.95→46.8 Å / Num. obs: 66488 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): 2 / Redundancy: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 14.15 |
Reflection shell | Resolution: 1.95→2 Å / Redundancy: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 1.05 / Mean I/σ(I) obs: 3 / % possible all: 88.1 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB ENTRY 213S Resolution: 1.95→46.882 Å / SU ML: 0.19 / σ(F): 1.99 / Phase error: 19.47 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.95→46.882 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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