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- PDB-6l86: The structure of SfaA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l86
タイトルThe structure of SfaA
要素Taurine catabolism dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / iron(II) and 2-oxoglutarate dependent oxygenases
機能・相同性
機能・相同性情報


dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / TauD/TfdA-like domain / Taurine catabolism dioxygenase TauD, TfdA family / Taurine dioxygenase TauD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / D-MALATE / Taurine catabolism dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces thioluteus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.23 Å
データ登録者Chen, T.Y. / Chen, J. / Zhou, J. / Chang, W.
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: Pathway from N-Alkylglycine to Alkylisonitrile Catalyzed by Iron(II) and 2-Oxoglutarate-Dependent Oxygenases.
著者: Chen, T.Y. / Chen, J. / Tang, Y. / Zhou, J. / Guo, Y. / Chang, W.C.
履歴
登録2019年11月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Taurine catabolism dioxygenase
B: Taurine catabolism dioxygenase
C: Taurine catabolism dioxygenase
D: Taurine catabolism dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)144,54214
ポリマ－143,5144
非ポリマー1,02810
水10,503583
1
A: Taurine catabolism dioxygenase
ヘテロ分子

C: Taurine catabolism dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2717
ポリマ－71,7572
非ポリマー5145
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_565-x+y,-x+1,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area25130 Å2
手法PISA
2
B: Taurine catabolism dioxygenase
ヘテロ分子

D: Taurine catabolism dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,2717
ポリマ－71,7572
非ポリマー5145
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z1
Buried area2040 Å2
ΔGint-46 kcal/mol
Surface area24880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.173, 150.173, 387.859
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Space group name HallR32"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z
#3: -x+y,-x,z
#4: x-y,-y,-z
#5: -x,-x+y,-z
#6: y,x,-z
#7: x+1/3,y+2/3,z+2/3
#8: -y+1/3,x-y+2/3,z+2/3
#9: -x+y+1/3,-x+2/3,z+2/3
#10: x-y+1/3,-y+2/3,-z+2/3
#11: -x+1/3,-x+y+2/3,-z+2/3
#12: y+1/3,x+2/3,-z+2/3
#13: x+2/3,y+1/3,z+1/3
#14: -y+2/3,x-y+1/3,z+1/3
#15: -x+y+2/3,-x+1/3,z+1/3
#16: x-y+2/3,-y+1/3,-z+1/3
#17: -x+2/3,-x+y+1/3,-z+1/3
#18: y+2/3,x+1/3,-z+1/3
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-527-

HOH

21B-545-

HOH

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要素

#1: タンパク質
Taurine catabolism dioxygenase


分子量: 35878.512 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces thioluteus (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2H4T920
#2: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-MLT / D-MALATE / (2R)-2-HYDROXYBUTANEDIOIC ACID / 2-HYDROXY-SUCCINIC ACID / D-りんご酸


分子量: 134.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 583 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.05 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2.1M D/L-malic pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.23→50 Å / Num. obs: 82024 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.6 % / Biso Wilson estimate: 30.57 Å2 / CC1/2: 0.704 / Net I/σ(I): 30.556
反射 シェル解像度: 2.23→2.27 Å / Num. unique obs: 1390 / CC1/2: 0.709

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6dch

6dch


解像度: 2.23→43.1 Å / SU ML: 0.2689 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.8584 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2281 3993 4.91 %
Rwork0.1902 77275 -
obs0.1921 81268 99.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 33.8 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.23→43.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9369 0 58 583 10010
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00239684
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.558213144
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04591420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00451703
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.11075752
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.23-2.260.29161240.26272234X-RAY DIFFRACTION84.73
2.26-2.280.30861300.24562481X-RAY DIFFRACTION93.02
2.28-2.310.28681400.24352594X-RAY DIFFRACTION97.61
2.31-2.340.28881420.24672635X-RAY DIFFRACTION99.64
2.34-2.380.29471370.24672642X-RAY DIFFRACTION99.96
2.38-2.410.29051390.23222661X-RAY DIFFRACTION100
2.41-2.450.27711450.24022683X-RAY DIFFRACTION100
2.45-2.480.27721420.23732665X-RAY DIFFRACTION100
2.48-2.530.28561430.23272671X-RAY DIFFRACTION100
2.53-2.570.30111570.23012609X-RAY DIFFRACTION99.96
2.57-2.620.26841420.23092687X-RAY DIFFRACTION99.96
2.62-2.670.27551530.22982655X-RAY DIFFRACTION100
2.67-2.720.2951290.24182689X-RAY DIFFRACTION99.96
2.72-2.780.28581370.25112692X-RAY DIFFRACTION99.96
2.78-2.840.30351290.23592667X-RAY DIFFRACTION100
2.84-2.920.27721420.23512664X-RAY DIFFRACTION100
2.92-2.990.26871340.2312712X-RAY DIFFRACTION99.96
2.99-3.080.25041220.2162670X-RAY DIFFRACTION100
3.08-3.180.3021180.2262720X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.290.26521440.21522675X-RAY DIFFRACTION100
3.29-3.430.25881360.19672697X-RAY DIFFRACTION100
3.43-3.580.2331340.182688X-RAY DIFFRACTION100
3.58-3.770.17891150.17262724X-RAY DIFFRACTION100
3.77-4.010.21081410.15862710X-RAY DIFFRACTION100
4.01-4.320.181200.13582741X-RAY DIFFRACTION100
4.32-4.750.15171510.12792691X-RAY DIFFRACTION100
4.75-5.440.16111350.13722736X-RAY DIFFRACTION99.97
5.44-6.850.16361710.16272750X-RAY DIFFRACTION100
6.85-43.10.16291410.14962832X-RAY DIFFRACTION98.54

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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