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- PDB-6l7w: Crystal structure of Cet1 from Trypanosoma cruzi in complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l7w
タイトルCrystal structure of Cet1 from Trypanosoma cruzi in complex with manganese ion.
要素mRNA_triPase domain-containing protein
キーワードHYDROLASE / mRNA capping / RNA triphosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / mRNA processing / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA 5'-triphosphatase Cet1/Ctl1 / mRNA capping enzyme, beta chain / mRNA triphosphatase Cet1-like / mRNA triphosphatase Cet1-like superfamily / CYTH-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / mRNA 5'-phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi strain CL Brener (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Kuwabara, N. / Ho, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science16H05180 日本
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of the RNA triphosphatase fromTrypanosoma cruziprovide insights into how it recognizes the 5'-end of the RNA substrate.
著者: Takagi, Y. / Kuwabara, N. / Dang, T.T. / Furukawa, K. / Ho, C.K.
履歴
登録2019年11月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: mRNA_triPase domain-containing protein
B: mRNA_triPase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7044
ポリマ－47,5942
非ポリマー1102
水73941
1
A: mRNA_triPase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8522
ポリマ－23,7971
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area9670 Å2
手法PISA
2
B: mRNA_triPase domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,8522
ポリマ－23,7971
非ポリマー551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area9750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.445, 73.208, 63.747
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.063, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質 mRNA_triPase domain-containing protein


分子量: 23797.006 Da / 分子数: 2 / 変異: D126N / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi strain CL Brener (トリパノソーマ)
株: CL Brener / 遺伝子: Tc00.1047053508479.390 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4E2I1
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.61 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: HEPES-NaOH, PEG 20000 / PH範囲: 7.0 - 7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年8月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→47.89 Å / Num. obs: 13646 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 43.15 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.6→2.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1652 / CC1/2: 0.709 / Rrim(I) all: 1.003 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: D_1300014194

解像度: 2.6→47.89 Å / SU ML: 0.3543 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.6058 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2941 632 4.64 %
Rwork0.2388 12983 -
obs0.2414 13615 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 55.98 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→47.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2850 0 2 41 2893
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00362894
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.57033911
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0426459
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003496
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.98891743
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6-2.80.40381270.32982584X-RAY DIFFRACTION99.82
2.8-3.080.3631300.30732575X-RAY DIFFRACTION99.96
3.08-3.530.29571250.26032594X-RAY DIFFRACTION99.67
3.53-4.450.2441210.2112606X-RAY DIFFRACTION99.85
4.45-47.890.27881290.20232624X-RAY DIFFRACTION99.24
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.007407688073.18330103262-0.9120488441991.99852267374-0.1455592540379.027135931260.0218495194679-1.626383458180.129503915940.838221131136-0.1315803186130.4509294000040.493693458635-0.924066538005-0.1739937522220.4304273937880.09174821888610.06840094629520.6686292755120.009429264770480.479579094551-13.8129240801-11.97450303419.31778171195
25.24288337764-3.521634647881.476979200512.45677982074-0.1661306634362.2146640127-0.549918560054-0.7656897572910.1640383324710.4837884175740.595604441389-0.41084099071-0.3144251262080.0184055825114-0.03342470460140.5719119426330.0760314886957-0.01032974864890.322981942574-0.02055014437460.4302816407831.32579768808-12.0503499648.50075621498
32.285783209750.838890418106-1.810302484493.987286716890.08593417804393.06392556770.0489825846569-0.1238646374920.03379437992890.260085013140.0259942653184-0.506772803548-0.1570410512640.3123808918320.02148086655420.3078404832080.0259127218265-0.04760359503280.361624615810.0126070403190.34723442894310.0935912467-11.77925480341.11739713938
40.185612521143-1.09380756422-0.6988469482413.22223934192-0.2605892565713.122071215880.01399282665110.06186050032690.1145143566450.0917827656624-0.123350176619-0.26384717103-0.1077312620060.0524885953050.2269394700450.41036869211-0.008023141227520.03513096323780.282402902818-0.01105430030380.4112920451384.60949825432-13.55664118686.26874959468
58.32355060167-1.636681030044.185019390954.1158101545-0.3473362513966.905563449230.01663219984680.2100077579380.02877889660880.119117011094-0.0133381841492-0.527778314356-0.04878750118610.5650238494870.1997342301040.358922492604-0.01448414774790.02289974434730.3240413610340.04138066298140.302666785198.15634241637-15.64920277193.12965477903
68.72684070927-3.335001606720.9255770402554.09100645049-1.5934695215.82888594728-0.0147922896088-0.2006237774250.00843475398858-0.09892823533620.03353098110820.082727847317-0.0817939335983-0.722040261621-0.09681445640770.381173031156-0.0462555484886-0.001534330334780.360114451914-0.03651960294820.265747831877-7.1514347301-15.85383693171.57372253759
76.24093170730.1455153242160.5167618628074.936323248321.373252045585.11343339171-0.0243735094468-0.6656942661780.9130455352330.1831392246940.5023244380711.14189817919-1.55133746710.511964624401-0.05723585833610.6000602562790.06908305107310.06070036142810.494932637621-0.07577836036180.424692159519-9.77270572539-17.465113770146.0756352561
81.91021893860.376094967625-1.675491862692.782892499850.4355416589443.25736298149-0.1108869831260.390072808921-0.171940173687-0.2607769815950.041077069230.2186456186860.129279047441-0.4587776975440.06594084551190.3337495604330.0066086218678-0.01400742789230.351219455056-0.02815087824380.34566288577-19.0276991211-19.009145376726.8940793864
91.58488703948-0.01828043351141.23695562744.789300027013.230343574387.06194559350.007753067496610.269063002792-0.451479826382-0.509917507879-0.3385045773320.405457542635-0.0569970055067-1.235408267430.2045172563710.6839822122420.06477947594230.09914548866140.417372777706-0.0853271729580.508394096329-23.7482080224-26.984086384624.0407928022
103.17559025919-3.114050605250.1454544671847.64514315968-2.225281205182.591231817540.3762527607410.572738589037-0.0741308727523-0.698846595712-0.66638314674-0.372722683897-0.0855828250777-0.2822525502290.2275697478740.438242759728-0.09168087192870.129802307960.380079469151-0.01096100487060.3114191202-20.2438260375-16.465738223437.271846417
112.398404589030.05748018622910.515342180943.772884904141.369487318331.00328282776-0.01570845207210.0267859941625-0.304797012469-0.308800714969-0.0737827095771-0.03286565349580.0117646411601-0.2728745005670.08122340362650.4169855578140.02200169719880.1256382708360.417363042024-0.01849410378980.311307077209-16.9389369704-19.302262504825.6028118081
123.51771868963-1.941957824441.606299962554.83347096951-1.458799446465.469242146920.167809008511-0.300003735838-0.0228271946243-0.477547066356-0.136077623322-0.153480561459-0.7889225725270.1578195246790.2720080575740.450967097168-0.08067085011420.06274750178750.360178696107-0.05716725101880.307274894354-11.3705641341-11.257755135636.0374232377
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 18 through 35 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 36 through 84 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 85 through 146 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 147 through 189 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 190 through 213 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 214 through 242 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 20 through 30 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 31 through 122 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 123 through 146 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 147 through 163 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 164 through 223 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 224 through 242 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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