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Yorodumi- PDB-6l7w: Crystal structure of Cet1 from Trypanosoma cruzi in complex with ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6l7w | ||||||
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Title | Crystal structure of Cet1 from Trypanosoma cruzi in complex with manganese ion. | ||||||
Components | mRNA_triPase domain-containing protein | ||||||
Keywords | HYDROLASE / mRNA capping / RNA triphosphatase | ||||||
Function / homology | Function and homology information mRNA 5'-phosphatase / polynucleotide 5'-phosphatase activity / mRNA processing / nucleus / metal ion binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Trypanosoma cruzi strain CL Brener (eukaryote) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.6 Å | ||||||
Authors | Kuwabara, N. / Ho, K. | ||||||
Funding support | Japan, 1items
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Citation | Journal: J.Biol.Chem. / Year: 2020 Title: Crystal structures of the RNA triphosphatase fromTrypanosoma cruziprovide insights into how it recognizes the 5'-end of the RNA substrate. Authors: Takagi, Y. / Kuwabara, N. / Dang, T.T. / Furukawa, K. / Ho, C.K. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6l7w.cif.gz | 190.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6l7w.ent.gz | 125.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6l7w.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 6l7w_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 6l7w_full_validation.pdf.gz | 1.2 MB | Display | |
Data in XML | 6l7w_validation.xml.gz | 15.2 KB | Display | |
Data in CIF | 6l7w_validation.cif.gz | 19.8 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/6l7w ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/6l7w | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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2 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 23797.006 Da / Num. of mol.: 2 / Mutation: D126N Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Trypanosoma cruzi strain CL Brener (eukaryote) Strain: CL Brener / Gene: Tc00.1047053508479.390 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q4E2I1 #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.61 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: HEPES-NaOH, PEG 20000 / PH range: 7.0 - 7.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: NSRRC / Beamline: BL15A1 / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: RAYONIX MX300HE / Detector: CCD / Date: Aug 11, 2016 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.6→47.89 Å / Num. obs: 13646 / % possible obs: 99.8 % / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 43.15 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rrim(I) all: 0.142 / Net I/σ(I): 9.9 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1652 / CC1/2: 0.709 / Rrim(I) all: 1.003 / % possible all: 99.4 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: D_1300014194 Resolution: 2.6→47.89 Å / SU ML: 0.3543 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / Phase error: 33.6058 / Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 55.98 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→47.89 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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