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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6l7n | ||||||
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タイトル | crystal structure of a FUNGAL LIPASES | ||||||
![]() | Lipase, class 3 | ||||||
![]() | HYDROLASE / LIPASE | ||||||
機能・相同性 | Mono-/di-acylglycerol lipase, N-terminal / Lipase 3 N-terminal region / Fungal lipase-like domain / Lipase (class 3) / lipid catabolic process / Alpha/Beta hydrolase fold / Lipase, class 3![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wang, Y.H. / Yuan, H. / Lan, D.M. / Liu, X.H. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: crystal structure of a FUNGAL LIPASES 著者: Wang, Y.H. / Yuan, H. / Lan, D.M. / Liu, X.H. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 87.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 423.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 428.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1dt3S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30811.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: FM164 / 遺伝子: PROQFM164_S02g000904 / 発現宿主: ![]() |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.27 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 26% PEG 1500, 0.1 M Sodium acetate pH 4.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9791 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 19035 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 12.31 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Rpim(I) all: 0.04 / Net I/σ(I): 23.4 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.1 / Mean I/σ(I) obs: 12.26 / Num. unique obs: 1069 / Rpim(I) all: 0.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1DT3 解像度: 1.8→50 Å / SU ML: 0.2239 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 22.376
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 14.58 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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