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- PDB-6l77: Crystal structure of MS5 from Brassica napus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l77
タイトルCrystal structure of MS5 from Brassica napus
要素MS5a
キーワードUNKNOWN FUNCTION / cystatin-like
機能・相同性Protein MS5 / Protein MS5 / MS5a
機能・相同性情報
生物種Brassica napus (セイヨウアブラナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wang, X. / Guan, Z.Y. / Yin, P.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2020
タイトル: Structural analysis of the meiosis-related protein MS5 reveals non-canonical papain enhancement by cystatin-like folds.
著者: Wang, X. / Gao, Y. / Guan, Z. / Xie, Z. / Zhang, D. / Yin, P. / Yang, G. / Hong, D. / Xin, Q.
履歴
登録2019年10月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年6月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MS5a


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,4951
ポリマ－28,4951
非ポリマー00
水3,279182
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11270 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)52.672, 52.672, 168.424
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z

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要素

#1: タンパク質 MS5a / MS5


分子量: 28494.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brassica napus (セイヨウアブラナ)
遺伝子: MS5 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A193DU83
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.03 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Potassium sodium tartrate tetrahydrate, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→45.62 Å / Num. obs: 21999 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 36 % / Biso Wilson estimate: 26.38 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.122 / Net I/σ(I): 27.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.94 Å / 冗長度: 24 % / Rmerge(I) obs: 0.472 / Mean I/σ(I) obs: 7.7 / Num. unique obs: 1217 / CC1/2: 0.972 / Rpim(I) all: 0.095 / Rrim(I) all: 0.482 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→45.62 Å / SU ML: 0.1982 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.4952
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2194 1120 5.11 %
Rwork0.1737 --
obs0.1761 21934 98.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.76 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→45.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1748 0 0 182 1930
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00631796
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.94912437
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0627276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051310
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.06811087
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9-1.990.24171270.19022343X-RAY DIFFRACTION91.38
1.99-2.090.21711460.18012564X-RAY DIFFRACTION99.85
2.09-2.220.22221260.16952604X-RAY DIFFRACTION100
2.22-2.40.21121530.17152603X-RAY DIFFRACTION100
2.4-2.640.28141380.18872595X-RAY DIFFRACTION99.82
2.64-3.020.24921290.18782624X-RAY DIFFRACTION100
3.02-3.80.1971360.16672686X-RAY DIFFRACTION100
3.8-45.620.20491650.16652795X-RAY DIFFRACTION99.73
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 31.0825271791 Å / Origin y: 21.1717543597 Å / Origin z: 183.096193504 Å
111213212223313233
T0.21828372473 Å20.042996456899 Å2-0.0376440570841 Å2-0.203997853607 Å20.0153152967477 Å2--0.185645919459 Å2
L1.59288667616 °2-1.34175593171 °20.321713184079 °2-1.95290291216 °2-0.476937401998 °2--1.27576933761 °2
S0.208127247995 Å °0.181964359683 Å °-0.207663095115 Å °-0.196965427933 Å °-0.155718659486 Å °0.126427773573 Å °0.265283089319 Å °0.0729833682299 Å °-0.0466523447625 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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