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- PDB-6l6p: hASIC2a co-crystallized with Mamb-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l6p
タイトルhASIC2a co-crystallized with Mamb-1
要素Acid-sensing ion channel 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Ion channel / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of systemic arterial blood pressure by aortic arch baroreceptor feedback / sensory perception of sour taste / monoatomic ion-gated channel activity / ligand-gated sodium channel activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / protein localization to synapse / peripheral nervous system development / response to acidic pH / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation of synapse assembly ...regulation of systemic arterial blood pressure by aortic arch baroreceptor feedback / sensory perception of sour taste / monoatomic ion-gated channel activity / ligand-gated sodium channel activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception / protein localization to synapse / peripheral nervous system development / response to acidic pH / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / positive regulation of synapse assembly / inorganic cation transmembrane transport / plasma membrane => GO:0005886 / phototransduction / regulation of vasoconstriction / sodium ion transmembrane transport / monoatomic ion transmembrane transport / regulation of membrane potential / central nervous system development / sensory perception of sound / Stimuli-sensing channels / chemical synaptic transmission / dendritic spine / neuronal cell body / negative regulation of apoptotic process / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Epithelial sodium channel, chordates / Epithelial sodium channel, conserved site / Amiloride-sensitive sodium channels signature. / Epithelial sodium channel / Amiloride-sensitive sodium channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Acid-sensing ion channel 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.08 Å
データ登録者Lei, F. / Jian, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: hASIC2a co-crystallized with Mamb-1
著者: Lei, F. / Jian, S.
履歴
登録2019年10月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acid-sensing ion channel 2
B: Acid-sensing ion channel 2
C: Acid-sensing ion channel 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)156,7643
ポリマ－156,7643
非ポリマー00
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16040 Å2
ΔGint-68 kcal/mol
Surface area59150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.863, 155.664, 156.644
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A20 - 458
2010B20 - 458
1020A20 - 458
2020C20 - 458
1030B19 - 458
2030C19 - 458

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Acid-sensing ion channel 2 / ASIC2 / Amiloride-sensitive brain sodium channel / Amiloride-sensitive cation channel 1 / neuronal ...ASIC2 / Amiloride-sensitive brain sodium channel / Amiloride-sensitive cation channel 1 / neuronal / Amiloride-sensitive cation channel neuronal 1 / Brain sodium channel 1 / BNaC1 / Mammalian degenerin homolog / MDEG


分子量: 52254.723 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASIC2, ACCN, ACCN1, BNAC1, MDEG
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q16515
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 4% Tascimate pH 8.0, 12% w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.08→49.33 Å / Num. obs: 50203 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 12.6 / Num. measured all: 329259 / Scaling rejects: 38
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.08-3.186.31.2942851745430.6440.5571.4121.599.6
12.32-49.335.70.03146868240.9980.0150.03545.693

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0253精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.08→49.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.912 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.828 / SU B: 27.73 / SU ML: 0.426 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.968 / ESU R Free: 0.415
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2822 2474 5 %RANDOM
Rwork0.2312 ---
obs0.2337 47331 98.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 230.7 Å2 / Biso mean: 100.171 Å2 / Biso min: 35.19 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6 Å2-0 Å2-0 Å2
2---3.99 Å20 Å2
3---9.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.08→49.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10363 0 0 6 10369
Biso mean---43.79 -
残基数----1297
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.01310632
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0179782
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5391.64414415
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1781.56722749
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.73351289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.48223.109534
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.18151816
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.8941545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.21363
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211749
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022230
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A127200.12
12B127200.12
21A125790.12
22C125790.12
31B123740.13
32C123740.13
LS精密化 シェル解像度: 3.08→3.16 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 166 -
Rwork0.409 3451 -
all-3617 -
obs--98.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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