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- PDB-6l6j: Structure of 6-hydroxypseudooxynicotine (6-HPON) amine oxidase (H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l6j
タイトルStructure of 6-hydroxypseudooxynicotine (6-HPON) amine oxidase (HisD) from Pseudomonas geniculata N1
要素Oxidored_FMN domain-containing protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / amine oxidase
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN binding / oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
NAD(P)-binding Rossmann-like domain / NADH:flavin oxidoreductase/NADH oxidase, N-terminal / NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / CITRATE ANION / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / IRON/SULFUR CLUSTER / Oxidored_FMN domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種[Pseudomonas] geniculata N1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Liu, G.Q. / Tang, H.Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China) 中国
引用ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2020
タイトル: Structure of 6-hydroxypseudooxynicotine (6-HPON) amine oxidase (HisD) from Pseudomonas geniculata N1
著者: Liu, G.Q. / Tang, H.Z.
履歴
登録2019年10月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oxidored_FMN domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,4488
ポリマ－73,7351
非ポリマー1,7127
水1,964109
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: native gel electrophoresis
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area340 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area24850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.110, 212.902, 79.470
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number21
Space group name H-MC222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-704-

SO4

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Oxidored_FMN domain-containing protein


分子量: 73735.148 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) [Pseudomonas] geniculata N1 (バクテリア)
遺伝子: W7K_00670 / 発現宿主: Pseudomonas putida KT2440 (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0L8AFM7

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非ポリマー , 6種, 116分子

#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.5 M Ammonium sulfate 0.1 M Sodium citrate dihydrate pH 5.6 1.0 M Lithium sulfate monohydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 29678 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.174 / Χ2: 1.015 / Net I/σ(I): 4.8 / Num. measured all: 276129
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.698.20.60127480.9220.2080.6380.8892.7
2.69-2.88.10.53328650.9370.1870.5660.87796
2.8-2.9390.4529350.9550.1530.4760.90199.2
2.93-3.089.70.34829600.9770.1150.3680.937100
3.08-3.289.90.25329870.9850.0830.2670.991100
3.28-3.539.70.18629640.990.0610.1971.096100
3.53-3.889.30.13730150.9930.0450.1441.19399.8
3.88-4.4510.20.10930050.9960.0340.1141.245100
4.45-5.69.20.09130280.9960.030.0961.13399.9
5.6-509.50.0731710.9970.0240.0740.82999.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0257精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3K30

3k30


解像度: 2.6→39.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.927 / SU B: 7.917 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.382 / ESU R Free: 0.234 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2057 1479 4.9 %RANDOM
Rwork0.1703 ---
obs0.172 28917 99.66 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 143.65 Å2 / Biso mean: 34.277 Å2 / Biso min: 14.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.08 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→39.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5157 0 94 109 5360
Biso mean--42.39 32.13 -
残基数----669
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0135367
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.0174898
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5011.6577317
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3651.58311304
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2075668
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.40220.598301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.75415838
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.8761554
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2690
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026090
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021173
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 118 -
Rwork0.217 2035 -
all-2153 -
obs--97.33 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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