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- PDB-6l6i: hASIC1a co-crystallized with Mamb-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l6i
タイトルhASIC1a co-crystallized with Mamb-1
要素Acid-sensing ion channel 1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Ion channel / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


monoatomic ion-gated channel activity / sensory perception of sour taste / pH-gated monoatomic ion channel activity / cellular response to pH / negative regulation of neurotransmitter secretion / response to acidic pH / neurotransmitter secretion / ligand-gated sodium channel activity / sodium ion transport / associative learning ...monoatomic ion-gated channel activity / sensory perception of sour taste / pH-gated monoatomic ion channel activity / cellular response to pH / negative regulation of neurotransmitter secretion / response to acidic pH / neurotransmitter secretion / ligand-gated sodium channel activity / sodium ion transport / associative learning / regulation of postsynapse assembly / behavioral fear response / sodium ion transmembrane transport / response to amphetamine / regulation of membrane potential / postsynaptic density membrane / calcium ion transmembrane transport / Stimuli-sensing channels / memory / presynapse / dendrite / glutamatergic synapse / cell surface / Golgi apparatus / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Epithelial sodium channel, chordates / Epithelial sodium channel, conserved site / Amiloride-sensitive sodium channels signature. / Epithelial sodium channel / Amiloride-sensitive sodium channel
類似検索 - ドメイン・相同性
Acid-sensing ion channel 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Lei, F. / Jian, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: hASIC1a co-crystallized with Mamb-1
著者: Lei, F. / Jian, S.
履歴
登録2019年10月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acid-sensing ion channel 1
B: Acid-sensing ion channel 1
C: Acid-sensing ion channel 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)155,7696
ポリマ－155,1063
非ポリマー6643
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14980 Å2
ΔGint-87 kcal/mol
Surface area58840 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.920, 146.620, 207.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERALAALAAA35 - 45725 - 447
21SERSERALAALABB35 - 45725 - 447
12ALAALAGLUGLUAA44 - 45234 - 442
22ALAALAGLUGLUCC44 - 45234 - 442
13ALAALAGLUGLUBB44 - 45234 - 442
23ALAALAGLUGLUCC44 - 45234 - 442

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

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要素

#1: タンパク質 Acid-sensing ion channel 1 / ASIC1 / Amiloride-sensitive cation channel 2 / neuronal / Brain sodium channel 2 / BNaC2


分子量: 51701.871 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASIC1, ACCN2, BNAC2
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P78348
#2: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.05 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2M magnesium formate dehydrate, 14% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.24→49.581 Å / Num. obs: 40093 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.166 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.181 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
3.24-3.376.51.47644630.4890.6230.01604100
11.68-49.535.40.049010.9980.0190.04593

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.3データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3S3W

3s3w


解像度: 3.24→49.581 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.902 / SU B: 23.362 / SU ML: 0.365 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.43
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2499 2031 5.1 %RANDOM
Rwork0.2142 ---
obs0.216 38004 99.77 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 276.02 Å2 / Biso mean: 94.465 Å2 / Biso min: 27.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.36 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.94 Å20 Å2
3---3.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.24→49.581 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10270 0 42 9 10321
Biso mean--129.66 46.79 -
残基数----1281
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.01310577
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0179568
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5591.65114323
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2211.57822262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.75251278
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.2823.019573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.688151810
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9461555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.21335
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0211826
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022271
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.13 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A12428
12B12428
21A11937
22C11937
31B11906
32C11906
LS精密化 シェル解像度: 3.24→3.324 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 154 -
Rwork0.35 2730 -
obs--99.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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