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- PDB-6l61: Quinolone synthase from Aegle marmelos Correa, Dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l61
タイトルQuinolone synthase from Aegle marmelos Correa, Dimer
要素Type III polyketide synthase
キーワードPLANT PROTEIN / Quinolone synthase / type III PKS
機能・相同性
機能・相同性情報


polyketide biosynthetic process / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups
類似検索 - 分子機能
Chalcone/stilbene synthase, active site / Chalcone and stilbene synthases active site. / Chalcone/stilbene synthase, N-terminal / Polyketide synthase, type III / Chalcone/stilbene synthase, C-terminal / Chalcone and stilbene synthases, C-terminal domain / Chalcone and stilbene synthases, N-terminal domain / Thiolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
Type III polyketide synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Aegle marmelos (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Mallika, V. / Abhinav, K.V. / Soniya, E.V.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial Research09/716(0178)/2018-EMR-1 dated 26.04.2018 インド
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Quinolone synthase from Aegle marmelos Correa, Dimer
著者: Mallika, V. / Abhinav, K.V. / Soniya, E.V.
履歴
登録2019年10月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type III polyketide synthase
B: Type III polyketide synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,7712
ポリマ－85,7712
非ポリマー00
水14,646813
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area25580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.420, 58.560, 59.410
Angle α, β, γ (deg.)115.860, 91.520, 96.640
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Type III polyketide synthase / Quinolone synthase


分子量: 42885.449 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aegle marmelos (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: M1HE54
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 813 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES (pH-7.5), 0.2M NaCl, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→54.85 Å / Num. obs: 129507 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Net I/σ(I): 1.8
反射 シェル解像度: 1.4→1.48 Å / Rmerge(I) obs: 0.045 / Num. unique obs: 4255 / % possible all: 98.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3wd7

3wd7


解像度: 1.4→24.964 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2099 6268 5.01 %
Rwork0.1855 --
obs0.1867 125164 95.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 73.45 Å2 / Biso mean: 15.0615 Å2 / Biso min: 5.1 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→24.964 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5716 0 0 813 6529
Biso mean---23.98 -
残基数----750
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.4-1.41590.29581920.29386892
1.4159-1.43260.29632060.2855382593
1.4326-1.450.29772040.2784393394
1.45-1.46840.30811970.2596386494
1.4684-1.48770.25341940.25393693
1.4877-1.50810.25992000.2346387994
1.5081-1.52960.26062160.2405392794
1.5296-1.55250.25682020.2228385094
1.5525-1.57670.24792000.2148396094
1.5767-1.60260.23762100.2071393995
1.6026-1.63020.27172060.2044389695
1.6302-1.65980.23822040.1987393095
1.6598-1.69170.22742300.1963392395
1.6917-1.72630.20681950.1843398295
1.7263-1.76380.20351910.1883394195
1.7638-1.80480.21131940.1808399095
1.8048-1.84990.2061950.1781402396
1.8499-1.89990.21412130.1806397196
1.8999-1.95580.22112050.1844398096
1.9558-2.01890.18932120.1726398996
2.0189-2.0910.2251950.1756399096
2.091-2.17470.18182410.17399197
2.1747-2.27360.19772290.1713398897
2.2736-2.39340.21872350.185399297
2.3934-2.54320.22852150.1848404497
2.5432-2.73940.21181980.1844405498
2.7394-3.01460.19222410.1783401498
3.0146-3.44990.19972200.1682408698
3.4499-4.34270.17222050.1539404998
4.3427-5.40.16722230.1657408298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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